امام خمینی(ره) موضوع مصلحت را ناظر به حکم ثانوی مطرح می‌کنند. امام خمینی(ره) در این زمینه می‌فرمایند: «دادگاه‌ها مشی‌شان را مشى اسلامى قرار بدهند... و اين حيثيت حفظ مىشود به اينکه به مُرّ اسلام عمل بشود، اعم از احکام اوليه و چنانچه نشد و تشخيص داده شد به اينکه الآن مصلحت در حکم ثانوى است، احکام ثانويه؛ و اما اين هم بايد روى تشخيص
صحيح باشد.»
همچنین امام راحل در بیانی دیگر تصریح و تأکید می‌کنند: «... خدا اين طور نيست که در نظر نگرفته باشد که مصلحت چى است براى يک ملت... آنجاهايش هم که مصلحتى در تغييرات بوده است، خدا گفته است آنها را. احکام ثانويه براى همين معناست که گاهى يک مسائلى در جامعهها پيش مىآيد که بايد يک احکام ثانويهاى در کار باشد، آن هم احکام الهى است، منتها احکام ثانويه الهى است.»
در توضیح این نکته باید به تفاوت حکم اولی و ثانوی اشاره کرد. حکم اولی، یعنی حکم یک موضوع بدون در نظر گرفتن شرایط و احوالات مکلف. برای نمونه، حکم اولی شرب خمر، حرمت است؛ یعنی شرب خمر بدون در نظر گرفتن شرایط بیرونی و وضعیت‌هایی که ممکن است برای مکلف پیش بیاید، حرام است؛ اما همین شرب خمر، ممکن است وضعیت‌های متفاوتی را در کنار خود ببیند؛ مانند حالت اضطرار؛ یعنی حالتی که مکلف به خاطر نبودن غذا ، در شُرُف هلاکت است و برای رفع گرسنگی خود‌ـ که به هلاکت وی منجر می‌شود‌ـ تنها غذایی که به آن دسترسی دارد، گوشت حیوان حرام باشد. در اینجا با توجه به اضطرار مکلف برای رفع گرسنگیآ طعام حرام حلال خواهد بود. این حلالیت، حکم ثانوی است؛ یعنی حکم خوردن طعام حرام با توجه به حالت اضطرار مکلف.
اما نکته مهم که نباید از آن غفلت ورزید، این است؛ همان طور که احکام اولیه، بر اساس مصلحت انسان‌ها است، پشتوانه احکام ثانویه نیز همین مصالح است. به عبارت دیگر، خداوند متعال هم در احکام اولیه و هم در احکام ثانویه، مصالح انسان‌ها را لحاظ کرده است.
بر همین اساس، همان طور که می‌بینیم امام خمینی(ره) مصلحت را قرین با حکم ثانوی می‌کنند و البته با توجه به اینکه نیازی به اعمال ولایت در صدور حکم ثانوی نمی‌بیند، این مصلحت، ارتباطی با حکم حکومتی نخواهد داشت؛ بلکه تشخیص موضوع حکم ثانوی برای اداره جامعه، با کارشناسان و متخصصان است.