سفر پاپ بندیکت شانزدهم به ترکیه و دیدار وی با مقامات سیاسی و مذهبی ترکیه وبویژه ملاقات و گفت و گو با بارتولومئو اول رهبر کلیسای ارتدکس، از چند بعد قابل تامل و بررسی است. رهبرکاتولیکهای جهان باانجام این سفراز یک طرف درصدد برآمد تا جبران اظهارات خود در دانشگاه رگنزبورگ که باعث رنجش شدید مسلمانان شد، بنماید و از طرفی نیز خواست نشان دهد که واتیکان با گفت و گو و تعامل بین مذاهب نه تنها مخالفتی ندارد، بلکه در این راستا گام نیز میبردارد و از طرفی دیگر باتوجه به دشمنی و اختلافات دیرینه بین کلیسای ارتدکس و کاتولیک نیز در صدد برآمد تا نشان دهد، وی و کلیسای کاتولیک در صدد رفع سوءتفاهمهای گذاشته است و بسوی هدایت پیروان مسیح (ع)، دوستی و وحدت گام برمیدارد. برای رسیدن بهاین نتیجه لازم است که به اختصار به تاریخچه اختلافات دو کلیسای ارتدکس و کاتولیک اشارهای شود.
کلیسای ارتدکس و کاتولیک در پیاختلافات بر سر تقسیم قدرت دراواخر قرن هشتم و اول قرن نهم میلادی، ازیکدیگر جدا شدند و از آن زمان رقابت ها بین این دو کلیسا اوج گرفت. امپراطوری بیزانس (رم شرقی) پس ازاین جدایی، مرکز حاکمیت خود را به شهر استانبول منتقل و آنرارم جدید نامید.باشروع جنگهای صلیبی به علت اینکه دولت امپراطوری بیزانس که ارتدکس بود، در میان جهان اسلام و جهان مسیحت قرار داشت از هجوم صلیبیون نیز مصون نبود و این امر باعث تشدید درگیریها و اختلافات بین دو کلیسا گردید.
یونانیان ارتدکس معتقدند که فرانگها با حمایت پاپ درآن عصر اقدام به تخریب آثار گران بهای کلیساهای ارتدکس مستقر در استانبول کردند و مقادیر زیادی از این آثار را نیز به اروپا انتقال دادند.یونانیان ارتدکس همچنین براین باور هستند که این اقدام جنگجویان و رفتار دشمنانه کاتولیکها باعث گردید تا پایههای امپراطوری بیزانس سست و در نهایت بسوی سقوط سوق داده شود.طبق این نظرات یونانیان، درخلال جنگهای صلیبی که بیش از صد سال به طرق مختلف ادامه داشته است، بالاخره در سال 1204میلادی، استانبول بدست فرانگها که مورد حمایت همه جانبه پاپ در آن زمان بودند، افتاد.پاپ ژان پل دوم دو سال قبل از فوتش به منظور رفع سوی تفاهمهای بین دو کلیسای ارتدکس و کاتولیک، تحت تدابیر شدید امنیتی و با مخالفت تعداد زیادی از رهبران کلیسای یونان، بهاین کشور سفر کرد و طبق نوشته مطبوعات یونان در آن زمان وی رسما از اقدامات کاتولیکها بر علیه ارتدکسها در خلال جنگهای صلیبی عذر خواهی کرد و خواستار رفع اختلافات و به فراموشی سپردن گذشته شد.پاپ ژان پل دوم درواقع پساز حدود هشتصد سال، نخستین پاپی بود که بطور رسمی به یونان سفر کرده بود.
یکی دیگرازاختلافات ارتدکسها و بخصوص یونانیان ارتدکس مساله اونیا می باشد که این امر باعث شده است تا در این عصر دشمنی و اختلافات بین دو کلیسا شدت بیشتری نیز پیدا کند.اونیا طبق گفته یونانیان بدین معنی است که پاپ و کلیسای کاتولیک به کشیشهای خود اجازه میدهند که با حضور در کلیساهای ارتدکس، با لباس و فرم کشیشان کلیساهای ارتدکس ظاهر شده و دراین کلیسا که دارای فرم خاص ارتدکس نیز هستند، به تبلیغات برای دیدگاههای واتیکان و پاپ بپردازند که این امر باعث خشم ارتدکسها شدهاست، زیرا معتقدند اعزام کشیش بهشکل و فرم کشیشان ارتدکس به منظور تبلیغ برای پاپ و واتیکان سوءاستفاده از لباس و سنت ارتدکس در جهت منافع کلیسای کاتولیک میباشد.
این امر باعث گشته است تا کلیسای ارتدکس تا چند سال پیش حتی حاضر به پذیرش و یا دیدار با رهبران کلیسای کاتولیک نباشد و آنان را بیشتر سیاسی بداند تا مذهبی.رسانههای جمعی یونان در روزهای اول سفر پاپ به استانبول و دیدار با رهبر پاتریارک استانبول پرداختند،ولی پساز چند ساعت و وقتی که پاپ بدون ادای احترام مذهبی وارد مسجد ایا صوفیا که هم اکنون موزه میباشد، شد تا حدودی از شدت جریان خبری کاسته و تلویحا از وی نیز انتقاداتی به عمل آوردند. انتقادی دیگری را نیز درباره بیانیه مشترک رهبر کاتولیکهای جهان و اسقف اعظم استانبول منتشر نمودند، و آن اینکه چرا بیانیه مشترک رهبر کلیسای کاتولیک و اسقف اعظم استانبول شامل حمایت از مسیحیون درکشورهایی که دارای مشکل هستند میباشد و چرا به تمام انسانهایی که دراین مناطق دارای مشکلاتی هستند، اشارهای نشده است.
پاپ دراین سفر برای جبران اظهارات نادرست خود درباره اسلام به مسجد آبی استانبول رفت و باتعدادی از رهبران مذهبیاسلامی دراین شهردیدار کرد.حضور وی دراین مسجد وابراز حمایت از الحاق ترکیه بهاتحادیه اروپا و استفاده از عبارتی که واتیکان خواستار گفت وگو و احترام به پیروان دیگر مذاهب است، در واقع توانست تا حدودی دل مسلمانان را بدست آورد. تحلیلگران مسایل کلیسایی در آتن براین عقیدهاند که صرفا این گونه سفرها نمی تواند حداقل در چند سال آینده، باعث حل اختلافات عمده و عمیق بین دو کلیسای کاتولیک و ارتدکس گردد، زیرا مسالهاونیاهمچنان بهقوت خود باقی است و در واقع پاپ با استفاده از روشی سیاسی درصدد دستیابی به اهداف خود می باشد.