همانطور که اشاره شد، فضای پر جنب و جوش رقابت‌های سیاسی در انتخابات ریاست‌جمهوری، یک ماه پس از آن نیز تا انتخابات مجلس تداوم یافت و جریان‌های سیاسی با همه توان به میدان آمدند تا فاتح پارلمان شوند. در این انتخابات نیز حضرت امام(ره) هیچ ممنوعیتی قائل نشده و به همه فعالان سیاسی به نحوی مجوز دادند تا در میدان رقابت وارد شوند و خود را در معرض رأی ملت قرار دهند.
احزاب و گروه‌ها با شعارها و ایده‌های رنگارنگ و چهره‌های شناخته شده و بعضاً جنجالی در میدان رقابت وارد شده بودند و هر یک تلاش داشتند پیروز انتخابات شده و کرسی‌های بیشتری را برای خود به‌دست آورند. رقابت سیاسی اوج گرفته بود و مناقشات نیز به عالی‌ترین سطح ارتقا یافته بود و حرف‌های حسابی و غیرحسابی نیز در این معرکه برای افکار عمومی قابل تشخیص نبود.
در همه این ماجراها حضرت امام خمینی(ره) ناظر صحنه انتخابات بودند و ترجیح می‌دادند وارد مناقشات سیاسی نشوند و از قانون و مجریان آن حمایت کنند. در کنار آن توصیه‌های عمومی خود به مردم درباره سپردن امور کشور به شایستگان و صاحبان صلاحیت را مورد تأکید قرار می‌دادند.
سرانجام در دور اول انتخابات که روز 24 اسفندماه برگزار شد، 42 نفر از نامزدهای حزب جمهوری اسلامی با آرای قاطع انتخاب شدند و از جبهه ملی و نهضت آزادی نیز چند نفر به مجلس راه یافتند. نیروهای چپ مارکسیستی نه تنها نتوانستند هیچ یک از نامزدهای خود را وارد مجلس کنند، بلکه حتی برای رسیدن به دور دوم نیز آرای لازم را به دست نیاوردند. تنها سازمان مجاهدین خلق بود که توانست مسعود رجوی را از تهران (با 530 هزار رأی) و 29 کاندیدای دیگر را از شهرستان‌ها به مرحله دوم برساند. این وضعیت پیش از آنکه یک موفقیت برای مجاهدین خلق باشد، یک شکست بود؛ زیرا مسعود رجوی در مقام رهبر سازمانی که خود را مترقی‌ترین نیروی انقلابی می‌دانست و از پایگاه توده‌ای عظیم دم می‌زد، نتوانست برخلاف بسیاری دیگر از نامزدها، آرای مردم تهران را به میزان کافی جلب کند. بازندگان انتخابات که از نتیجه انتخابات سخت برآشفته بودند، مدعی تقلب و تخلف در انتخابات شدند. اعتراض سازمان به ویژه به پخش اعلامیه‌های افشاگرانه‌ای بود که از همکاری مسعود رجوی با ساواک در دوران بازداشت پرده برمی‌داشت.
در مرحله دوم انتخابات نیز فضای رقابت انتخاباتی تداوم یافت و گروه‌های سیاسی با همه توان در میدان بودند. در این میان، حمایت مهدی بازرگان از نامزدی مسعود رجوی تأمل‌برانگیز بود. وی که خود در مرحله اول به مجلس راه یافته بود، از مردم خواست که به رجوی رأی دهند. استدلال او این بود که تمامی گروه‌ها و به طور خاص مجاهدین خلق که مهم‌ترین گروه سیاسی خارج از حاکمیت بودند، در مجلس حضور داشته باشند تا مجلس برآیند جامعه و محور وفاق ملی باشد. در این اعلامیه که روز 16 اسفند 1359 صادر شد، آمده بود: «خواهران و برادران همشهری تهران و حومه، در این موقع که ملت شرافتمند و قهرمان عزیز برای دور دوم انتخابات به پای صندوق‌ها می‌روند، برای تأمین وحدت و حقوق گروه‌های اقلیت امیدواریم آقای «مسعود رجوی» که معرف جناح پرشوری از جوانان با ایمان می‌باشد نیز به مجلس راه یافته، موفق به همکاری صادقانه با گروه‌های با حسن نیت و در خدمت به خدا و خلق بشود.»
با این حال در مرحله دوم نیز مسعود رجوی با وجود پشتیبانی همه نیروهای مخالف از او، حائز آرای لازم نشد. پیروز انتخابات حزب جمهوری اسلامی بود که چشمگیرتر از مرحله اول حائز اکثریت کرسی‌های مجلس شد.
در مجموع ائتلاف بزرگ موفق شد ۳۱ درصد آرای مجلس را به دست آورد. دفتر هماهنگی همکاری‌های مردم با رئیس‌جمهور، حامی ابوالحسن بنی‌صدر با ۱۲ درصد و گروه همنام، نهضت آزادی با ۷ درصد و مستقل‌ها نیز ۴۳ درصد آرا را از آن خود کردند. جالب است که جبهه ملی ایران، حزب توده و شورای مرکزی کاندیداهای انقلابی و ترقی‌خواه، سازمان مجاهدین خلق از راهیابی به مجلس باز ماندند.
رأی سر لیست جبهه ملی، یعنی «اسدالله مبشری» یک دهم سر لیست حزب جمهوری اسلامی بود و دیگر اعضای فهرست جبهه ملی کمتر از یک صد هزار رأی داشتند. اعضای گروهک پیکار که از منشعبان مجاهدین خلق بودند، یعنی «علی‌رضا سپاسی، حسین احمدی روحانی، مرتضی آلادپوش و مهری حیدرزاده» هر یک حدود ۲۵ هزار رأی آوردند. سر لیست جنبش مسلمانان مبارز به دبیر کلی «حبیب‌الله پیمان» نیز ۳۵ هزار رأی آورد. اعضای قدیمی حزب توده، یعنی «کیانوری، طبری و عمویی» نیز با کمتر از ۵۰ هزار رأی به کار خود خاتمه دادند. «مسعود رجوی» حتی پس از حمایت از جانب «مهدی بازرگان» در دور دوم نیز از آرای کافی برای ورود به مجلس برخوردار نشد.
شکست‌خوردگان انتخابات که مورد اعتماد ملت نبودند، امروز پس از سا‌ل‌ها همچنان از نتیجه انتخابات عصبانی‌اند و به فرافکنی رو آورده و به دروغ حضرت امام(ره) را مورد هجمه قرار داده و به دخالت در انتخابات متهم می‌کنند و این چنین می‌نویسند: «پس از انتخابات ریاست‌جمهوری، انتخابات مجلس شورای ملی آخرین تجربه برای ادامه یک زندگی مسالمت‌آمیز سیاسی بود مسلماً در این تجربه نیز خمینی تن به حاکمیت مردم نخواهد داد. حکومت آخوندی برای جلوگیری از ورود کاندیداهای مجاهدین به مجلس دست به انواع تبهکاری‌ها و تقلبات زد. خمینی موفق به غصب حق حاکمیت مردم می‌شود.»
