عارف در جریان سفر به قم به زیارت قبر شیخ آلت‌دست منافقین و مطرود حضرت امام خمینی(ره) رفت.
محمدرضا عارف که برای ایجاد نوعی موازنه مقابل لاریجانی (نماینده قم و رئیس مجلس) به ملاقات برخی مراجع رفته بود، همزمان به زیارت قبر منتظری رفت.
منتظری به اعتبار نفوذ شدید طیف‌های مختلف گروهک نفاق، تبدیل به محور منفی‌بافی علیه نظام شد آن هم در شرایطی که کشور درگیر جنگ بود. حضرت امام سرانجام پس از چند سال صبر و شکیبایی، ضمن انتشار نامه‌ای شدید‌اللحن و حاوی مذمت، منتظری را از قائم‌مقامی رهبری عزل کرد.
حضرت امام در نامه به منتظری تصریح کردند: «با دلی پرخون و قلبی شکسته چند کلمه‌ای برایتان می‌نویسم تا مردم روزی در جریان امر قرار گیرند... از آنجا که روشن شده است که شما این کشور و انقلاب اسلامی عزیز مردم مسلمان ایران را پس از من به دست لیبرال‌ها و از کانال آنها به منافقین می‌سپارید، صلاحیت و مشروعیت رهبری آینده نظام را از دست داده‌اید. شما در اکثر نامه‌ها و صحبت‌ها و موضعگیری‌هایتان نشان دادید که معتقدید لیبرال‌ها و منافقین باید بر کشور حکومت کنند. به قدری مطالبی که می‌گفتید دیکته شده منافقین بود که من فایده‌ای برای جواب به آنها نمی‌دیدم. مثلاً در همین دفاعیه شما از منافقین تعداد بسیار معدودی که در جنگ مسلحانه علیه اسلام و انقلاب محکوم به اعدام شده بودند را منافقین از دهان و قلم شما به آلاف و الوف رساندند و می‌بینید که چه خدمت ارزنده‌ای به استکبار کرده‌اید. در مسئله مهدی هاشمی قاتل، شما او را از همه متدینین متدین‌تر می‌دانستید و با اینکه برایتان ثابت شده بود که او قاتل است مرتب پیغام می‌دادید که او را نکشید... شما از این پس وکیل من نمی‌باشید و به طلابی که پول برای شما می‌آورند بگویید به قم منزل آقای پسندیده و یا در تهران به جماران مراجعه کنند. بحمدالله از این پس شما مسئله مالی هم ندارید... 1- سعی کنید افراد بیت خود را عوض کنید تا سهم مبارک امام بر حلقوم منافقین و گروه مهدی هاشمی و لیبرال‌ها نریزد. 2- از آنجا که ساده لوح هستید و سریعاً تحریک می‌شوید در هیچ کار سیاسی دخالت نکنید، شاید خدا از سر تقصیرات شما بگذرد. 3- دیگر نه برای من نامه بنویسید و نه اجازه دهید منافقین هر چه اسرار مملکت است را به رادیوهای بیگانه دهند. 4- نامه‌ها و سخنرانی‌های منافقین که به وسیله شما از رسانه‌های گروهی به مردم می‌رسید؛ ضربات سنگینی بر اسلام و انقلاب زد و موجب خیانتی بزرگ به سربازان گمنام امام زمان- روحی له‌الفدا- و خون‌های پاک شهدای اسلام و انقلاب گردید؛ برای اینکه در قعر جهنم نسوزید خود اعتراف به اشتباه و گناه کنید، شاید خدا کمکتان کند... من با خدای خود وعده کردم که از بده پیمان بسته‌ام که رضای او را بر رضای مردم و دوستان مقدم دارم؛ اگر تمام جهان علیه من قیام کنند دست از حق و حقیقت برنمی‌دارم.... تاریخ اسلام پر است از خیانت بزرگانش به اسلام... از خدا می‌خواهم که به پدر پیر مردم عزیز ایران صبر و تحمل عطا فرماید و او را بخشیده و از این دنیا ببرد تا طعم تلخ خیانت دوستان را بیش از این نچشد.»
گفتنی است سفر عارف به قم برای اظهار نزدیکی به مراجع در حالی است که وی پیش از این از یک نامزد انتخاباتی کشف حجاب کرده در جلسه‌ای علنی در خارج از کشور حمایت کرده است.
