در تاریخ 12 خرداد 1366 با پیشنهاد شورای مرکزی و موافقت حضرت امام فعالیت های حزب جمهوری اسلامی تعطیل شد و این پایانی بود بر فراگیرترین حزب سیاسی بعد از انقلاب که به ریاست شهید بزرگوار بهشتی آغاز بکار کرده بود.
حزب جمهوری اسلامی از بدو تأسیس تا تعطیلی دو مقطع حساس و تعیین کننده را پشت سر گذاشت.
1-از تأسیس تا شهادت دبیرکل (شهادت آیت الله بهشتی در هفتم تیرماه سال 60)
2-پس از شهادت ایشان تا تعطیلی آن در خرداد 66
حزب جمهوری اسلامی به خصوص در مقطع اول حیات خویش نقش تعیین کننده و تأثیرگذاری در سیر جریان انقلاب داشت، اما روند حرکت آن به تدریج رو به افول رفت و در نهایت به انحلال آن انجامید.
در این بین همواره این سوال مطرح بود که چه عواملی موجب زوال حرکت حزب جمهوری را فراهم آوردند.
مهم ترین عاملی که موجب شد که این حزب نتواند به کار خود ادامه دهد، وجود اختلاف در بین اعضای آن بود؛ اختلافاتی که بعد از شهادت دکتر بهشتی افزایش یافت. در متن نامه ای که موسسین آن، یعنی حضرت آیت الله خامنه ای و هاشمی رفسنجانی خطاب به امام (ره) ارسال می دارند نیز به این مسئله اشاره شده است:«... ممکن است تحزب در شرایط کنونی بهانه ای برای ایجاد اختلاف و دو دستگی و موجب خدشه در وحدت و انسجام ملت گردد و حتی نیروها را صرف مقابله با یکدیگر و خنثی سازی یکدیگر کند... مصلحت کنونی انقلاب در آن است که «حزب جمهوری اسلامی» تعطیل و فعالیت های آن به کلی متوقف گردد.»
حضرت امام نیز در پاسخ نامه ایشان متذکر شده اند:«موافقت می شود، لازم است تذکر دهم که حضرات آقایان موسسین محترم حزب، مورد علاقه اینجانب می باشند. امیدوارم همگی در این موقع حساس با اتفاق و اتحاد در پیشبرد مقاصد عالیه اسلام و جمهوری اسلامی کوشا باشید. ضمناً تذکر می دهم که اهانت به هر مسلمانی چه عضو حزب باشد و یا نه، برخلاف اسلام و تفرقه اندازی در این موقع از بزرگترین گناهان است.»
مناقشات موجود اغلب بر سر اختلاف نظراتی بود که برای حل مسایل مختلف سیاسی، فرهنگی، اقتصادی پیش می آمد و هر یک از طرف های اختلاف راهکار پیشنهادی خود را صحیح می دانست. این اختلافات با حضور شخصیت فاضل و برجسته ای چون شهید بهشتی در رأس حزب، همچنین وجود دشمنی مشترک همچون جریان های لیبرال و منافقین و بنی صدر کمتر ظهور و بروز می یافت. اما با شهادت دکتر بهشتی و به محاق رفتن جریان های ضد انقلاب در سطح جامعه و سپردن امور کشور به نیروهای خط امام، به تدریج زمینه علنی شدن اختلافات فراهم آمد. مسئله دیگری که در این میان مطرح می گردد این است که چه کسانی در رأس اختلافات قرار داشتند؟
در پاسخ به این سوال باید گفت، در ابتدای تأسیس دو جریان در حزب شکل گرفت که در مقابل یکدیگر صف آرایی داشتند. یک جبهه با محوریت شهید حسن آیت بود که در مقابل میرحسین موسوی و تیم همراهش قرار داشت. شهید آیت که دارای سابقه مخالفت با جریان ملی گراها، نهضت آزادی ها و جنبشی ها را به خصوص در مجلس خبرگان تدوین قانون اساسی داشت، از طرف مردم تهران نماینده مجلس شورای اسلامی دوره اول گردیده بود. وی در عین حال مسئول دفتر سیاسی حزب هم بود. اختلافات پس از شهادت شهید بهشتی در عرصه سیاسی علنی شد، بخصوص هنگامیکه میرحسین موسوی برای تصدی پست وزارت امور خارجه مطرح شد. در روز 14 تیرماه ، شهید آیت در مجلس شورای اسلامی به عنوان مخالف، نظراتش را بیان کرد و با اشاره به مقالاتی که در روزنامه جمهوری درباره مصدق درج شده بود، گفت: «اگر ایشان الان هم به این سوال من پاسخ بگویند، شاید مسئله حل شده است که آیا مصدق امام (ره) را قبول دارند که امام (ره) می فرمایند مصدق به اسلام سیلی زد، مصدق مسلم نبود. یا مقاله اخیری که تحت عنوان خیابان مصدق نوشتند. کدامیک از این دو مصدق را، ایشان قبول ]دارند[ صریحاً بگویند. دلم می خواهد که ایشان صریحاً جواب بدهند.»
بالاخره مجلس به میرحسین رأی مثبت داد. اما صبح روز 14 مرداد که بار دیگر مسئله بررسی کابینه شهید باهنر در مجلس مطرح بود، آیت در مقابل منزلش هنگام خروج مورد هدف 06 گلوله قرار گرفت و به شهادت رسید. چندی بعد در هشتم شهریور، شهید رجایی (رئیس جمهور) و شهید باهنر (نخست وزیر) که دبیرکل حزب هم بود در دفتر نخست وزیری در آتش انفجار بمب سوختند و در مهرماه سال 60 آیت الله خامنه ای که از جراحت ناشی از انفجار ششم تیرماه 06 ، بهبود یافته بودند، به عنوان کاندیدای ریاست جمهوری مطرح و با بالاترین آرا، رئیس جمهور شدند.
