در این مذاکرات همچنین توافق شد تا سوخت نیروگاه اتمی بوشهر مارس (اسفند) سال جاری به ایران ارسال شود. پیش از این آژانس انرژی اتمی روسیه مشکلات مالی و تغییرات ساختاری شرکت (اتم استروی اکسپورت) را مهمترین دلیل تاخیر در راهاندازی نیروگاه اتمی بوشهر عنوان کرده بود. به گزارش ایسنا محمد سعیدی معاون امور بینالملل سازمان انرژی اتمی ایران پس امضای توافقنامه راهاندازی نهایی نیروگاه بوشهر در جمع خبرنگاران با توجه به تاخیرهای روسیه در راهاندازی نیروگاه بوشهر درباره تمایل ایران برای ارایه پروژههای بعدی خود به این کشور، گفت: ما سعی میکنیم بهترین تجربیاتمان را برای پروژههای بعدی تکرار کنیم. ایران قرارداد ساخت نیروگاههای اتمی بوشهر 1 و 2 را ابتدا با شرکت KWU (کرافت ورک یونیون) آلمان از شرکتهای تابعه زیمنس، هریک به قدرت اسمی 1293 مگاوات و قدرت خالص 1196 مگاوات به امضا رساند، اما زیمنس از تکمیل این نیروگاه که تا حد بسیاری از آن را ساخته بود، پس از پیروزی انقلاب اسلامی سرباز زد و حتی حاضر نشد تجهیزات ساخته شده مدار اول آن را به سازمان انرژی اتمی ایران تحویل دهد. پس از این ماجرا، ایران پرونده شرکت متخلف آلمانی را به دادگاه داوری بینالمللی برد. سپس براساس رای 13 مارس 1982 کلیه قطعات و دستگاههای ساخته شده دو نیروگاه بوشهر تا آن زمان، به اضافه نیمی از سوخت هستهای به مالکیت جمهوری اسلامی درآمد و پیمانکار موظف شد که این قطعات را به صورت تحویل در بندر، به کشورمان تحویل دهد. پس از صدور این رای، سازمان انرژی ایران توانست به تدریج قسمت اعظم این تجهیزات را به ایران بیاورد، اما بخش دیگری از این قطعات و تجهیزات در انبارهای آلمان و ایتالیا باقی ماند و دولت آلمان با تمسک به بهانههای گوناگون از جمله جنگ تحمیلی و سپس اشغال کویت از سوی عراق از ارسال این محمولهها سر باز زد. به همین دلیل ایران در نهایت برای تکمیل این پروژه به سراغ فدراسیون روسیه رفت تا از راکتورهای 1000 مگاواتی روسی برای بهرهمندی از انرژی هستهای برخوردار شود. سرانجام قرارداد تکمیل واحد یکم نیروگاه بوشهر در ژانویه 1996 میان ایران و روسیه اعتبار اجرایی پیدا کرد. از جمله مشکلاتی که در اوایل اجرایی شدن این همکاری بروز کرد، فقدان مشاور با تجربه خارجی بود که بتواند با هر دو فنآوری و طراحی نیروگاههای غربی و روسی آشنایی داشته باشد و درعین حال اجازه همکاری با سازمان انرژی اتمی ایران را داشته باشد.
با وجود فشارهای زیاد سیاسی غرب و به ویژه آمریکا برای قطع همکاریهای هستهای میان ایران و روسیه، این همکاریها ادامه پیدا کرد و مسکو متعهد به تکمیل این نیروگاه شد، با این حال هر بار به دلایل گوناگون تکمیل این نیروگاه به تعویق افتاد. در آخرین برنامهای که برای راهاندازی نیروگاه بوشهر و در جریان سفر رضا آقازاده، رییس سازمان انرژی اتمی ایران و الکساندر رومیانتسف، رییس پیشین سازمان انرژی اتمی روسیه به بوشهر اعلام شد، دو طرف توافق کردند تا این پروژه تا اوایل شش ماهه دوم سال 1385 راهاندازی شود. رییس سازمان انرژی اتمی کشورمان در آن سفر که 9 اسفند 1383 انجام شد، وعده داده بود که پس از نصب و مونتاژ نیروگاه بوشهر، سه ماه دوره تست نیروگاه انجام و در طول شش ماه، راهاندازی نیروگاه انجام شود و به مرحله تولید 1000 مگاوات برسد.( این در حالی است که بر اساس قرار داد اولیه، این نیروگاه میبایست در فروردین 1384 آماده سوختگذاری و رساندن برق هستهای به مردم میشد.) در دیدار آقازاده با رومیانتسف، ایران و روسیه نیز سه موافقتنامه پروتکل بازگردانی سوخت، الحاقیه قرارداد سوخت درباره مسایل مالی و زمان ارسال سوخت هستهای نیروگاه بوشهر را به امضا رساندند. سوخت هستهای نیروگاههای هستهای چندین ماه پیش از راهاندازی آن نیروگاه باید برای آن ارسال شود، اما روسیه با وجود امضای پروتکل بازگردانی سوخت هستهای از ایران که کشورمان را موظف میکند، سوخت تحویل گرفته را به روسیه بازگرداند و روسیه نیز متعهد خواهد شد که این سوخت را برای نگهداری طولانی مدت بپذیرد و آن را باز فراوری کند، هنوز این سوخت به ایران ارسال نشده است و در این امر علاوه بر تعویق در تکمیل نیروگاه هستهای بوشهر، تاخیر داشته است. ایران که قصد دارد 20 واحد نیروگاهی هستهای را در مجموع ظرفیت 20 گیگاوات احداث کند، با وجود تاخیرات و تعللهای روسیه در راهاندازی نیروگاه بوشهر اعلام کرده است، برای احداث نیروگاههای بعدی هستهایاش نیز روسیه را در اولویت قرار خواهد داد. شریفلو، مجری سابق طرح تکمیل نیروگاه اتمی بوشهر، چندی پیش در خصوص شرایط و امکانات فنی نیروگاه بوشهر برای راهاندازی این نیروگاه گفت: این نیروگاه هیچ نقضی به لحاظ فنی ندارد.
