محمدباقر قالیباف، آیت‌الله علیرضا اعرافی، حجت‌الاسلام‌والمسلمین سید جلال رضوی مهر و سید محمد آقامیری با صدور پیامی درگذشت آیت‌الله محفوظی را تسلیت گفته و از درگاه خداوند منان علو درجات را برای آن مرحوم خواستار شدند.
پیام تسلیت رییس مجلس شورای اسلامی
محمدباقر قالیباف رئیس مجلس شورای اسلامی در پیامی درگذشت آیت‌الله شیخ عباس محفوظی عضو جامعه مدرسین حوزه علمیه قم را تسلیت گفت.بسم الله الرحمن الرحیمإذا مات العالم ثُلم فی الإسلام ثَلمة لا یسدّها شی‌درگذشت فقیه بزرگوار و عالم عالی‌قدر آیت‌الله شیخ عباس محفوظی عضو جامعه مدرسین حوزه علمیه قم موجب تأثر و تأسف گردید.آیت‌الله محفوظی که در محضر فضلای جلیل‌القدر کسب فیض و معرفت نمودند از شاگردان و همراهان امام خمینی (ره) در دوران مبارزات نهضت اسلامی بودند که به دلیل حضور فعال خود بارها دستگیر و زندانی شدند و پس از انقلاب نیز در زمره خدمتگزاران متعهد و صدیق قرار داشتند. ایشان در سال‌های عمر بابرکت خود در طرح مباحث دینی، ترویج و نشر معارف اسلامی و شعائر اهل‌بیت علیهم‌السلام، تربیت طلاب و شاگردان و تألیف آثار متعدد سرآمد بودند و همچنین با انجام اقدامات شایسته در امورخیریه و عام‌المنفعه، اهتمام جدی در رسیدگی به مشکلات نیازمندان داشتند که به‌عنوان باقیات صالح برای ایشان خواهد ماند. ضمن عرض تسلیت به حوزه‌های محترم علمیه، روحانیت معزز، شاگردان، ارادتمندان و بیت شریف ایشان، برای آن عالم مهذّب علو درجات و رضوان الهی و برای بازماندگان صبر و سلامتی از درگاه پروردگار متعال مسئلت می‌کنم.
پیام تسلیت آیت‌الله اعرافی
همچنین در متن پیام مدیر حوزه‌های علمیه کشور آمده است: بسم‌الله الرحمن الرحیمانا لله و انا الیه راجعونارتحال فقیه پارسا و مرجع گران‌قدر حضرت آیت‌الله العظمی آقای حاج شیخ عباس محفوظی (قدس‌سره الشریف) مایه اندوه و تألم حوزه‌های علمیه گشت. آن شخصیت برجسته افزون بر طی مدارج علمی در حوزه‌های علمیه قم و نجف اشرف و درک محضر اعاظم و اساتید حوزه و امام راحل و نیز تربیت شاگردان فراوان و نشر آثار ارزنده، دارای سوابق و مقامات روحی و معنوی و فضائل اخلاقی برجسته بودند و ارتباط ویژه ایشان با مرحوم آیت‌الله العظمی بهجت (قدس‌سره) و سیره عملی ایشان آن را نشان می‌دهد.این شخصیت بزرگوار در عرصه‌های اجتماعی و خدمت به مردم کوشا بودند و در میدان نهضت امام (ره) و انقلاب اسلامی و مبارزات با رژیم ستم‌شاهی و تحمل رنج‌ها در این مسیر پیش‌گامی ایشان آشکار و در مناصب گوناگون حوزوی و فرهنگی و سیاسی نظام اسلامی حضور پیوسته و فعال داشته‌اند و در مبارزات با رژیم ستم‌شاهی مؤثر و محنت‌ها و رنج‌ها شدند و اکنون حوزه علمیه و شاگردان و علاقه‌مندان ایشان از فیض حضورشان محروم گشته‌اند.ارتحال ایشان را به حضرت ولی‌عصر (عج)، مراجع عالی‌قدر تقلید دامت برکاتهم، رهبری معظم انقلاب اسلامی مدظله‌العالی، حوزه‌های علمیه، اساتید حوزه علمیه قم، شاگردان آن فقید سعید، مردم ارجمند استان گیلان و رودسر بیت شریف معظم له و بیوت وابسته تسلیت و تعزیت می‌گویم و روح و رضوان بی‌پایان الهی را برای آن استاد بزرگوار و صبوری و شکیبایی و پاداش الهی را برای بازماندگان محترم از خداوند متعال خواستارم.مراسم و برنامه‌ها متعاقباً اعلام خواهد شد.عاش سعیدا و مات سعیداعلیرضا اعرافیمدیر حوزه علمیه
