پس از حوادث تلخ و خونبار حمله به مدرسه فیضیه، باید منتظر عکس‌العمل بزرگان حوزه علمیه قم می‌بودیم. در این میان، واکنش فوری امام (ره) سرنوشت‌ساز بود. عصر دوم فروردین منزل امام خمینی (ره) مرکز اجتماع مردم و روحانیون مبارز شد. امام (ره) در همان لحظه اول آگاهی از حمله به فیضیه، نقش سازنده یک رهبر را ایفا کردند. ایشان از بستن درب منزل با وجود توسعه شایعه حمله مأموران به آن جلوگیری کردند و خود در میان جمع باقی ماندند و به آنها دلگرمی و شجاعت بخشیدند و حتی عازم رفتن به مدرسه فیضیه بودند و میگفتند باید به فیضیه بروم و ببینم به طلبههایم چه می‌گذرد. در همان حالی که بسیاری روحانیت را شکست خورده می‌دیدند، امام (ره) در وضعیت پیش آمده پیروزی می‌دیدند و به اطرافیان و پیروان خود درس ایستادگی و شجاعت را می‌آموختند.
آموزش عملی امام (ره) در همه آنها که با ایشان تماس داشتند، مؤثر واقع شد. دستور دادند مجروحان را به بیمارستان ببرند و وسایل استراحت آنان را فراهم کنند. روز بعد نیز منزل امام (ره) مرکز تجمع بود و امام (ره) سعی داشتند هر چه بیشتر اقدامات شاه و مأموران او را به مردم بنمایانند و افشاگری‌ها را بزرگترین پیشرفت می‌شناختند. برابر همین راهنمایی‌ها سیل جمعیت از مدرسه فیضیه و بیمارستان‌ها دیدن کردند و خود به خود احساسات علیه شاه تحریک می‌شد و کوشش مأموران برای محو آثار جرم و شستن در و دیوار‌های مدرسه مؤثر نیفتاد و در آخرین اقدام دولت مدرسه فیضیه را تحت محاصره قرار داد و از ورود افراد غیر روحانی به مدرسه جلوگیری به عمل آورد تا از انعکاس واقعه در حد ممکن جلوگیری شود.
امام (ره) درباره این اقدامات اعلامیه شاه دوستی، یعنی غارتگری را منتشر کردند و فتوای تاریخی خود را صادر کردند. بسیار بودند کسانی که با مطرح کردن تقیه توده‌های مسلمان را به سکوت می‌کشیدند و امام (ره) با شجاعت خاص خودش این سلاح را از دست آنها گرفتند. اشخاص راحت‌طلب و تن‌پرور دنبال آسایش خویشند و کوچکترین ناراحتی را بهانه می‌کنند و در پناه عنوان تقیه خود را از معرکه به دور می‌دارند. اتلاف نفوس محترمانه عبارت دیگری برای رکود و سستی بوده است.
در این میان، فتوای حضرت امام (ره) با این تعابیر که «تقیه حرام و اظهار حقایق واجب ولو بلغ ما بلغ» با قدرت در سطح کشور رسوخ پیدا کرد، بازی‌های عناصر مرموز را متوقف کرد و مردم را در قبال وقایع جدی کرد. روشنگری و افشاگری را وظیفه شناخت و خطر‌های رژیم شاه را که متوجه اساس اسلام و استقلال کشور بود، برای عموم بازگو کرد. فتوای امام (ره) مؤثرترین دستوری بود که همه مردم و به خصوص روحانیت را به جنبش بی‌سابقه واداشت و سازش و تسلیم را مردود کرد و فکر عقب‌نشینی را از بین برد و صریحاً گفت تا قلم در دست دارم کار‌های مخالف مملکت را بر ملا می‌کنم. فاجعه فیضیه شخصیت رهبر را نمایاند و راه آینده را مشخص کرد.
«آیت‌الله سیدمحسن حکیم» از مراجع تشیع مقیم نجف پس از اطلاع از وضع دولت در مقابل روحانیت به خصوص فاجعه مدرسه فیضیه عکس‌العمل نشان داد و از علمای قم دعوت کرد تا به عراق مهاجرت کنند؛ اما قبل از اینکه تلگراف را به مخاطبان آن برسانند، هیئت حاکمه آن را مورد مطالعه و بحث و اظهار نظر قرار دادند و رؤسای شهربانی و ساواک و فرماندار قم مأمور شدند تا نظر شاه را به امام خمینی (ره) برسانند. آیت‌الله خمینی (ره) با اطلاع از اینکه از جانب شاه پیام دارند، این هیئت را نپذیرفت و به اولتیماتوم آنها توجه نکرد. مأموران به منزل آیت‌الله شریعتمداری رفتند و ابلاغ کردند که تلگرافی از آیت‌الله حکیم به دست آنها خواهد رسید که به خارج کشور دعوت شده‌اند. اگر تصمیم به رفتن داشته باشند دولت وسایل آنها را فراهم می‌کند، ولی اگر بخواهند روی آن تلگراف سروصدا راه بیندازند، کماندو‌ها و زنان هر جایی را به خانه‌های شما می‌ریزیم و... و تأکید کردند این پیغام همایونی جدی است و روز بعد تلگراف آیت‌الله حکیم را به صاحبان آن تسلیم کردند؛ اما دعوت به مهاجرت مورد قبول علمای قم قرار نگرفت و در این مورد نظر امام خمینی (ره) درباره علل عدم پذیرش طی تلگرافی به نجف چنین اعلام شد:
اولاً‌ـ راه هرگونه بازگشت سد شده و جز ادامه راهی که در پیش گرفته‌ایم، راهی نداریم و به یکی از دو نتیجه پیروزی یا شهادت نائل خواهیم شد و البته شهادت خود نوعی پیروزی است.
ثانیاً‌ـ زندگی آرام و آسوده در کشوری که دودمان ننگینی حکومت می‌کند، ننگی است که پیروان راستین قرآن هرگز آن را نمی‌پذیرند و مرگ با عزت را از زیستن مرگبار ترجیح می‌دهند.
ثالثاً‌ـ وحدت کلمه ملت اسلام به خصوص علمای اعلام می‌تواند توطئه استعمار و ارتجاع را به شکست برساند. علت‌العلل نابسامانی جامعه اسلامی نفاق و فرار از مسئولیت مقامات روحانی است.