در طول تاریخ فقاهت شیعه، مسئله ولایت و حکومت فقیه در جامعه مسلمانان و اینکه در عصر غیبت، عهده داری امور عامه و مصالح عمومی مردم بر عهده فقها می باشد، به دلیل اینکه اینان از جانب امام معصوم(ع) و به نیابت عامه از آن حضرت انجام این مهم را برعهده دارند، همواره مطمح انظار مختلف بوده است. این استدلال بدیهی این گونه در حقایق الایمان مورد تأکید شهید ثانی قرار می گیرد: «شریعت وقانون الهی همواره نیازمند یک نگاه دارنده و پاسدار و یاور مطمئن در تبلیغ احکام و بیان وظایف به مکلفین می باشد، هم چنان که پیامبر اسلام(ص) ائمه اطهار(ع) را برای تبلیغ احکام دین و حفظ اسلام نصب نموده بودند.»
از این رو، ولایت فقیه از دیدگاه کلامی، با عنوان امتداد ولایت معصومین و امامت آنها که ریاست عامه در امور دین و دنیاست، مورد بحث قرار می گیرد. دلایلی که مبانی مشروعیت ولایت فقیه را روشن می کند، آمیخته از دو دیدگاه عقلی و سمعی (نقلی) است. بی شک همان دلایلی که ولایت سیاسی پیامبر اکرم(ص) و ائمه معصومین را اثبات می کرد، ولایت فقیه در عصر غیبت را نیز اثبات می کند. شهید ثانی به این استمرار ولایت که برخاسته از ولایت امامان است، این چنین تأکید می نماید: «... ولی اصحاب، اجماع و اتفاق دارند که این ولایت در عصر غیبت استمرار دارد و همانند ولایت خاصه (نصب قاضی) نیست، بلکه امام حکم به مضمون آن کرده است؛ پس اعلام امام [امام صادق در حدیث عمربن حنظله] به این که فقیه، ولایت بر قضاوت و حکم و زعامت سیاسی جامعه دارد مثل اعلام وی است به این که شهادت و گواهی شخص عادل، مقبول و متصرف و ذی الید و خبرش پذیرفته شده است.» در حقیقت شهید به این نکته توجه می دهد که امام معصوم شخص معینی را برای این کار نگمارده تا با رحلت امام آن شخص برکنار شود، بلکه به مضمون ولایت فقیه حکم کرده است. بنابراین همان طور که اگر امام بگوید که شهادت عادل پذیرفته است، این اعلام امام با مرگ ایشان از بین رفتنی نیست و مثل گذشته، عادل این حکم را دارد، ولایت فقیه هم به همین ترتیب در عصر غیبت برقرار است.
با توجه به مبانی یاد شده، شهید ثانی برای ولی فقیه عنوان فقیه جامع الشرایط را برگزیده و او را در صورت دارا بودن تمام شرایطی که بعداً در شماره های آتی ذکر خواهد شد، دارای ولایت و زعامت سیاسی می داند. شهید ثانی هر چند در مواجه با عنوان «فقیه مأمون» در شرح کلام محقق حلی در شرایع به درستی به تبیین مفهومی ولی فقیه می پردازد، اما از اقامه دلایل متقن برای اثبات ولایت فقیه هم کوتاهی نمی نماید.
الف) دلیل عقلی؛ انسان در زندگی برای سامان دهی به اوضاع اجتماعی و سیاسی خویش و تأمین نظم و امنیت به حکومت نیاز دارد و ناگزیر از داشتن زعیم سیاسی و رهبر عمومی است. حال خداوند حکیمی که غرضش اطاعت بندگان است و به سعادت رساندن آنها، اگر زعیم سیاسی جامعه را معین نکند بدیهی است که نقض غرض وی صورت می پذیرد و این از مواردی است که به دور از ذات اقدس الهی است. «پس به راستی برپایی حدود الهی، نوعی حکم الهی بوده و مصلحت کلی و عمومی در آن نهفته است و لطفی است از جانب خداوند برای اجتناب از محرمات و مانع رواج مفاسد و تباهی است و این قول و نظری قوی می باشد.»
ب) دلیل نقلی؛ ذکر دلایل شرعی و نقلی ولو به عنوان موید طریق عقلی اثبات یک امر در فقه از بدیهیات فقهاست. این امر موجب تحکیم مبانی و پایه های یک موضوع می گردد. شهید ثانی در منابع و آثار متعدد خود به دلایل نقلی برای اثبات ولایت فقیه اشاره می کند که به اختصار به مواردی اشاره می گردد:
1- در روض الجنان در بحث نماز جمعه در عصر غیبت، شهید ثانی بر وجوب استمرار آن استدلال می کند، زیرا فقیه جامع الشرایط منصوب از طرف امام وجود دارد.
2- دلیل نقلی عمده شهید ثانی در اثبات ولایت فقیه، مقبوله عمربن حنظله و روایت ابی خدیجه است. این نشان می دهد که شهید به روایتی که به طور خاص ولایت فقیه عصر غیبت را مطرح می کند عنایت بیشتری دارد. زیرا روایات دیگری هم به طور عام برای استنباط ولایت فقیه وجود دارد: «قضاوت فقیه عادل امامی و جامع الشرایط نزد ما (شیعه) نافذ است، هر چند دو طرف دعوا به حکم او راضی نباشند، هم چنان که امام صادق(ع) به ابی خدیجه فرمودند... و روایت مقبوله عمربن حنظله به مقصود نزدیک تر می باشد.»