اگر چه برخلاف همه دوره‌های پیشین برگزاری انتخابات، اجازه حضور خبرنگاران در حوزه‌های ثبت‌نام کاندیداهای خبرگان داده نشد و دلیل این امر پیشگیری از تبلیغات زود هنگام اعلام شد و همچنین انتشار اسامی ثبت‌نام کنندگان قبل از تایید صلاحیت‌ها غیرقانونی عنوان شد، اما نام افراد سرشناس ثبت‌نام کننده برای خبرگان – که اکثرا از طیف خاصی بودند- خیلی زود توسط خبرگزاری‌ها منتشر شد و البته در میان نام‌های گوناگون، نام دو ثبت‌نام کننده بیش از دیگران مورد توجه بود. علی‌‌اکبر هاشمی رفسنجانی که در حال حاضر نایب رئیس مجلس خبرگان است، از افرادی بود که بحث ثبت نام یا عدم ثبت نام وی مدت‌ها در محافل سیاسی به گوش می‌رسید، اما بالاخره در این انتخابات هم به عنوان کاندیدا وارد شد. عدم کاندیداتوری رفسنجانی برای خبرگان خواسته کسانی است که دقیقا از روز اعلام نتایج دور اول انتخابات ریاست جمهوری سال قبل، او را از دایره اصولگرایی خارج شده دیدند و بر همین اساس طی یک سال گذشته سعی کردند او را هر چه بیشتر از دایره قدرت دور کنند، با این حال در میان طیف سنتی به اصطلاح با سابقه جناح راست یا اصولگرا، حامیان هاشمی بسیار بیشتر از مخالفان سیاسی او حضور دارند، مثلا حزب موتلفه طی ماه‌های گذشته 2 بار دیدار با هاشمی رفسنجانی داشته که به نظر می‌رسد این دیدارها ورود این حزب در دسته‌بندی‌های درون جناحی به سبک و سیاق خود و البته به نفع هاشمی بوده است.
ثبت نام محمد‌تقی مصباح یزدی در انتخابات هم از این نظر مهم بود که بسیاری، هواداران و نزدیکان وی را از جمله افرادی می‌دانند که در طیف مقابل هاشمی قرار دارند، همچنانکه برهم زنندگان سخنرانی هاشمی در روز 15 خرداد در شهر قم از طلاب موسسه مربوط به مصباح بودند. ذکر این نکته هم شاید بد نباشد که البته ارتباط برنامه‌ریزی شده این اقدام با آن موسسه به شدت تکذیب شد، اما صدور حکم برای عاملان واقعه 15 خرداد 85 قم، بهانه‌ای شد تا بار دیگر افرادی به ایراد اتهامات به هاشمی رفسنجانی (و البته در کنار آن به خاتمی، کروبی و...) بپردازند. نوشته‌های فاطمه رجبی- که باعث عذرخواهی برادر وی و همچنین رنج نامه پدرش شد- از جمله این موارد بود. اگر چه اهمیت نوشته‌های رجبی به خاطر این است که وی همسر سخنگوی دولت است، اما نباید فراموش کرد که غلامحسین الهام و همسرش نزدیکی فکری با طرفداران مصباح یزدی دارند.
درسال 78 زمانی که نشریه «پرتو سخن» اولین شماره‌های خود را چاپ می‌کرد، الهام هنوز هیچ جایگاهی در سیاست نداشت، اما آن نشریه اخبار و سخنان وی را منتشر می‌کرد. با پایان ثبت نام خبرگان، اندک اندک لیست‌های انتخاباتی هم بسته و منتشر شد و مهمترین لیست در طیف غیر اصلاح‌طلب، لیست مربوط به جامعتین (جامعه روحانیت مبارز تهران و جامعه مدرسین حوزه علمیه قم) است که طبق گفته‌های اعضای این دو جامعه در این لیست نام هاشمی رفسنجانی و مصباح یزدی، هر دو وجود دارد، اما در مقابل شایع شد که جمعی از هواداران مصباح قصد انتشار لیستی دارند که تنها تفاوت آن با لیست جامعتین حذف نام هاشمی رفسنجانی و حسن روحانی است.
