مرا به دور لب دوست هست پیمانی
که بر زبان نبرم جز حدیث پیمانه
شهریور سال 1320 که ایران توسط متفقین به اشغال درآمده بود و پس از سقوط رضاخان، فضای هرج ومرج به گونه ای حاکمیت یافت که زمینه برای ترویج تفکرات الحادی شرق و غرب فراهم آمد. منحرفین تلاش کردند تا از طریق فضاسازی برای افکار عمومی از طریق سیطره دستگاه های فرهنگی و تبلیغی بیگانه، هویت ملی : دینی ایران را تغییر دهند و در این مسیر کوشش کردند تا به نحوی شخصیت ها و علمای بزرگ دینی را از صحنه خارج کنند، لذا تز «جدایی دین از سیاست» و «دین منهای روحانیت» به شدت ترویج گردید. گسترش این اندیشه برخی از علمای آگاه را به واکنش واداشت و پاسخ هایی به شبهات وارده ارائه گردید. یکی از علمای تیزبین که بطور جد وارد عرصه پاسخگویی و دفاع از اسلام راستین گردید، حضرت امام خمینی(ره) بود که با شناخت دقیق مسائل و شبهات، به تدوین کتاب پرداخت.
از جمله این آثار ارزشمند، کتاب «کشف الاسرار» است که در پاسخ به شبهات مطرح توسط معاندین علیه اسلام تدوین گردید. تألیف این کتاب نکات قابل توجهی دارد که مرحوم حجت الاسلام والمسلمین حاج احمد خمینی در گفت وگویی به نقل خاطراتی در این زمینه پرداختند:« در این زمینه امام فرمودند: مرحوم حاج شیخ مهدی قمی یکی از علمای قم بود. پسری داشت که منحرف و معوج از کار در آمد و اسرار هزار ساله را نوشت که تقریباً به اسلام توهین کرده بود که درست یادم نیست در چه زمینه ای بود ولی من رد آن کتاب را نوشتم و نام آن را کشف اسرار گذاشتم که کشف الاسرار هزار ساله آن مرد بود.»
امام اضافه کردند:« درس می دادم، وقتی کتاب اسرار هزار ساله را دیدم تصمیم گرفتم بر آن رد بنویسم و جواب بدهم، درسم را یکی دو ماه تعطیل کردم و این کتاب را نوشتم. خدمت ایشان عرض کردم در این کتاب عصبانی هستید؟
فرمودند: در آن موقع نبودی که چه توهین هایی به اسلام می شد.»
برخی از فضلا و علمایی که در نزد امام راحل تلمذ کرده اند در این رابطه اظهار داشتند که:« امام روزی برای تدریس وارد مدرسه فیضیه شد و از چند نفر طلابی که در گوشه مدرسه به گفت و شنود نشسته بودند، شنید که درباره کتاب اسرار هزار ساله بحث می کنند و برخی از نوشته ها و اشکال های آن درباره مسائل اسلامی را وارد و درست می دانند! امام دریافت که نوشته های آن کتاب چه بسا در حوزه تاثیر بگذارد و شماری را به گمراهی بکشاند. از این رو، از رفتن به حوزه درس خویش خودداری کرد. از همان جا بازگشت و تا روزی که کتاب کشف الاسرار را در رد آن کتاب به پایان نبرد، برای تدریس از خانه بیرون نیامد.»