رئیس دولتهای نهم و دهم گرچه در مجامع عمومی از دو قطبی احمدینژاد- هاشمی برای انتخابات ریاستجمهوری 84 و 88 نهایت بهره را برد، در جلسات خصوصی از «آیتالله» کمک میخواست. نمونه آن روایتی است که رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام از درخواست دولت احمدینژاد برای رفع اختلافات با عربستانسعودی دارد. آیتالله اکبر هاشمیرفسنجانی که با روزنامه عرب زبان الوفاق گفتوگو داشت، جایی که خبرنگار این روزنامه از او درباره چشمانداز روابط ایران و عربستانسعودی پرسید، خبر از درخواست دولت گذشته از او برای حل اختلافات با عربستان داد و گفت: «5، 6 سال پیش در دولت گذشته آخرین سفری که برای زیارت به عربستان رفته بودم از من خواسته شد در این سفر مسائل اختلافی با عربستان را حل کنم.» او سپس درباره اقداماتی که پس از این درخواست انجام داد توضیحاتی ارائه کرد و گفت: «ما بعد از یک مراسم شام که میهمان آقای ملک عبدالله بودیم در یک جلسه طولانی تا نیمه شب نشستیم و به راهحلی رسیدیم؛ راهحل ما این شد که بیاییم 6، 7 کمیسیون مشترک تاسیس کنیم که اولین و مهمترینش برای امور مذهبی و به اصطلاح علمایی بود؛ یعنی علمای دو طرف یک کمیسیون داشته باشند و اختلافاتی را که ظاهرا شیعه و سنی دارند بررسی و راهحل برایش انتخاب کنند و مسئولان دو کشور هم پشت این نظریات بمانند تا مشکلات را کاهش بدهیم.
کمیسیون دوم، مربوط به روابط دوجانبه و همکاری کمیسیون اجرایی بود. همچنین یک کمیسیون برای لبنان، یک کمیسیون برای سوریه، یک کمیسیون برای عراق، یکی برای افغانستان و یک کمیسیون برای بقیه کشورها با هم مشترک داشته باشیم که دائما این کمیسیونها با هم کار و نظرات را به هم نزدیک کنند و مقامات عالی کشور هم آنها را زیر نظر داشته باشند.» آیتالله هاشمیرفسنجانی با تاکید بر اینکه هر دو طرف این تصمیم را تصمیم درست و راه نجات منطقه از اختلافات دانستیم، گفت: «ولی خب من که آمدم اینجا کسانی که باید این کارها را اجرا میکردند، نخواستند انجام شود. آقای سعود فیصل هم به دنبال من آمد که پیگیری کند و پیگیریهایی انجام شد، جلسه سفر اولشان خوب بود، ولی بعد، در آنجا مشکلاتی پیش آمد و ما هم مشکلاتی داشتیم و عملا به هم خورد.» وی سپس تاکید کرد: «اگر الان در عربستان ارادهای به وجود بیاید و کار مشترکی شروع شود در همه دنیای اسلام میتوانیم اختلاف بین شیعه و سنی را کم کنیم.»
آیتالله هاشمیرفسنجانی حضور نظامی عربستان در یمن را اشتباه توصیف کرد و در پاسخ به این سوال که آیا این جنگ ارتباطی با مذاکرات هستهای دارد یا خیر، گفت: «عربستان و احتمالا دیگر کشورهای منطقه اشتباه میکنند؛ چون ما که ترس نداریم. ما که بمب هستهای را تحریم کردیم؛ چرا از ما بترسند. از اسرائیل باید بترسند. عربستان اصلا میداند که ایران تهدید نیست؛ ما اگر واقعا به فکر قطع کردن روابطمان با عربستان بودیم از آن 400 ، 500 نفری که در آن فاجعه مکه شهید دادیم به آسانی نمیگذشتیم.»
او در پاسخ به این سوال که آیا خطر جنگ مذهبی منطقه را تهدید میکند یا خیر، با تاکید بر اینکه «اکنون من احساس خطر میکنم»، گفت: «الان از این جهت بدترین زمان است؛ یعنی یک تهاجمی علیه شیعیان در سراسر این کشورها داریم میبینیم. شیعه را مخالف اصلی در نظر میگیرند و به انواع راهها دارند شیعه را در کشورشان تضعیف میکنند، در صورتی که شیعه اصلا برای آنها نه خطری است نه مشکلی. در سیاست و ایدئولوژی شیعه این نیست که بخواهد با مسلمانان دیگر درگیر باشد؛ اشتباهی است که اینها میکنند.» واقعا میتوانند روی بهترین دوست خود یعنی ایران حساب کنند.
آیتالله هاشمیرفسنجانی در قسمت پایانی مصاحبه که از او درباره روابطش با حضرت آیتالله خامنهای سوال شد چنین پاسخ داد: «ما خیلی صمیمی هستیم؛ هم من و هم ایشان، همدیگر را خیلی دوست داریم؛ یک منظره کوچک آن وقتی که ایشان جراحی کرده بودند در بیمارستان بود. عیادت من با ایشان در آنجا بسیار صمیمی بود و همان منظرهای شد که دیدید.» او سپس اظهار کرد: «معتقدم که اکنون آیتالله خامنهای در ایران جایگزینی به این آسانی ندارد. اکنون ایشان هم محور اساسی برای حیات انقلاب و هم امنیت کشور هستند و ایشان مرکز مدیریت کشور است که ما هم باید به ایشان کمک کنیم.»