با این همه مهمترین رویا رویی طرفداران مصباح و طرفداران هاشمی در مطبوعات اتفاق افتاد. هفته نامه «پرتو سخن» در مقاله‌ای به نقل از مصباح یزدی نوشت: شاید کمتر کسی باشد که در دوران بعد از انقلاب تاکنون و در دوران قبل از آن درباره ولایت فقیه به اندازه بنده حرف زده یا مطلب نوشته باشد، بحث و مناظره کرده باشد.
روزنامه جمهوری اسلامی در شماره سه شنبه هفته پیش خود در حاشیه این اظهارات نوشت: «چون بزرگان می‌فرمایند علم به تنهایی مشکل انسان را حل نمی‌کند از جناب استاد آیت‌الله مصباح یزدی سوال می‌کنیم اولا آیا شما بیشتر فقه خوانده‌اید یا همان فردی (آقای منتظری) که در همین سخنرانی تعرض‌آمیز به او اشاره کرده و گفته‌اید سادگی مخصوص داشت؟... من گمان نمی‌کنم. احدی از علمای حوزه شما را در تخصص فقهی هم طراز مشارالیه بداند حتی در مساله ولایت فقیه هم باید به دلیلی ثابت شود که شما بیشتر از ایشان کار کرده‌اید ثانیا آیا شما بیشتر برای ولایت فقیه در میدان عمل کار کرده و زحمت کشیده‌اید یا آن شخص دیگری (آقای هاشمی رفسنجانی) که به او هم در همین سخنرانی تعرض زده و گفته‌اید می‌گوید «نه آقا ولایت امر زمینی و با رای مردم است» در این مورد هم گمان نمی‌کنم احدی از کسانی که برای حکومت اسلامی ایران مبارزه کرده‌اند و مبارزان را می‌شناسند نقش شما را- به اندازه یک دهم، بلکه یک صدم نقش ایشان بدانند.
پس ملاحظه فرمودید که این دو فردی که نام آنها از همین سخنرانی شما به دست آمد یکی از آنها یقینا بیشتر از شما درباره فقه و ولایت فقیه کار کرده است، اما علم کثیر او فایده‌ای که باید ببخشد، نبخشید و دیگری احتمالا کمتر از شما فرصت کار علمی اصطلاحی داشته است، اما به درجات بیشتر از شما برای حکومت اسلامی و ولایت فقیه کار کرده و موثر بوده است و به همین خاطر و به دلیل امتیازات دیگر از دست بنیانگذار تیزبین و آدم شناس جمهوری اسلامی یعنی امام خمینی (ره) چندین مدال افتخار گرفته است (البته منظورم مدال طلا و این جور چیزها نیست) آقای مصباح می‌گویند: «اگر بنده در زمینه مسائل ولایت فقیه احساس کردم روزنه‌ای وجود دارد که دشمن می‌تواند از آنجا نفوذ کند آیا باید بگویم یا نه. از جناب آقای مصباح می‌پرسیم چگونه است که احساس خطر فقط به شما داده است و این همه مراجع و علما و فقها و اندیشمندان چنین احساسی ندارند، بلکه برخی از آنها از رویه و موضع‌گیری‌های تند و احساسی شما ناراحت و ناراضی‌اند.
موضع‌گیری‌های تند و بیش از حد لازم شما در سال‌های پیش از انقلاب درباره دکتر شریعتی فراموش نشده است. همان زمان حتی یک عالم موجه با شما همراه و هماهنگ نبود. من از بزرگان ناراضی از رویه شما در قصه شریعتی یکی از گذشتگان را نام می‌برم که سیدالشهدای انقلاب اسلامی آیت‌الله بهشتی شهید مظلوم است و یکی هم از احیا که حضرت آیت الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب دام ظله می‌باشد. آقای مصباح گفته‌اند: آیا به پزشکی که می‌داند مثلا ایدز از اینجا سرایت می‌کند دیگران تشخیص نمی‌دهند و شاید اصلا نمی‌دانند چه هست باید گفت آقا برای اینکه برخی ناراحت نشوند شما وسواس نینداز بگذار مردم زندگی‌شان را بکنند. پزشک اگر نگوید خیانت کرده است.»
