دولت ضعیف:
در ارتباط بین دولت نظامیان قدرتمند و دولتهای غیرنظامی ضعیف این کشور موفق نشده است نهادهای سیاسی و سالم ، دموکراسی پایدار و نظام قضایی بی طرف و همچنین اقتصاد سالم شکل دهد. پاکستان از زمان استقلال همواره با بحران هویتی حاد درگیر بوده و ازاین جهت احساس ناامنی بر این کشور سایه انداخته است.دراین باره کتاب آقای احمد رشید با عنوان descent into chaos جالب توجه است.او در این کتاب می نویسد که عدم توانایی پاکستان برای شکل دهی هویت ملی موجب برجسته شدن مولفه های زبانی، قومی و یا ملی گرایی منطقه ای شده است که این امر کشور را در مسیر تلاشی و تجزیه قرار داده است. نمونه تجزیه، مورد سال 1971 است که عدم توانایی دولت در پاسخگویی به نیازهای قوم بنگالی است که آنها از کشور پاکستان جدا شده و کشور بنگلادش را بنیان نهادند.
در موارد متعدد دادگاهها و قضات پاکستان نیاز به اصلاح قانون اساسی را پذیرفته و بدان رای دادند اما چاره ساز نشد. احزاب سیاسی گرچه متعدد هستند اما هرگز از نخبگان سنتی و قدیمی فارغ نبوده و تحت سلطه آنها بوده و مدام متهم به فساد دسته جمعی بوده اند. برای اینکه به تعبیر آقای حسین حقانی ،سفیرکنونی پاکستان در واشنگتن گروههای سیاسی این کشور هیچ موقع نتوانسته اند با همدیگر هکاری کرده و یا به قانون تن دهند . او نتیجه می گیرد که بدین دلیل کشور از توسعه یک دولت پایدار و هماهنگی با کثرت گرایی سیاسی بر مبنای شکافها و تنوعات قومی از قبیل مشکلات بین نیروهای مدنی و نظامی ،گروهای قومی و استانی و اسلام گراها و سکولارها عاجز مانده است.
ارتباط بخش نظامی و غیر نظامی(مدنی)
ارتباط بین نیروهای نظامی و غیرنظامی حساس و متزلزل بوده و هست. کودتاهای نظامی مکرر، نهادهای مدنی را تضعیف کرده است. از سوی دیگر دولتهای غیرنظامی فاسد بارها زمینه و فلسفه وجودی کودتاها را فراهم آوردند و در اوضاع هرج و مرج، ژنرالها دستورات خود را به کرسی نشانده اند. در این اوضاع نیروهای اطلاعاتی از قبیل ISI نیز نقش بسیارجنجالی را ایفا کرده و در امور داخلی دست برده اند.اقای"فردریک گراره" محقق بنیاد کارنگی می نویسد که همه دولتهای غیرنظامی و نظامی ازآژانس های اطلاعاتی برای مقاصد سیاسی بهره برده اند.
مساله خودمختاری ایالتها
پاکستان به 4 ایالت تقسیم شده است: پنجاب، سند ، بلوچستان و استان شمال غربی.علاوه بر آن نواحی قومی- قبیله ای مبتنی بر مدیریت فدرالی (fata) مانند گلتیست و بالتیستان در حاشیه مرز افغانستان و همچنین بخش کشمیر تحت مدیریت پاکستان که پاکستان آن را کشمیر آزاد می نامد؛ نیز وجود دارد.از نظر تاریخی نقش مسلط استان پنجاب که 55 درصد جمعیت را در خود جای داده و صاحب اصلی نیروی نظامی و بوروکراسی است موجب رنجش و کدورت سایر استانها بوده است.آقای رشید می نویسد که پنجاب هرگز حقوق برابر سایر استانها و اساسا ماهیت چند قومی و چند زبانی کشور و همچنین تقسیم برابر و عادلانه بودجه و توزیع برابر قدرت را به رسیمت نشاخته است. در حالیکه قانون اساسی پاکستان قدرت قانونی و سیاسی را بین مرکز و ایالت تقسیم نموده است . با این حال نه دولتهای نظامی و نه دولتهای دموکراتیک خودمختاری ایالتها را اجرا نکرده اند. پرویز مشرف در سال 2000 اعلام کرد که خودمختاری ایالتها را دنبال خواهد نمود اما گروه بحران بین المللی در سال 2004 ثابت کرد که این موضوع پیگیری نشده و طرح مذکورصرفا برای سرپوش نهادن بر تمرکزگزایی دولت مرکزی بوده است. اسلام آباد کمترین توجه را به خود مختاری مناطق مرزی افغانستان داشته و این مناطق قبیله ای نیز همواره بی ثبات بوده اند اما اطلاعات پاکستان نیروهای متعدد نظامی را در این نواحی حمایت کرد تا زمانی علیه شوروی و تاثیر گذاری بر امور افغانستان بجنگند و سپس علیه هند. این نیروها که بنا بود برای کشمیر با هند بجنگند به دنبال خود مختاری و تحقق بخشیدن به سیستم فدرالی هستند و اکنون علیه حامیان و خلق کنندگان خود به پا خواسته اند.