با انتخاب آیت الله خامنه ای به عنوان رئیس جمهور در مهر 1360 و در زمانی که ایشان دبیرکلی حزب جمهوری اسلامی را نیز بر عهده داشتند، رایزنی های متعددی صورت گرفت تا میرحسین کاندیدای نخست وزیری گردد. وی توانست با کسب 115 رأی از میان 202 رأی اخذ شده از مجلس اول شورای اسلامی رأی اعتماد بگیرد.
با نظر رئیس جمهور و رئیس مجلس وقت، تصمیم بر این شد که میرحسین با همان کابینه شهید باهنر کار را شروع کند و ترکیب کابینه به هم نخورد. در این کابینه برخی از اعضای حزب که از اعضای کلیدی جمعیت موتلفه بودند و از اعضای موثر حزب جمهوری اسلامی به شمار می رفتند با شهید آیت همفکر بوده و با مهندس موسوی اختلاف نظر داشتند. افرادی چون حبیب الله عسکراولادی(وزیر بازرگانی)، احمد توکلی(وزیرکار)، مرتضی نبوی(وزیر پست و تلگراف) ، ناطق نوری (وزیر کشور) از مهمترین این افراد بودند. با طرح مسائل اقتصادی و امور بازرگانی اختلافات بالا می گرفت. نمایندگان مجلس اول هم که اکثریت اعضای آن عضو حزب جمهوری اسلامی بودند، به موافق یا مخالف دولت تقسیم شده بودند، بگونه ای که جماعتی از سیاست های اقتصادی دولت میرحسین حمایت می کردند و گروهی نیز با سیاست های این دولت مخالف بودند. ردپای این اختلافات را می توان در خاطرات آقای هاشمی نیز مشاهده نمود.
هاشمی می نویسد:« شب در جلسه مشترک مسئولان اجرایی و نمایندگان مجلس حزب شرکت کردم مقداری از وقت در انتقاد از حزب و روزنامه [جمهوری اسلامی] گذشت. آقای آیت به خط روزنامه اعتراض داشت آقای [میرحسین] موسوی دفاع کرد.» یا در سال 61 می نویسد:«جلسه شورای مرکزی حزب داشتیم وقت را صرف انتقاد دو جناح در یکدیگر کردیم آقای مهندس م[یرحسین] موسوی و آقای [مسیح] مهاجری از (یک) طرف و آقای [اسدالله بادامچیان] و آقای [سعید] امانی از طرف دیگر صحبت کردند.»
مجموعه ای که همراه دیدگاه اقتصادی میرحسین در دولت بودند دیدگاه ها یشان ناشی از جریان انقلاباتی بود که در جهان راه افتاده بود. اختلافات در حوزه مسایل اقتصادی کار را به آنجا کشاند که جریان راست کابینه مجبور به کناره گیری شد و در نهایت منجر به استعفای آقای عسکراولادی از وزارت بازرگانی گردید و بعد هم احمد توکلی از وزارت کار کنارگذاشته شده، ابوالقاسم سرحدی زاده به عنوان وزیر کار جدید معرفی گردید. افرادی چون بهزاد نبوی وزیر مشاور میرحسین و محمد سلامتی وزیر کشاورزی و کسان دیگری، تیم اقتصادی جدیدی را در دولت تشکیل دادند که به مواضع میرحسین نزدیک بود. این موضوع تا پایان دوره اول چهار سال ریاست جمهوری آیت الله خامنه ای ادامه داشت. در مرحله دوم، رئیس جمهور تصمیم جدی و قطعی خود را در این دید که دیگر میرحسین را برای نخست وزیری معرفی نکند. اما نامه 135 نفر از نمایندگان مجلس به حضرت امام (ره) و نامه محسن رضایی به عنوان فرمانده سپاه در جنگ مبنی بر ضرورت تداوم دولت موسوی به آنجا منجر شد که حضرت امام(ره) بر تداوم نخست وزیری موسوی تأکید ورزیدند و حضرت آیت الله خامنه ای که در تبعیت از امام تسلیم کامل بود، به این امر رضایت داد.
حضور مجدد موسوی بر جایگاه نخست وزیری بر شدت اختلافات افزود و این اختلافات به قوای دیگر از جمله مجلس و دستگاه قضایی نیز کشیده شد. این اختلافات تا به آنجا پیش رفت که جبهه های جنگ را نیز متأثر از خود کرد.
این مسئله همچنین موجب شد تا موسسین حزب که پاره ای از اختلافات را در دل اختلافات درون حزب جمهوری اسلامی می دیدند بر آن شدند تا برای فروکش کردن بخشی از شعله های اختلاف، به انحلال حزب جمهوری اسلامی رضایت دهند.
هر چند بعد از توقف فعالیت حزب، اختلافات به جاهای دیگری از جمله جامعه روحانیت مبارز سرایت کرد و در سال 1367 انشعاب جدی در آن بوجود آمد که محصول آن شکل گیری مجمع روحانیون مبارز با حضور افرادی چون؛ کروبی، خاتمی، موسوی خوئینی ها، محتشمی پور و ... بود؛ جریانی که قرابتهای بسیاری با دولت موسوی داشتند.