یکی دیگر از موضوعات مهم برای جهاد تبیین، مسئله مبارزه با خرافات و بدعت‌هاست. خرافه، عقاید باطل و بی‌اساس یا عمل نامعقولی است که به کلی خلاف منطق و واقعیات تلقی می‌شود. بدعت، به معنای نسبت دادن چیزی به قصد اینکه جزء دین است، در حالی که در واقع مطابق با هیچ یک از دستورات کلی دین و شریعت نیست. خرافه و بدعت زیر مجموعه انحراف هستند؛ چون به‌طور کلی خرافه و بدعت، انحراف و کجروی از راه حق و صراط مستقیم الهی است؛ اما هر انحرافی، بدعت در دین یا خرافه نیست. با این حال، در بسیاری از موارد در کتاب‌های دینی هر سه واژه کنار هم یا به‌جای یکدیگر استفاده می‌شوند.
مقابله با بدعت و خرافه از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است؛ به گونه‌ای که اهل بیت عصمت و طهارت(ع) هم در سال‌های زندگانی خود به این امر خطیر توجه داشته‌اند. از نمونه‌های مبارزات حضرات معصومین(ع) می‌توان به بحث جبر و تفویض، رهبانیت، غلات و... اشاره کرد. اولین گام برای مقابله با بدعت و خرافه، آگاه کردن مردم از حقیقت ماجراست. روشنگری و آگاهی‌بخشی به مردم در این مسائل موجب جلوگیری از بدعت و همچنین از بین رفتن خرافات می‌شود. مرحله دوم، جلوگیری از تقلیدهای کورکورانه و بدون علم است که در قرآن هم مذمت شده است. مرحله بعد، برائت از بدعت‌گذاران است. رهبر معظم انقلاب در دیدار با جمعی از روحانیون در تاریخ 1373/3/17 بدعت در عزاداری را تقبیح کرده و فرمودند: «بنده خیلی متأسفم که بگویم در این سه، چهار سال اخیر، برخی کارها در ارتباط با مراسم عزاداری ماه محرّم دیده شده است که دست‌هایی به غلط، آن را در جامعه ما ترویج کرده‌اند. کارهایی را باب می‌کنند و رواج می‌دهند که هر کس ناظرِ آن باشد، برایش سؤال به‌وجود می‌آید. به‌عنوال مثال، در قدیم‌الایام بین طبقه عوام‌النّاس معمول بود که در روزهای عزاداری، به بدن خودشان قفل می‌زدند! البته، پس از مدتی، بزرگان و علما آن را منع کردند و این رسمِ غلط برافتاد. اما باز مجدّداً شروع به ترویج این رسم کرده‌اند و شنیدم که بعضی افراد، در گوشه و کنار این کشور، به بدن خودشان قفل می‌زنند! این چه کارِ غلطی است که بعضی افراد انجام می‌دهند!؟ قمه زدن نیز همین‌طور است. قمه زدن هم از کارهای خلاف است... اخیراً یک بدعت عجیب و غریب و نامأنوس دیگر هم در باب زیارت درست کرده‌اند! بدین ترتیب که وقتی می‌خواهند قبور مطهّر ائمّه(ع) را زیارت کنند، از درِ صحن که وارد می‌شوند، روی زمین می‌خوابند و سینه‌خیز خود را به حرم می‌رسانند!... آیا هرگز شنیده‌اید که یک نفر از ائمّه(علیهم‌السّلام) و یا علما، وقتی می‌خواستند زیارت کنند، خود را از درِ صحن، به‌طور سینه‌خیز به حرم برسانند؟!»