پنج سال بعد از بدست آوردن کرسى الهیات در دانشگاه ویتنبرگ ایامى بحرانى در زندگانى لوتر و در تحول فکرى و مذهبى او بود. تحقیقات پیشین، او را به تامل درباره کتاب مقدس و تفاسیر آن واداشته بود و او را با نوشتههاى آباى بزرگ مسیحی، خصوصا قدیس آوگوستینوس، آشنا کرده بود. درسهایى که او به دانشجویان عرضه مىکرد او را واداشت که دست به پژوهشهاى عمیقترى بزند و در نتیجه تفسیر چهارگانه کتاب مقدس (تفسیر تحت اللفظی، تمثیلی، کنایى یا اخلاقى و باطنی) را رد کند و فقط قایل به یک نوع تفسیر مستقیم و تحتاللفظى شود. همچنین او به رد فلسفه ارسطویى و همراه با آن رد شیوه مدرسى رسید و اتکاى هرچه بیشتر به تعالیم آگوستینوس و پولس حوارى پیدا کرد. تغییرات فکرى عمیقى را که در او رخ مىداد مىتوان در درسهاى او درباره احتمالا سفر پیدایش (اکتبر 1512 تا ژوئیه 1513)، که متن آنها گم شده است، درسهاى او درباره مزامیر (اوت 1513 تا اکتبر 1515 و بار دیگر آوریل 1518 تا مارس 1521)، درسهاى او درباره رساله به رومیان (عید پاک 1515 تا سپتامبر 1516)، درسهاى او درباره رساله به غلاطیان (اکتبر 1516 تا مارس 1517)، و رساله به عبرانیان (مارس 1517 تا مارس 1518) مشاهده کرد. او در تفاسیر خود از متن لاتین کتاب مقدس و بسیارى از تفاسیر معتبر کهن استفاده مىکرد.
همچنین در درسهایش درباره مزامیر، که بالغ بر 1400 صفحه رحلى متن لاتین مىشود، و در تهیه آنها از کتاب ژاک لوفور اومانیست فرانسوی، استفاده کرده بود،همچنان از تفسیرآموزشى متداول در قرون وسطى بهره مىگرفت و سعى مىکرد معنایى باطنى و پنهان و گاه غیرقابل درک و رمزى در آنها دریابد؛ اما دستکم اشاراتى ضمنى در آنها به تعالیم بعدى او درباره نیاز به ایمان به مسیح و رحمت او و شوکت و غضب خداوند، و نیز محکوم کردن فضاحتهاى کلیسا مىتوان یافت. اما مهمتر از همه تغییرهاى او درباره رسالات پولس حوارى بود. لوتر همیشه به چاپچىاش، گروتنبرگ، سفارش مىکرد که درسهاى او را به حاشیه زیاد و فاصله زیاد بین سطور چاپ کند و لوتر این حاشیهها و فواصل سطور را با یادداشتهایى با دستخط ریز اما خواناى خود درباره نکات دستوری، زبانشناسى و آموزهاى پر مىکرد. در سطور آغازین درسهایش درباره رساله به رومیان، که او آن را مهمترین بخش کتاب مقدس مىدانست، جوهر تعالیمش را با زبانى ساده و مستقیم بیان مىکند.
لب کلام رساله این است: کوبیدن، کنار گذاشتن و ویران کردن حکمت و حقانیت آن گونهاى که بشر آنها را مىفهمد. این رخ خواهد داد، هر حرمتى هم که آنها در داورى انسانها حتى در اعتقادات ما، داشته باشند، و فرقى نمىکند که چه اندازه صمیمانه و از ته قلب مشغول آنها باشیم.
او که از قرائت خود از قدیس آوگوستینوس قوت قلبى پیدا کرده بود، سخت به آن چیزى که گمان مىکرد جوهر تعالیم پولس حوارى است چنگ انداخت؛ انحطاط مطلق انسان و در نتیجه ناتوانىاش از نجات دادن خود، و آن تحفه برینى که “عدالت مسیح” به او ارزانى مىداد و با قربانى شدن متعالى او نشان داده مىشود و انسان از طریق ایمان به رحمت خداوند مىتواند به آن دست یابد. در آموزههاى انسانها این عدالت بشر است که باز نموده و تعلیم مىشود. اما عدالت خدا و نهفته در اناجیل است که مکشوف مىشود. به عبارت دیگر، اینکه چه کسى عادل است، چگونه عادل است، و چگونه مىتواند در نظر خداوند عادل باشد این فقط از راه ایمان ممکن مىشود. با همان ایمانى که به کلام خداوند اعتقاد پیدا مىکنیم. عدالت خداوند یگانه، عدالت رستگارى است.