برای ایجاد و بهرهبردای از نیروگاه بوشهر حدود 11 هزار سند فنی مورد نیاز بوده است که تمامی آنها در سازمان انرژی اتمی وجود دارد و کارشناسان با تحلیل آنها عملیات اجرایی نیروگاه را انجام دادهاند. از لحاظ فیزیکی نیز از 35 هزار تن تجهیزات مورد نیاز، حدود 30 هزار تن در نیروگاه نصب شده است و بخشی از 5000 تن باقی مانده در داخل کشور و بخشی در روسیه در حال ساخت است. شریفلو همچنین گفت که در طول ساخت نیروگاه بوشهر نظام هستهای و قوانین فعالیتهای اتمی در کشور شکل گرفت. بیش از 15 سال نیروگاه اتمی بوشهر به صورت نیمهتمام رها شده بود و نگهداری تجهیزات آن به صورت ناقص از سال 57 تا 75 و نیز آسیبهای وارد آمده در سالهای جنگ از مسایل و مشکلات فیزیکی رودر روی تکمیل نیروگاه بود. طرح نیروگاه اتمی بوشهر تغییر استانداردها در طول سالهای توقف تکمیل نیروگاه را از دیگر مشکلات به وجود آمده است با گذر زمان و پیشرفت علوم و با تغییر استانداردها و سخت شدن آنها برای افزایش ضریب اطمینان استفاده از تکنولوژی صلحآمیز هستهای، اجبار به تغییر در تجهیزات را به وجود آورد. به روز رسانی تجهیزات نیروگاه را از دیگر مسایل موجود در مسیر تجهیز نیروگاه وسایلی که حدود 20 تا 25 سال در نیروگاه بیکار بودهاند، باید یکبار از مدار خارج شده، آزمایش صحت کارایی بر روی آنها صورت میگرفت و سپس در صورت نبود اخلال در انجام کار به مدار بازگردانده میشد که این خود انرژیگیر و زمانبر بود. در حال حاضر علیرضا مرادیان، رییس پروژه نیروگاه اتمی بوشهر مدیریت این طرح را بر عهده دارد. نیروگاه اتمی بوشهر میتوانست در سالهای گذشته در حالی که پیمانکار روسی با مشکلات مالی و ساختاری رو بر و نبود راهاندازی شود. اما به نظر میآید تاخیر 7 ساله در راهاندازی این نیروگاه به چیزی بیش از مشکلات مالی و ساختاری شرکت (اتم استروی اکسپورت) بستگی داشته است. مهندس رضا آقازاده رییس سازمان انرژی اتمی کشورمان پیش از ورود به مسکو اظهار داشت که معتقدم پیمانکار روسی از نظر فنی از قابلیتهای لازم برخوردار نیست و از ابتدا مشخص بود که این قابلیت را ندارد. وی همچنین به اصل امضای این قرارداد در زمان خود انتقاد کرد و افزود: اگر در زمان امضای قرارداد تکمیل نیروگاه بوشهر حضور داشتم، امضای آن را توصیه نمیکردم. رییس سازمان انرژی اتمی کشورمان تصریح کرد: من هنوز نمیدانم چرا درحالی که میتوانستیم قراردادهای دیگری برای ساخت نیروگاه داشته باشیم، نظام در آن زمان به یکباره تغییر سیاست داد و قرارداد تکمیل نیروگاه بوشهر را با این پیمانکار امضا کرد.