پیام تسلیت رئیس مجمع نمایندگان طلاب و فضلای حوزه علمیه قم
با نهایت تأسف و اندوه فراوان خبر فقدان مرجع عالی‌قدر،ذفقیه صمدانی، مدافع حریم ولایت، عالم مجاهد حضرت آیت‌الله العظمی محفوظی رضوان‌الله علیه را دریافتیم.آن شخصیت وارسته که در دو بعد علم و اخلاق به مجاهدت‌هایی دست‌یافته و از روحانیون برجسته در دوران مبارزات ستم‌شاهی در صف یاران امام راحل عظیم الشان بود و به‌این‌علت تحت تعقیب رژیم طاغوت قرار داشت و نیز از اساتید برجسته در دروس خارج و سطوح عالی حوزه‌های علمی محسوب می‌شد. نمایندگی امام در دانشگاه، عضویت در جامعه محترم مدرسین، عضویت در مجلس خبرگان رهبری بخشی دیگر از حیات نورانی آن فقیه وارسته است، او همواره موید نظام و حامی انقلاب و وفادار به رهبر معظم انقلاب بود.این مرجع عالی‌قدر پرورش‌یافته مکتب علمی حضرات آیات و اساتید سترگی مانند: امام خمینی، بروجردی، علامه طباطبایی، سلطانی، مشکینی، بهجت و سایر بزرگان فرهیخته دیگر، رضوان‌الله علیهم بشمار می‌آید.ضمن ابلاغ همدردی و بیان اندوه قلبی هیئت‌رئیسه محترم، کادر مجمع و تک‌تک اعضای معزز نمایندگان طلاب به امت اسلامی و جامعه حوزویان برخود نیز لازم می‌دانم.ارتحال حضرت آیت‌الله محفوظی را به محضر حضرت بقیه الله الاعظم روحی وارواحنا له الفدا، مقام معظم رهبری و سایر مراجع عظام تقلید، جامعه محترم مدرسین، شورای عالی حوزه‌های علمیه، مدیریت حوزه‌های علمیه علمای اعلام و فضلای گرام و طلاب عزیز، مقلدان محترم ایشان، شاگردان و ارادتمندان، روحانیت و مردم شریف و متدین خطه عالم‌پرور گیلان بالاخص به بیت شریف آن مرجع گرامی تعزیت و تسلیت عرض نمایم و از خدای بزرگ حشر با ائمه‌ی معصومین علیهم‌السلام را برای ایشان، صبر و اجر را برای منسوبین آن فقید گرامی خواهانم.
پیام تسلیت استاندار قم
متن پیام استاندار قم به شرح ذیل است: «بسم‌الله الرحمن الرحيم» «اذا مات العالم ثُلٌمَ في الاسلام ثُلمةً لا يسٌدها شيء»ارتحال عالم فرزانه، حضرت آیت‌الله حاج شیخ عباس محفوظی «رضوان‌الله تعالی علیه»، موجب تأثر و تألم گردید.آن فقیه وارسته و استاد بزرگ حوزه، عمری را در راه تبليغ دين، نشر معارف اسلامی و تألیف و تربیت شاگردانی متعهد و مکتبی سپری کرد و در اين عرصه، منشأ آثار و برکات ارزشمند و جاودانه‌ای شد.اينجانب فقدان غم‌بار این عالم بزرگ را به ساحت مقدس حضرت ولی‌عصر(روحی و ارواحنا له الفداء)، رهبر معظّم انقلاب اسلامی(مدظله‌العالی)، مراجع عظام تقلید، حوزه‌های معزز علمیه، شاگردان و دوستداران و بیت شریف آن بزرگوار تسلیت عرض می‌نمایم. از درگاه خداوند متعال برای روح پرفتوح آن فقيد سعيد، علو درجات و غفران واسعه و برای بازماندگان محترم، صبر و اجر جمیل توأم باسعادت و سلامتی خواستارم.
رئیس مجلس شورای اسلامی، مدیر حوزه‌های علمیه کشور، استاندار قم و رئیس مجمع نمایندگان طلاب و فضلای حوزه علمیه قم پیام‌هایی به دنبال درگذشت آیت‌الله عباس محفوظی صادر کرده و علو درجات را برای آن مرحوم از درگاه حق‌تعالی خواستار شدند. 
