یکی از اقدامات مهم و تعطیل‌ناپذیر سیره عملی اهل‌بیت عصمت و طهارت (ع) در سال‌های زندگانی خود مبارزه نظری و عملی با امر خرافه و بدعت بوده است؛ چرا که رسوخ خرافه و بدعت را سبب‌ساز ضعف و اضمحلال دین و اصول می‌دانستند. از نمونه‌های مبارزات حضرات معصوم (ع) می‌توان به بحث جبر و تفویض، رهبانیت، غلات و .. اشاره کرد.
ائمه معصوم (ع) در پرتو جهاد تبیین به روشنگری مردم درباره حدود و ثغور بدعت و خرافه از سنت و اصول و پیامد‌های ارتکاب فردی و اجتماعی به این بلیه را به مردم گوشزد می‌کردند. بنابراین، یکی دیگر از موضوعات مهم برای جهاد تبیین در کلام رهبر معظم انقلاب، مسئله مبارزه با خرافات و بدعت‌هاست. خرافه عقاید باطل و بی‌اساس یا عمل نامعقولی است که به کلی خلاف منطق و واقعیات تلقی می‌شود و بدعت، به معنای نسبت دادن چیزی به قصد اینکه جزء دین است، در حالی‌که در واقع مطابق با هیچ‌یک از دستورات کلی دین و شریعت نباشد. خرافه و بدعت زیر مجموعه انحراف هستند و به شدت به کار اصحاب و ارباب تحریف که نقطه مقابل تبیین است، می‌آید.
اولین گام برای مقابله با بدعت و خرافه، آگاه کردن مردم از حقیقت ماجراست. روشنگری و آگاهی‌بخشی به مردم در این مسائل موجب جلوگیری از بدعت و همچنین از بین رفتن خرافات می‌شود. مرحله دوم، جلوگیری از تقلید‌های کورکورانه و بدون علم است که در قرآن هم مذمت شده است. مرحله بعد، برائت از بدعت‌گذاران است. رهبر معظم انقلاب ضمن تقبیح بدعت در عزاداری، فرمودند: «بنده خیلی متأسفم که بگویم، برخی کار‌ها در ارتباط با مراسم عزاداری ماه محرم دیده شده است که دست‌هایی به غلط، آن را در جامعه ما ترویج کرده‌اند. کار‌هایی را باب می‌کنند و رواج می‌دهند که هر کس ناظرِ آن باشد، برایش سؤال به‌وجود می‌آید. به‌عنوان مثال، در قدیم‌الایام بین طبقه عوام‌النّاس معمول بود که در روز‌های عزاداری، به بدن خودشان قفل می‌زدند! البته، پس از مدتی، بزرگان و علما آن را منع کردند و این رسمِ غلط برافتاد. اما باز مجدّداً شروع به ترویج این رسم کرده‌اند و شنیدم که بعضی افراد، در گوشه و کنار این کشور، به بدن خودشان قفل می‌زنند! این چه کارِ غلطی است که بعضی افراد انجام می‌دهند؟! قمه‌زدن نیز همین‌طور است. قمه‌زدن هم از کار‌های خلاف است... اخیراً یک بدعت عجیب و غریب و نامأنوس دیگر هم در باب زیارت درست کرده‌اند! بدین ترتیب که وقتی می‌خواهند قبور مطهّر ائمّه (ع) را زیارت کنند، از درِ صحن که وارد می‌شوند، روی زمین می‌خوابند و سینه‌خیز خود را به حرم می‌رسانند! ... آیا هرگز شنیده‌اید که یک نفر از ائمّه علیهم‌السّلام و یا علما، وقتی می‌خواستند زیارت کنند، خود را از درِ صحن، به‌طور سینه‌خیز به حرم برسانند؟!»