مجلس خبرگان رهبری را می‌توان عالی‌ترین نهاد در ساختار حقوقی جمهوری اسلامی دانست. با تشکیل اولین مجلس خبرگان رهبری در سال 1361، تنظیم آیین‌نامه مربوط به مجلس خبرگان رهبری مطابق با اصل 108 قانون اساسی آغاز شد و نمایندگان ضمن تصویب قوانین مختلف به موضوع چگونگی برگزاری انتخابات مجلس خبرگان نیز عنایت داشتند که در این میان مسئله احراز هویت نامزدها و نهادی که صلاحیت بررسی آن را داشته باشد، به مهم‌ترین مسئله بدل شد. در این بین مباحث گوناگونی مطرح شد، اما مبنای کار توجه به دو اصل بود:
الف‌ـ نهادی صلاحیت دارد تا صلاحیت نامزدهای انتخاباتی مجلس خبرگان را (که اعضای آن باید مجتهد باشند) بررسی کند که اعضای‌شان مجتهد باشند.
ب‌ـ نهادی باید متولی این امر شود که از جایگاه حقوقی برخوردار باشد و این امر نمی‌تواند به یک نهاد برون حاکمیتی که جایگاه حقوقی مشخصی ندارد، واگذار شود؛ چرا که چگونه آن مجموعه می‌تواند طرف حساب نهادهای حقوقی حاکمیتی همچون وزارت اطلاعات و نیروی انتظامی و... باشد و از آنها درخواست استعلام درباره افراد کند؟
در نظام حقوقی جمهوری اسلامی پنج مجموعه هستند که هم رسمی‌ـ قانونی بوده و هم مجتهد هستند که عبارتند از: ۱ـ رهبری،
2ـ رئیس قوه قضائیه، 3ـ رئیس دیوان‌عالی کشور، 4ـ دادستان کل کشور، 5ـ شش فقیه شورای نگهبان. لذا اگر قرار باشد نظارتی بر این انتخابات مجلس خبرگان صورت بگیرد، ناگزیریم که این امر را به یکی از این پنج جایگاه حقوقی واگذار کنیم که بدون شک مناسب‌ترین آنها نهاد شورای نگهبان خواهد بود که هم طبق قانون اساسی، اساساً نهادی نظارتی است و نظارت بر اجرای دو انتخابات ریاست‌جمهوری و مجلس شورای اسلامی را نیز بر عهده دارد و برای این کار از سازوکار و تشکیلات کارآزموده برخوردار است. همچنین بر یک فرد تکیه نداشته و شورایی عمل می‌کند.
اینگونه بود که اعضای اولین مجلس خبرگان رهبری پس از بحث و گفت‌وگو و بررسی‌های گوناگون، شورای نگهبان را برای این امر برگزیدند، در حالی که هیچ نهاد و جایگاه مناسبی برای سپردن این امر وجود نداشت. پس از بازنگری قانون اساسی در سال 1368 بود که این انتخاب مجلس خبرگان در قانون اساسی هم نمایان شد و اصل 99 قانون اساسی اینگونه اصلاح شد: «شورای نگهبان نظارت بر انتخابات مجلس خبرگان رهبری، ریاست‌جمهوری، مجلس شورای اسلامی و مراجعه به آرای عمومی و همهپرسی را بر عهده دارد.»