دیدگاههاى مشابهی، که نشان مىدهد لوتر پایههاى اصلى تعالیم مذهبىاش را حتى پیش از گسستن علمى از رم ریخته بود، در درسهاى او درباره رساله به غلاطیان و درباره رساله به عبرانیان نیز به چشم مىآید. تاثیر قدیس آوگوستینوس، پس از تاثیر پولس حواری، نقش ممتازى در تحول دیدگاههاى کلامى لوتر داشت، هرچند به درستى نمىتوان تعیین کرد که چه هنگام او به بینش تازهاى درباره تعلیم آوگوستینوس رسید. تاکید او بر انحطاط انسان، عجز بدون درمان او، و رحمت لایتناهى خدا، اعتقادات فکرى و تجربههاى شخصى لوتر را تقویت کرد. اما او در این مطلب پا را از آوگوستینوس بالاتر گذاشت و بر این نکته پاى فشرد که انسان از طریق فرایندى تدریجى نجات نمىیابد، بلکه با احتساب عدالت که فقط و فقط توسط مسیح به دست مىآید نجات مىیابد. احتمالا این تغییر نظر از تفسیر تدریجى به تفسیر مطلق عدالت و احتساب نخستین بار در خطابه او در عدالت سه وجهى رخ داد، که در پایان سال 1518 منتشر شد.
در این خطابه، ونیز در سخنرانى دیگرى در مارس 1519 (و نیز در چهارده تسلی، که در اواخر تابستان و اوایل پاییز 1519 تالیف شد)، لوتر در مقام طرفدار آشکار این اندیشه ظاهر مىشود که رستگارى فقط از طریق ایمان میسر است. فقط با رحمت، فقط با ایمان، مسیح قادر است همه گناهان را در آن واحد بشوید. فرد مسیحى اگر مىخواهد نجات یابد باید اعتماد مطلقى به کارهاى مسیح داشته باشد. در پیشگفتار چاپ 1945 در جلد اول مجموعه نوشتههاى لاتینى لوتر، او به سال 1519 اشاره مىکند و مىگوید: یک بار دیگر وظیفه تفسیر مزامیر را به عهده گرفته بودم، و اتکا و اعتمادم به این بود که آموزش بهترى براى این کار یافتهام، چون در مدارس با رسالههاى پولس حوارى به رومیان، به غلاطیان و به عبرانیان سر و کار داشتم. یقینا شوقى شگفت، الهامبخش من براى درک رساله به رومیان بود. اما تا بدان زمان یک عبارت در فصل اول نمىگذاشت پا پیش بگذارم.
“عدالت مکشوف مىشود.” در اناجیل، چون من شب و روز در اندیشه بودم، خداوند سرانجام بر من رحمت آورد. آنگاه توجه خویش را معطوف این کلمات کردم: “عدالت خدا مکشوف مىشود. چنانکه مکتوب است که عادل بد ایمان زیست خواهد نمود” و در اینجا بود که دیدم عدالت خدا عدالتى است که در آن انسان عادل با لطف خدا، یا به عبارت دیگر با ایمان مىزید. متوجه شدم که غرض پولس حوارى این است که “عدالت خدا مکشوف مىشود در اناجیل، مجهول است؛ به عبارت دیگر، به همین طریق است که خداوند رحمان ما را عادل و بر حق مىکند از طریق ایمان... با این ادراک احساس کردم که از نو زاده شدهام، و از میان دروازههاى باز قدم به خود ملکوت گذاشتهام.” پند دیگرى هم که به تجدید جهتگیرى ایمان لوتر کمک کرد، مطالعه آثار عرفانى کلامى بود. خطابههاى دومینیکناستراسبورگی، یوهانس تاولر، که در 1508 چاپ شده بود و لوتر به توصیه اشتاوتیپش آنها را خواند؛ و تئولدگیکاگرمانیکا، که در آن زمان به اشتباه به تاولر نسبت داده مىشد و لوتر آن را ویراست و با مقدمهاى در ستایش آن در 1516 انتشارش داد.
