از آبان 84 وقتی غلامحسین الهام از سمت سخنگویی شورای نگهبان کنار رفت و در جایگاه سخنگوی دولت نهم قرار گرفت، قائم مقام و عضو حقوقدان شورای نگهبان بر جایگاه وی نشست. عباسعلی کدخدایی به همراه محسن اسماعیلی عضو دیگر حقوقدان شورای نگهبان کاندیدای سخنگویی بود که در نهایت با اکثریت آرای اعضای این شورا سخنگو شد.
وی درباره حضور اعضای شورای نگهبان در مناصب اجرایی میگوید: «براساس تفسیر مطرح شده در سال های گذشته شاهد حضور برخی از اعضای حقوقدان شورای نگهبان در مسئولیتهای اجرایی از قبیل معاون اول رئیسجمهور، عضو شورای عالی قضای و مشاور رئیسجمهور بودهایم. دیدگاه شخص بنده این است که عضو شورای نگهبان نباید مسئولیتی را در هیچ یک از قوای نظام بپذیرد و قصد داشتیم تفسیر جدیدی را از شورا درخواست کنیم که برخی از دوستان به ضرورت در قوه مجریه مشغول به کار شدند و این تفسیر مسکوت گذاشته شد.»
دیروز وقتی از او درباره نامه کروبی به جنتی- دبیر شورای نگهبان- سوال شد با نوعی شتابزدگی گفت: نامه کروبی به جنتی فعالیت زود هنگام انتخاباتی بود!؟ این یک موضوع شخصی است و به جنتی به عنوان خطیب نماز جمعه مربوط میشود. وی پیش از این در واکنش به طرح ورود غیر مجتهدین به مجلس خبرگان که کروبی از مدافعان آن است گفته بود: نامزدهای خبرگان حتما باید مجتهد باشند. پس از آن این اظهاراتش را شخصی خواند. کدخدایی خود را برای ارائه گزارش عملکرد یک ساله شورای نگهبان در روز 25 تیر ماه سالگرد تأسیس این شورا آماده میکند.