یکی از نکات مهم و اساسی در کارکرد مجلس، نحوه تعامل آن با دولت است. از این منظر و با توجه به نوع تعامل این دو قوه، دو حالت ممکن است پدید آید؛ حالت اول رابطه‌ای همراه با تنش و اصطکاک است، یعنی مجلس هم در بعد قانون‌گذاری و هم نظارتی، به گونه‌ای عمل کند که با دولت به عنوان مجری قانون وارد درگیری شده یا قوانینی تصویب کند که امکان اجرا نداشته باشند. حالت دوم این تعامل می‌تواند نوعی همکاری و همدلی با حفظ اصول و چارچوب‌های منطقی و منطبق با شرح وظایف دو طرف باشد.
اگر حالت اول رخ دهد، نتیجه هدر رفتن بخش قابل توجهی از توان کشور و سر ریز شدن اختلافات به فضای عمومی خواهد بود که رهبر معظم انقلاب بارها نسبت به آن هشدار داده‌اند. حالت دوم که وضعیتی مطلوب است، نتایج و برکات بسیاری را برای کشور و ملت به همراه دارد که بسیار مورد توجه و تأکید رهبر معظم انقلاب است و دستاوردهای عمومی و ملی برای کشور دارد.
البته به نظر می‌رسد به دلیل نوع و گستره نقش دولت و اینکه بار اصلی به دوش دولت است، توصیه رهبری معظم انقلاب این است که باید بیشتر ملاحظه دولت را داشت و بنا را بر تعامل و همکاری صادقانه با آن گذاشت. مسلماً در چنین صورتی چون برآیند کار در گرو تعامل و همکاری همه قوا برای انجام بهینه امور کشور است، مردم در نهایت کار از آثار و نتایج معهود و مورد انتظار بهره‌مند خواهند شد و این غایت هدف حکومت در اسلام است.
معظم‌له در این باره می‌فرمایند: «قوه مجریه وسط میدان ایستاده است‌ـ چه این دولت، چه هر دولت دیگری‌ـ و کارها به عهده اوست، بارها بر دوش اوست، ملامت‌ها به طرف او سرازیر می‌شود، سؤال‌ها و مؤاخذه‌ها از او می‌شود؛ لذا باید ملاحظه او را کرد. به قوه مجریه هم ما همیشه سفارش می‌کنیم؛ این حق عظیمی که در قانون برای مجلس قانون‌گذاری و برای کل قانون ملاحظه شده، باید از طرف مجریان رعایت شود. قانون اساس کار است، قانون ریل حرکت این قطار است؛ شما باید زحمت بکشید این ریل‌گذاری را بکنید، آنها هم باید بر روی این ریل حرکت کنند. شما کمک کنید که این ریل جوری باشد که این قطار سر پیچ بتواند بپیچد.»
البته در این تعامل هم باید مراقب آفات مبتلابه دولت بود و هم مجلس؛ نباید دولت در رویه اتکا به خود قرار گیرد و از توصیه‌ها و تذکرات کارشناسی مجلس که برآیند خرد جمعی و نماینده تفکر مردم هستند، خود را محروم کند.