جناب آیت‌الله مصباح همه می‌دانند عرفا و عادتا غیرممکمن است که هجوم بیماری خطرناکی را فقط یک پزشک بفهمد و دیگران حتی پس از اینکه او سالها داد و فریاد می‌زند پی نبرند. اگر چنین حالتی اتفاق افتاد خوب است چنین پزشکی در تشخیص خود تردید کند و در مقدمات علمی و روحی خود بازنگری کند و برای خود و دیگران زحمت درست نکند. جناب آقای مصباح! آیا انصافا این درست است که شما درباره همه علما و بزرگان که در میان آنها مراجع عظام تقلید و مقام معظم رهبری قرار دارند، بگویید «دیگران تشخیص نمی‌دهند و شاید اصلا نمی‌دانند چه هست»! به نظر شما این نوعی خود بزرگ بینی و به حساب نیاوردن دیگران نمی‌باشد؟ آقای مصباح گفته‌اند «اصلا فلسفه وجود من این است که اگر جایی خطر بیماری را احساس کردم هشدار بدهم که مواظب باشید بیماری دارد میآید.» اگر این کار فلسفه وجودی شماست پس فلسفه وجود رهبر در نظام اسلامی چه می‌باشد؟ احدی از آحاد ملت حق ندارد بر رهبری جلو بیفتد. ایشان (آیت‌الله مصباح یزدی) می‌گویند: «اگر از صدر اسلام تاکنون یک فقیه از رای مردم است من تمام دارایی‌ام را به او می‌بخشم.»
اولا مگر یکی از شرایط درست بودن یک نظر فقهی یا غیرفقهی این است که این نظر پیش از آن مطرح شده باشد. علامه حلی بنابر معروف فتوا داد که آب چاه با ملاقات نجس متنجس نمی‌شود، در حالی که کسی از فقهای شیعه پیش از این چنین حرفی نزده بود. ثانیا رهبر معظم حفظه الله همان گونه که با نظر شما درباره شریعتی موافقت نداشتند با این نظر و تحلیل و برداشت شما درباره ولایت فقیه هم نظر موافقی ندارند. ایشان در مقاله‌ای که خودشان آن را در سومین کنفرانس اندیشه اسلامی در بهمن ماه 1363 قرائت کردند، می‌فرمایند: «... آن کسی که این معیارها را دارد و از تقوی و صیانت نفس و دینداری کامل و آگاهی لازم برخوردار است آن وقت نوبت می‌رسد به قبول ما. اگر همین آدم را با همین معیارها مردم قبول نکردند باز مشروعیت ندارد. چیزی به نام حکومت زور در اسلام نداریم ملاحظه می‌فرمایید که ایشان مشروعیت حکومت ولی فقیه را به رای و قبول مردم می‌دانند.»
از سوی دیگر سیدرضا اکرمی از اعضای ارشد جامعه روحانیت مبارز در واکنش به اقدام طرفداران مصباح مبنی بر ارائه لیست بدون هاشمی آن را اقدامی تخریبی دانست و گفت: «رهبری چندی پیش فرمودند افراد را تخریب نکنید، اما انگار این آقایان نمی‌خواهند این حرف‌ها را بشنوند.» اکرمی در ادامه خاطرنشان کرد: «افراد حق دارند از کسانی که مورد قبولشان است حمایت کرده و برای او تبلیغ کنند، اما تخریب رقیب، کار شرعی و اخلاقی نیست.»
جریانی که امروز به عنوان جریان سوم در انتخابات خبرگان چهره نشان می‌دهد، بیش از آنکه بر مبنای مرامنامه خاصی شکل گرفته باشد، حول مخالفت با اشخاص خاص شکل گرفته است. این جریان در علوم اسلامی داعیه‌دار مبارزه با روشنفکری دینی و شخصیت‌هایی چون شریعتی و سروش است و حالا که دارد به صحنه سیاست- به طور جدی و پس از سالها- وارد می‌شود، حیات خویش را به مبارزه با هاشمی رفسنجانی پیوند زده و البته این در روزگاری است که به زعم این جریان،اصلاح‌طلبی دیگر جایگاه و امکان حضور مجدد در صحنه سیاسی را ندارد و نوبت به هاشمی رسیده است... اما در صورت موفقیت این جریان، نفر بعدی کیست؟ این سوالی است که پاسخ دادن به آن می‌تواند انگیزه این جریان از حضور در سیاست را مشخص کند و دلیل گرانی‌های مختلف از حضور این جریان را بازگو می‌کند.