بر اساس اندیشه سیاسی شیعه، حاکمیت، اصالتاً و بالذات از آن خداوند است. این حاکمیت از طرف خداوند به پیامبر اسلام(ص) و ائمه معصوم(ع) تفویض شده است. بر همین مبنا، مشروعیت حکومت پیامبر اسلام(ص) و ائمه معصوم(ع) ناشی از تفویض خداوند به ایشان است. از این رو، تمامی حکومت‌هایی که ناشی از اذن الهی نباشند، مشروعیت ندارند. از آنجا که این اندیشه بر تغییر ساختار قدرت و به‌ویژه رهبری آن تأکید دارد، به‌معنای انقلابی‌بودن این اندیشه است.
امام خمینی(ره) بر اساس نظریه امامت، تمامی حکومت‌های پس از پیامبر(ص) تا عصر حاضر، به‌جز دوره کوتاه حکومت امام علی(ع) را حکومت جور می‌دانند و بر مشروعیت حاکمیت معصوم در عصر حضور و حاکمیت فقیه جامع‌الشرایط در عصر غیبت تأکید دارند. ایشان نظریه ولایت فقیه را بر اساس اندیشه سیاسی شیعه و الگوی امامت مطرح کردند و با استفاده از ادله گوناگون، آن را برهانی کردند. بنابراین، از نظر ایشان تنها حکومت معصوم و فقهای جامع‌الشرایط مشروعیت دارد و سایر حکومت‌ها نامشروع و جائرند و بر فقهای جامع‌الشرائط واجب است که با ایجاد شرایط، حکومت تشکیل دهند.
به لحاظ تاریخی، وقتی که شرایط مهیا نبود و حکومت شاهنشاهی هم برخی اصول را رعایت می‌کرد، ایشان اقدام انقلابی خاصی انجام ندادند؛ اما در عین حال، متوجه ایجاد مقدمات، زمینه‌سازی‌ها و آگاه‌سازی عموم مردم بودند تا اینکه با فراهم‌شدن تدریجی شرایط، اندیشه انقلاب اسلامی را به صراحت مطرح کردند. این اندیشه بر مبانی فقهی استوار بود که ایشان به‌عنوان یک فقیه، ضرورت انقلاب را از آنها استنباط کرد. شاید مهم‌ترین مبانی فقهی انقلاب اسلامی در اندیشه امام خمینی(ره)، عبارت باشد از: امر به معروف و نهی از منکر، وجوب نفی سلطه اجانب و وجوب ظلم‌ستیزی که در این نوشتار مورد بحث قرار می‌گیرند. امام خمینی(ره) بر اساس فقه اهل‌البیت(ع) نکات تازه و نوآوری‌هایی درباره امر به معروف و نهی از منکر داشته‌اند که این نوآوری‌ها نقش مهمی در ارائه نظریه انقلاب اسلامی داشت. قبل از امام خمینی(ره)، فقها صرفاً از کلیات مباحث امر به معروف و نهی از منکر بحث می‌کردند و از ذکر مصادیق معروف و منکر خودداری می‌کردند و اگر در برخی کتاب‌ها مصادیقی ذکر می‌شد، مصادیقی بود که جنبه فردی داشت. امام خمینی(ره) مصادیقی را مطرح کردند که با زندگی جمعی مسلمین و سعادت عمومی آنها پیوند داشت؛ منکراتی مانند بدعت در دین، سلطه اجانب، شیوع ظلم و... از نظر امام(ره) این منکرات اهمیت بسیاری دارد؛ زیرا بیشتر آنها مربوط به اصول اسلام و حیثیت اسلام و مسلمین است.