با وجود اختلافات سیاسی و امنیتی میان مسکو و آنکارا، میزان تجارت سالانهء روسیه و ترکیه 12 میلیارد دلار در سال است و از این نظر ترکیه بزرگترین شریک تجاری روسیه در خـاورمیـانه به شمار میرود. شرکتهای ساختمانی ترکیه در روسیه فعالاند و حتی در مناقصهء تعمیر مجلس دوما نیز برنده شدهاند. از طرف دیگر ترکیه یکی از عمدهترین خریداران گاز طبیعی روسیه است و بنابراین گازپروم این انگیزه را دارد که روابط دو کشور را بهبود بخشد. ترکیه در تلاش بوده برخی از تسلیحات و از جمله بالگرد را که اعضای ناتو فروش آنها را به خاطر احتمال استفاده از آنها در منازعه با کردها ممنوع کردهاند، از روسیه خریداری کند.
البته روابط روسیه و ترکیه با مشکلات زیر همراه بوده است:
1- ترکیه میخواهد در منطقهء خارج نزدیک روسیه و مخصوصاً آسیای مرکزی و ماورای قفقاز نفوذ کند.
2- ترکیه کوشیده نفت جمهوری آذربایجان به جای عبور از روسیه از گرجستان و ترکیه_(خط باکو - جیحان) عبور کند و به خاطر آلودگیهای زیستمحیطی ناشی از انتقال نفت از بوسفر و داردانل، به روسیه در مورد احداث خط لوله در دریای سیاه از مسیر بلغارستان و یونان هشدار داده اگرچهروسها در حال احداث این خط لوله هستند.
3- روسیه ادعا کرده ترکها به شورشیهای چچن کمک میکنند و از این طریق کنترل روسیه را بر شمال قفقاز تضعیف میکنند. این مشکل سابقهء تاریخی دارد و به دوران تجاوزات روسیه به حریم امپراتوری عثمانی برمیگردد.
4- ترکیه از حمایت روسیه از P.K.K و حضور نظامی روسیه در گرجستان و ارمنستان در نزدیکی مرزهای ترکیه ناخشنود است.
با این وجود در دورهء ریاست جمهوری پوتین، منازعهء موجود در روابط دو کشور جای خود را به همکاری داده است. علت اولیهء آن بحران اقتصادی روسیه در سپتامبر - اوت 1998 بود که باعث تضعیف قابل توجه موقعیت روسیه شد. دلیل دیگر این بود که رهبران روسیه به این واقعیت رسیدندکه ترکیه رقیب اصلی آنها در آسیای مرکزی نیست. دلیل واضح این امر تصمیم روسیه برای نـفـروختـن مـوشکهای ضدهوایی 300SAM- به قـبــرس جـنــوبـی بـود. پناهندگی ندادن به عبدالله اوجالان در اواخر دههء 90 نیز از دیگر موارد این رویکرد بود. پوتین که با اقتصاد تضعیف شدهء روسیه و جنگ در چچن مواجه بود، نهتنها همکاریهای یلتسین را با ترکیه ادامه داد، بلکه آن را گسترش نیز داد. در اوایل دسامبر 1999، بنا به تقاضای پـوتیـن، پـارلمـان روسیه مالیات ساخت خط لولهء جریان آبی (که خط انتقال گاز روسیه به ترکیه است. م) را 5/1 میلیارد دلار کاهش داد و گاز پروم و ENI (شرکت ایتالیایی مجری) قراردادی را برای ساختن بخش زیردریایی پروژه امضا کردند و وزیر انرژی ترکیه، روسیه را در مسابقهء تهیهء گاز طبیعی ترکیه در راس اعلام کرد.
در اکتبر 2000 نخستوزیر وقت روسیه مـیخاییل کازیونوف در آنکارا اعلام کرد: «نتیجهگیری مشترک ما این است که روسیه و ترکیه رقیب نیستند بلکه شریک یکدیگرند، از این به بعد حکومت ما بر این اساس جلو خواهد رفت.» و روسیه در این راستا قیمت گاز طبیعی و نیز بالگردهای فروش خود به ترکیه را کاهش داد. دو کشور همچنین در سالهای گذشته در مورد اجرای قانون و مبارزه با تروریسم همکاری کردهاند.
