در تقویم تاریخی انقلاب اسلامی تحولات جدیدی به نام «انقلاب فرهنگی» ثبت شده است. ماجرا از این قرار است که گروهک‌های مسلح سیاسی اتاق‌های اداری دانشگاه‌ها را در اختیار گرفته بودند و بر فعالیت‌های سیاسی حزبی‌شان در داخل دانشگاه‌ها پافشاری می‌کردند. این موضع‌گیری‌ها سبب شد شورای انقلاب اسلامی برای تخلیه آنها از دانشگاه‌ها پافشاری کند و سه روز به آنها مهلت دهد. گروهک‌های مسلح در همان روز‌های اول استقبال کردند، اما، چون مهلت شورای انقلاب در روز اول اردیبهشت سال ۱۳۵۹ خاتمه یافت و آنها دانشگاه را تخلیه نکرده بودند، بین موافقان و مخالفان در اطراف دانشگاه تهران درگیری رخ داد. یک روز بعد به دعوت شورای انقلاب، مردم و اعضای این شورا در دانشگاه تهران گردهم آمدند و خروج گروه‌های سیاسی مسلح و نظامی‌گری آنها را از دانشگاه جشن گرفتند. بعد به دستور شورای انقلاب پس از پایان امتحانات دانشجویان، دانشگاه‌ها تا تغییر نظام آموزش عالی تعطیل شد. روند تعطیلی‌ها به منظور تدوین نظام جدید آموزش عالی حدود دو سال به درازا کشید و سرانجام در ۲۷ آذرماه سال ۱۳۶۱ دانشگاه‌ها و مراکز آموزش عالی کشور بازگشایی شد. مهم‌ترین دستاورد انقلاب فرهنگی تشکیل مدرسه «تربیت مدرس» بود. این مدرسه در سال ۱۳۶۰ با هدف تربیت اعضای هیئت علمی و محققان و پژوهشگران متعهد به انقلاب اسلامی در رشته‌های علمی مورد نیاز دانشگاه‌های کشور تشکیل شد که بعد‌ها به دانشگاه «تربیت مدرس» تغییر نام یافت. پس از بازگشایی دانشگاه‌ها در ترکیب اعضای ستاد انقلاب فرهنگی تغییراتی ایجاد نشد و نظارت بر جریانهای فرهنگی و آموزش عالی کشور با عنوان «شورای عالی انقلاب فرهنگی» ادامه یافت.
شواری عالی انقلاب فرهنگی برای اسلامی کردن دانشگاه‌ها تلاش‌های بسیاری انجام داد و طرح‌ها و برنامههای بسیاری تنظیم و ارائه کرد و همچنان نیز در رسیدن به اهداف عالی انقلاب اسلامی که در واقع بازگشایی راه انقلاب بود، اهتمام دارد. بجاست که در اینجا از شهید والامقام «دکتر محمد مفتح» یادی کنیم که در روز ۲۷ آذر ۱۳۵۸ به دست گروهک تروریستی «فرقان» به شهادت رسید. او پیش از انقلاب نیز در راستای اسلامی کردن دانشگاه‌ها گام‌های بلندی برداشت و در راه وحدت روحانی و دانشجو کوشید. سالروز این شهید والامقام به نام مبارک «وحدت حوزه و دانشگاه» نامگذاری شد. رهبر معظم انقلاب، حضرت آیتاللهالعظمی خامنه‌ای که از چهره‌های فرهنگی پیش از انقلاب و از فعالان حوزه و دانشگاه بوده و هست، طی بیاناتی در تاریخ ۲۸/۹/۱۳۶۹ درباره وحدت حوزه و دانشگاه می‌فرمایند: «وحدت حوزه و دانشگاه که امام به عنوان یک شعار مطرح کردند اغلب از واقعیت تلخی در جامعه ما و یا همه جوامع اسلامی منشأ می‌گرفت که آن واقعیت تلخ، ساخته و پرداخته مستقیم و حساب شده دست استعمار بود. آن واقعیت این بود که وقتی استعمارگران، نقشه‌های فتوحات سیاسی و اقتصادی و اجتماعی و فرهنگی خود را طراحی می‌کردند به یک مانع عمده برخورد کردند و آن اعتقاد دینی ملت‌ها بود.... وحدت حوزه و دانشگاه یعنی وحدت در هدف، هدف این است که همه به سمت ایجاد یک جامعه اسلامی حرکت نمایند.»