پس از تأسیس مجمع تشخیص مصلحت نظام، روند کارها مشخص شد و برای تعیین و تشخیص مصلحت، خرد جمعی تصمیم می‌گرفت که در حکم بازوی مشورتی ولی فقیه بود. آنچه برای این نهاد بسیار مهم ضروری است، این است که تحت هر شرایطی یک نهاد انقلابی باقی بماند؛ زیرا این نهاد برآمده از نیازهای انقلاب اسلامی و به نوعی امتداد وجودی بُعد مدیریتی امام خمینی(ره) است.
در واقع، امام خمینی(ره) برای مدیریت کشور بر اساس اسلام، به نهادسازی دست زدند و این نهادها مولود انقلاب است؛ به همین دلیل باید کاملاً ذیل انقلاب و تفکر انقلابی تعریف شود و رهبر معظم انقلاب نیز به این نکته تصریح می‌کنند؛ اما با همه این اوصاف، مواردی پیش می‌آید که فرصت کافی برای تشخیص و تأیید قانون بر اساس مصلحت نظام نیست و نمی‌توان فرصت را از دست داد.
در چنین شرایطی، امام خمینی(ره) راهکار دومی را تعیین کردند که همان صدور حکم حکومتی از سوی ولی فقیه جامع‌الشرایط و بصیر و آگاه به شرایط است.
رهبر معظم انقلاب در این زمینه می‌فرمایند: «در مواردى اگر مسئولان و دست‌اندرکاران امور بخواهند قانونى را که معتبر است موبه‌مو عمل کنند، دچار مشکل مى‌شوند. قانون بشرى همين‌طور است. قانون اساسى راه چاره‌اى را باز کرده و گفته آنجايى که مسئولان امور در اجراى فلان قانون مالياتى يا سياست خارجى، بازرگانى، صنعتى و دانشگاهى دچار مضيقه مى‌شوند و هيچ کار نمى‌توانند بکنند‌‌‌ـ مجلس هم اين‌طور نيست که امروز شما چيزى را ببريد و فردا تصويب کنند و به شما جواب دهند‌‌‌ـ رهبرى مرجع است... دولت قبلى و دولت فعلى گاهى راجع به مسائل گوناگون نامه مى‌نويسند که در اينجا مضيقه وجود دارد، شما اجازه بدهيد که اين بخش از قانون نقض شود. رهبرى بررسى و دقت مى‌کند و اگر احساس کرد که به‌ناگزير بايد اين کار را بکند، آن را انجام مى‌دهد. جاهايى هم که به صورت معضل مهم کشورى است، به مجمع تشخيص مصلحت ارجاع مى‌شود. اين معناى ولايت مطلقه است.»
همانطور که ملاحظه می‌شود در اینجا سخن از نقض قانون به دلیل شرایط خاص و ایجاد تزاحم است که به علت ضیق وقت و اهمیت موقعیت، نمی‌توان منتظر روند معهود و مرسوم برای بررسی قانون و رفع مشکلات آن شد که در این حالت، ولی فقیه با بررسی و دقت و حساسیت بالا، تصمیم می‌گیرد و حکم حکومتی صادر می‌شود.