البته مشکلاتی نیز بین آنکارا و مسکو وجود دارد:
1-اگرچه همکاری نزدیک نظامی روسیه و ارمنستان در وهلهء نخست علیه جمهوری آذربایجان است، ولی ترکیه نیز احساس نگرانی میکند.
ترکیه و روسیه در اواخر دههء 90 توافق کردند که روسیه دو پایگاه از چهار پایگاه نظامی خود را در گرجستان برچیند. آنها همچنین توافق کردند که بدون اجازهء یکدیگر در کشور ثالث (منظور جمهوری آذربایجان بود) نیروی نظامی مستقر نکنند. ولی روسها هنوز از گرجستان نرفتهاند.
2-پروژهء باکو-جیحان همچنان در حال پیشرفت بود. افزایش قیمت نـفـت و تمایل ترکیه به حمایت مالی از ساخت پروژه، این پروژه را برای شرکتهای استخراج کنندهء نفت در خزر تبدیل به یک پروژهء جذاب کرد. اکنون با تکمیل پروژه روابط ترکیه با جـمهوری آذربایجان و گــرجـسـتـان تقـویـت و موقعیت روسیه در جنوب قفقاز و نیز قزاقستان (که در صورت کشف نشدن نفت در آذربایجان بخشی از نفت این خط لوله را تامین خواهد کرد) تضعیف شده است.
3-تــرکـیـه از ایجـاد تاسیسات نظامی روسیه در شمال قفقاز اظهار نگرانی کرده است. انگیزهء پوتین برای بهبود اقتصاد روسیه و روابط این کشور با ترکیه تقویت شده است و انگیزهء اصلی خط انتقال گاز «جریان آبی» بوده است. اگرچه ترکیه کوشیده با وارد کردن گاز از ایران و حوزهء شاه دنیز جمهوری آذربایجان وابستگی خود به روسیه را کاهش دهد.
شاید مهمترین مساله در رابطهء ترکیه-روسیه مسالهء تروریسم در چچن بوده است که مسکو و آنکارا آن را در سالهای اخیر مهار کردهاند. در آغاز سال 2001 چچنیها یک هواپیمای مسافربری روسیه را از ترکیه دزدیده و به عربستان سعودی بردند، یک ماه بعد نیز مردان مسلح طرفدار چچن به هتل سوییس در استانبول حمله کردند و روسیه به ترکیه به خاطر فعالیت گروههای تروریستی در خاک این کشور اعتراض داد و ایوانف وزیر خارجهء روسیه در پی این اقدام راهی ترکیه شد و از این کشور خواست اقدامات شدیدتری علیه تروریسم در پیش گیرد. اما اکنون چند سال است که ترکیه دیگر چندان که باید و شاید از چچنها حمایت نمیکند، مسالهای که میتواند به افزایش مبادلات تجاری روسیه و ترکیه برگردد.
در مـجمـوع حوادث بعد از 11 سپتامبر تاثیرات ترکیبی بر روابط دو کشور داشته است. هر دو کشور به ائتلاف ضدتروریستی پیوستند ولی برخی از مقامات ترک در مورد نیت روسیه مشکوک بودهاند و اقدام این کشور را وسیلهای برای افزایش کنترل روسیه بر قفقاز علیا و مخصوصاً گرجستان تلقی کرده و میکنند. اعزام نیروهای آمریکا به گرجستان و تغییر رژیم در تفلیس اندکی از نگرانیهای ترکیه کاسته است. آنکارا همچنین از فعالیت آمریکا در آسیای میانه استقبال کرده است. از سوی دیگر دو کشور در ژانویهء 2002 یک توافق همکاری امنیتی امضا کردند و نه تنها خواستار مبادلهء افسران شدند، بلکه از روسیه خواسته شد از هر نوع اقدام تروریستی علیه ترکیه در خاک این کشور جلوگیری کند. ترکیه نیز وعده داد که یکی از اصلیترین رهبران شورش چچن را از ترکیه اخراج کند.