گزارش های منتشره نشان می دهد که در بسیاری از ایالت های آمریکا، جدایی مسلمانان از سایر اقشار جامعه در حال اجرا می باشد. در برخی از ایالتها نیز به بهانه مبارزه با تروریسم مساجد در محله هایی جدا از اجتماع ساخته می شوند تا تحت نظارت پلیس قرارداشته باشند. جامعه مسلمانان آمریکا بارها تاکید کرده اند که سران آمریکا به اعمال تبعیض علیه مسلمانان می پردازند که اعمال محدودیت در اجرای آیین دینی بخشی از آن می باشد.
اسناد منتشره نشان می دهد پس از حوادث 11 سپتامبر، سران کاخ سفید چنان تبلیغ کرده اند که مسلمانان در جامعه آمریکا به عنوان عنصر نا مطلوب شناخته می شوند که نظارت پلیس برآنها افزایش یافته است. نصب دوربین ها در مساجد، اعمال محدودیت برای احداث مسجد، از جمله مسائل مطرح در نقض حقوق مسلمانان در آمریکا می باشد که به رغم مخالفت های مسلمانان و حتی نهادهای مدنی همچنان ادامه دارد و به آن رسیدگی نمی شود.