این آمریکایی 3 سال است که با پرونده هستهای ایران دست و پنجه نرم میکند. آن زمان که در واشنگتن و در سمت معاون وزارت امور خارجه آمریکا در رابطه با کنترل تسلیحاتی بود با پروندهای که در وین بود به مخالفت برخاست و وقتی به نیویورک در سمت سفیر آمریکا در سازمان ملل رفت پرونده را به شورای امنیت ارسال کردند. و وی وظیفه اعمال فشار بر ایران با همکاری 14 عضو دیگر شورای امنیت را بر عهده گرفت. جان بولتون در ماه مه 2002لیبی، سوریه و کوبا را به عنوان دولتهای یاغی معرفی کرد. در ژوئن 2003 ایران را به طراحی برنامه تولید سلاحهای کشتار جمعی متهم کرد و در جولای 2003 فعالیتهای هستهای سوریه را در کانون توجه دولت آمریکا قرار داد. بولتون برنامه هستهای کره شمالی را هم «گوریلی 400 کیلویی روی میز» توصیف کرد که نمیتوان آن را نادیده گرفت.
اظهارنظر معروف بولتون در خصوص نهادی که اکنون در آن حضور دارد، عمق نگاه انتقادی وی را آشکار میکند. او یک بار گفته بود اگر 10 طبقه از 37 طبقه سازمان ملل در نیویورک از بین برود، فرقی نمیکند. به عقیده سفیر جدید آمریکا، سازمان ملل متحد قاطعیت لازم در مقابل کشورهایی مانند ایران و کره شمالی به خرج نمیدهد و از این رو، اجرای اصلاحات بنیادین در این نهاد ضروری است. با این همه، جورج بوش، جان بولتون را آدم صریحاللهجهای توصیف کرد که «میتواند کار سازمان ملل متحد را انجام دهد.» بولتون امروزه به یک فعال مدافع تحریم و اقدام نظامی علیه ایران بدل شده است. مجموعه دیدگاههای آمریکا در اصلاح سازمان ملل نیازمند گزینشی سرسختانه بود که در انتخاب بولتون نمود یافت. فعلا پرونده هستهای ایران مهمترین ماموریت وی در نیویورک است، هم برای نشان دادن قدرت آمریکا در سازمان ملل و هم برای اعمال فشار بر سازمان ملل جهت مخالفت با برنامه هستهای تهران.