از برخى جهات تاثیر این آثار در اساس، کمتر کلامى و بیشتر شخصى بود و بر حال و روز درونى او موثر مىافتاد. آنها انعکاسى از تلاش روحى بشرى براى کشف سرشت واقعى خدا بودند و به وسوسههایى ربط داشتند که زندگى لوتر را برى دورهاى پر از عذاب روحى و نیز تحولات حاد فکرى کرده بود. او براى به جا آوردن رسالتش در صومعه، با زهد بسیار زیسته بود و کوشیده بود با اعمال زاهدانه لطف خدا را جلب کند، اما در نهایت به خلا روحى عمیقى رسیده بود: “هر قدر هم که زندگى راهبانه من عارى از خطا بود، من خودم احساس مىکردم که در برابر خداوند گناهکارى بیش نیستم و وجدانى نا آرام دارم، همچنین احساس نمىکردم که از رضایت خاطر خود راضى باشم. من به این خدایى که گناهکاران را مجازات مىکرد، عشق نمىورزیدم ، بلکه از او نفرت داشتم.” بحران روحى او آشکارا با تجربهاى احساسى یا عاطفى یا روحی، که اصطلاحا “تجربه برج” خوانده مىشود حل شد. این نام از آن رو به آن داده شد که این تجربه در برج “رواق سیاه” در ویتنبرگ برایش پیش آمد.
این تجربه بدین نحو بود که او خود را نا امیدانه، بى قید و شرط، و به نظر خودش، بىآنکه شایستگىاش را داشته باشد به دامان رحمت خدا انداخت، و بدین ترتیب از طریق عدل فراوان مسیح، رستگارى را به چشم دید. بدین ترتیب، تحول روحى و تحول فکرى لوتر به هم پیوست و به لوتر پویایى داد که در صحنهاى وسیعتر بعدا تاریخ جهان را دگرگون کرد. واقعهاى که لوتر را وارد این میدان وسیعتر کرد و تاریخچه شخصى درونى او را تبدیل به ماجرایى عمومى کرد، از جهاتى فقط بر اثر تصادف و اقبالى خوش روى داد. اسقف اعظم بیست و سه ساله، آلبرت، از خانواده سلطنتى هوهنتسولرن، که مسئولیت اسقفنشینهاى هالبرشتات و ماگدبورگ را به عهده داشت، به دنبال این بود که به اسقفى ماینتش هم، که سرآمد کلیساهاى آلمانى بود، منصوب شود. پاپ موافقت خود را با این انتصاب اعلام کرد، اما خواستار آن شد که به ازاى رخصتى که به آلبرت داده مىشد تا اداره سه اسقفنشین را یکجا داشته باشد، 000/10 دوکات و به ازاى “پالیومی” که به او داده مىشد (یعنى آن شال پشمى سفیدى که اسقفها به نشانه تایید پاپ از او مىگرفتند و به خود مىبستند) 21000 دوکات پرداخت شود. چون حتى درآمد این اسقف امیرتبار هم کفاف پرداخت چنین مبلغ سنگینى را نمىداد، پاپ لئوى دهم قول داد که آمرزشى با پرداخت معوقه براى هشت سال بعدى صادر کند، به شرطى که نیمى از مبالغ پرداختى به حساب خانواده بانکدار آلمانی، فوگرس آوگسبورگ، واریز شود که مىتوانستند مبلغى را به اسقف آلبرت قرض بدهند و نیمى دیگر به پاپ پرداخت شود تا صرف بازسازى کلیساى پطرس حوارى در رم گردد.
“آمرزش” که وعده گذشت کامل و مطلق از گناهان و نیز شرکت در گنج نیکیهاى مسیح و قدیسین را مىداد، توسط راهب دومینیکی، یوهان تتسل تبیلغ مىشد و تتسل بابت این کار حقوق چشمگیرى البته نه به صورت مرتب، دریافت مىکرد. تتسل از ورود به ویتنبرگ منع شده بود، البته نه به دلیل مخالفت فریدریش، امیر ساکسونی، با فروش “آمرزش”، بلکه به این دلیل که نمىخواست پول ساکسونى از کشور خودش و به زیان معابد خودش خارج شود، اما تتسل در یوتربورگ، درست در آن سوى مرز امیرنشین ساکسونى به وعظ و تبلیغ مشغول بود.