نارضایتی استانها:
حق داشتن منابع طبیعی مساله محوری خودمختاری استانی است.4 استان کشور هر کدام برای تصاحب منایع زمینی و توزیع آن و همچنین ساخت سد و برق آبی با همدیگر جدال می کنند. یکی از جدالهای دیرپا، بر سر آب می باشد.ایالت سند مدعی است که ایالت پنجاب از موافقتنامه امضا شده بین دو ایالت؛ قبل از استقلال، در خصوص توزیه منایع آبی و شبکه آبیاری توافق شده تخطی کرده است. طرح بنای سد بر روی رودخانه ایندوس نیزکه مبتنی بر علایق و منافع پنجاب بوده و توزیع را به نفع آن ایالت طراحی می کند ،موجب اعتراض سه ایالت دیگر می شود. تملک منابع نفت و گاز از موارد مورد نزاع بلوچستان و سند است.طرح خصوص سازی گاز قدیرپور در سند در سال 2008 موجب اعتراض شدید احزاب و کارگران شد که عمدتا ریشه قومی داشت بطوریکه طرح مزبور معلق شد. همچنین بلوچستان خواستار اشتغال بیشتر در بندر گواتر است که حامل تنش و تعارض می باشد. بلوچستان دارای 1 سوم گاز پاکستان است اما فقیرترین ایالت محسوب می شود که 40درصد مردم آن زیر خط فقر زندگی می کنند.
یکی از مشکلات عمده دیگر که کشور را شدیدا تضعیف کرده است؛ ترسیم شدن قدرت و سیاست بر حسب مرزهای قومی و فرقه ای است. حتی احزاب عمده پاکستان هم دارای تشتت در پایگاهای حمایتی هستند.مثلا در حالیکه پایگاه عمده حزب مرد، ایالت سند است ،حزب مسلم لیگ دارای طرفداران زیادی در پنجاب می باشد.حزب عوام ملی هم نماینده ایالت شمال غرب و حاشیه مرزهای افغانستان است.
قوم گرایی و قبیله گرایی:
جمعیت 170 میلیونی پاکستان به 6 قوم تقسیم شده است.پنجابی( 45 درصد)،پشتون (15 درصد)،سندی(بالای 14 درصد)،سریکی(8 و نیم در صد) ،مهاجر(7 و نیم درصد) و بلوچی (بالای 3 و نیم درصد).تقریبا همه اینها نوعی دشمنی با پنجاب دارند و بلوچستان همیشه محل اعتراضات و قیامهای قومی بوده است که از سوی نظامیان دولت مرکزی با بی رحمی سرکوب شده اند. در سالهای اخیر این اعتراضات موجب انزوای سیاسی و اقتصادی این ایالت شده است.طالبان پشتون از طریق بلوچستان فعالیت می کنند و بیشتر در شهر کوتا حضور دارند که برخی معتقدند بن لادن و ملاعمر در آنجا مخفی شده اند.اینها از پاکستان برای طالبان افغانستان سلاح ارسال می کنند.
اسلام، دولت و تعارضات قومی:
پاکستان همواره و از زمان استقلال خود با این مساله هویتی درگیر بوده است که آیا کشور، دارای ماهیتی دموکراتیک و سکولار و برای همه ادیان واقوام است و یا دولتی اسلامی است. 85 درصد جمعیت سنی و 12 درصد شیعه هستند. گروهی نیز اسماعیلی و پیروان اقا خان می باشند. علاوه بر آن ابهامات مذهبی نیز کشور را رنج می دهد . مثلا آقای کوهن در کتاب "ایده پاکستان" می نویسد که برخی مردم در نواحی روستایی دارای ابهامات ذهنی زیاد در باره مذهب خود هستند و آن را با هندوئیسم و بودیسم و نیز عقاید سوفی گری در آمیخته اند. آقای حقانی می نویسد که در طول تاریخ ،دولتها اعم از نظامی و غیر نظامی کوشیده اند که دین گرایان را بر سکولارها غلبه دهند که نمونه عالی آن ژنرال ضیا الحق است.آنها قوانین و نهاد ها را دینی نموده واز اسلام گرایان تندرو در مقابل سکولارهای داخلی و هند حمایت کردند که نتیجه آن طالبان شد.در این بستر، رقابت بین سنی و شیعه نیز تشدید شد.دولت به شیعیان جامو و کشمیر اجازه فعالیت نمی دهد و نظامیان همه کاره این نواحی هستند. شیعیان دارای نماینده پارلمان و یا جایگاه در امور اجرایی نیستند.
همه این موارد کشور را محل تنش و رقابت و نزاع و نفوذ نیروهای خارجی ،جرم و تبادل موارد مخدر قرار داد.
فقر روز افزون:
دولت فقط 2 درصد از تولید ناخالص داخلی را به آموزش و نیم درصد ان را به بهداشت اختصاص می دهد که از این جهت پاکستان در میان 179 کشور مقام 139 را دارد.سیستم فئودالی نیز اجازه تملک به افراد عادی و رعیت نمی دهد که این هم بر فقر می افزاید.