مکتب سیاسی که توسط حضرت امام خمینی (ره) بنیانگذاری شد، دارای امهات و اصول محکمی است که بر اساس نگاه فقهی و رهیافت دینی معظم له به منصه ظهور و بروز رسید. اصول حاکم بر نظام سیاسی در مکتب امام خمینی (ره) از منظر رهبر معظم انقلاب، به عنوان جانشین خلف ایشان عبارتند از:
1- تفکیک ناپذیری دین و سیاست؛ یکی از تئوری هایی که در اندیشه و فلسفه سیاسی از گذشته به ویژه از رنسانس به بعد مطرح بوده است، چگونگی ارتباط دین و سیاست است. اگرچه دلایل زیادی مثل تلاش پادشاهان و قدرتمندان باعث تفکیک دین و سیاست شد اما نارسایی ها و کاستی های مکاتب دینی غربی از جمله رفتار سیاسی ارباب کلیسا و برخی آموزه های تحریف شده مسیحیت، تاثیر عمده ای در سرودن نغمه شوم جدایی دین از سیاست در سرزمین های غربی و تعمیم آن به دیگر نقاط جهان و دیگر ادیان از جمله اسلام داشت. متاسفانه در کشورهای اسلامی از جمله ایران نیز کسانی به نام دین و در کسوت علمای دین در تکرار و ترویج این سخن سعی بلیغ داشتند. از این روی تفکیک ناپذیری دین و سیاست مبنای موضعگیری و سخنرانی های متعدد و حتی تقسیم بندی حضرت امام (ره) از اسلام به آمریکایی و ناب محمدی (ره) قرار گرفت:«اسلام آمریکایی، چیزی به نام اسلام است که در خدمت منافع قدرتهای استکباری و توجیه کننده اعمال آنهاست، وسیله ای برای جدا کردن بخش عظیمی از احکام اجتماعی و سیاسی اسلام از مجموعه دین و منحصر کردن دین به مسجد است.» لذا می بینیم بعد از انقلاب تا امروز، بیشترین حمله به اصول فکری سیاسی نظام جمهوری اسلامی متوجه به همین«اصل عدم انفکاک دین از سیاست» است . این حجم از تبلیغات و تلاش نشان دهنده نقش موثر اعتقاد به تفکیک ناپذیری دین از سیاست در شکستن هیبت دشمنان است.
2- دشمن شناسی؛دشمن شناسی حضرت امام (ره) از دیگر اصول مکتب سیاسی ایشان محسوب می شود. بازشناسی هویت، روش و شیوه های دشمنی و شناخت عناصر وابسته و واسطه داخلی دشمن و همچنین ارائه راههایی برای دشمن ستیزی و سلطه ستیزی در دشمن شناسی امام (ره) متجلی بود که با احیای روح خودباوری و استقلال در مردم جهت مقابله با مظاهر هر نوع دشمنی و سلطه ای همراه و تکامل یافت. «امام (ره) دشمن را می شناخت، روش های سیاسی و روش های تبلیغی آنها را می فهمید، می شناخت و در مقابل آنها محکم می ایستاد.»
3- عدم وابستگی به بیگانگان؛ واحدهای سیاسی و سران آنها در زمان سیطره دو قطب غرب و شرق بر جهان، تنها راه زیست در جهان را در اتکای به یکی از قدرتهای آمریکا یا شوروی سابق می دانستند اما حضرت امام(ره) با تاسیس نظام جمهوری اسلامی بر مبنای «نه شرقی و نه غربی» هم به بلوک غرب نه گفت و هم به بلوک شرق.
4- وحدت؛ حضرت امام خمینی در وصیت نامه سیاسی- الهی خود می فرمایند آن عاملی که انقلاب را به پیروزی رساند، همان عامل، انقلاب را تداوم خواهد داد. یعنی اتکال به خدا و ایمان مردم به اسلام و تصمیم قاطع بر انجام وظیفه الهی و اسلامی و وحدت کلمه، رمز پیروزی و تداوم انقلاب است. امروز نیز وحدت کلمه در بین آحاد ملت که ناشی از کلمه توحید است، باید در ابعاد و بخش های مختلف جامعه ساری و جاری باشد. رمز پیروزی انقلاب ، توفیق در دفاع مقدس و عرصه سازندگی، رمز نفوذ امام در قلوب مسلمین و محور اسلام ناب محمدی و راه حل بسیاری از مشکلات فعلی کشور و جهان اسلام از منظر مقام معظم رهبری نیز در گرو اتحاد و وحدت ملی و انسجام اسلامی است.
5- عدالت؛ از منظر رهبر معظم انقلاب عدالت از عناصر و اصول مکتب سیاسی امام خمینی (ره) محسوب می شود. «عدالت اجتماعی یکی از مهمترین و اصلی ترین خطوط در مکتب سیاسی امام بزرگوار ماست. در همه برنامه های حکومت : در قانونگذاری، در اجرا و قضا- باید عدالت اجتماعی و پرکردن شکافهای طبقاتی مورد نظر و هدف باشد.» بدون شک در سایه عمل به اصول اساسی مکتب سیاسی امام شاهد جامعه اسلامی، پویا و پیشرفته و عدالت محور خواهیم بود.