حدود 180 کتاب در موضوعات مختلف فقهی، فلسفی و عرفانی، ادبی، نجوم و ریاضیات و ...از علامه به یادگار مانده است که مروری گذرا بر چند مورد از آنها، میتواند فتح بابی برای خوشهچینی از این مواریث ارزشمند ایشان باشد.
سوز و گداز با معبود محبوب
الهینامه اثری نسبتاً کمحجم و روان از علامه (ره) و شامل مناجاتهای عرفانی ایشان است که فرازهای این مناجاتها هم، خود حامل پیامهای عمیق معرفتی است. ایشان در وصف «الهینامه» نوشته است: «الهینامه، کلماتی چند است که از سنوات هزار و سیصد و نود تا نود و چهار هجری، به قلم این کمترین! طبعم به طبع آن راغب نبود که نشر آن را چه سود؟ جز اینکه با تصویب و ابرام اصدقای فاضل مرکز نشر فرهنگی رجاء، زادهم الله تعالی رجاء، از ساحت قدس قرآن مجید به صورت استخاره استجازه نمودهام، به جواب و اجازت این کریمه مبارکه تشرف یافتهام: و فی نسختها هدی و رحمه للذین هم لربهم یرهبون… به رجاء واثق اینکه بعضی از نفوس مستعده را مفید افتد، جمع بر نشر آن صورت گرفت.»
شناختی نو از انسان
«انسان در عرف عرفان» عنوان رسالهای درباره موضوع انسان از دیدگاه قرآن کریم و معارف الهی است که ستاد آیتالله حسنزاده آملی در چهار فصل با عناوین «در تعریف انسان، مراد از عرفان در موضوع رساله، تمثلات و القائات سبوحی و اصول ایقانی» تدوین کرده است. ایشان این اثر را، مانند سایر آثار عالمانه خویش، ساده و در خور همگان به رشته تحریر درآورده است.
از خودشناسی تا خداشناسی
«دروس معرفت نفس» حاوی ۱۵۳ درس است و در آن مباحثی، همچون «خودشناسی، شناخت قوای انسانی، اثبات مقام تجرد و فوق تجرد نفس، نحوه ارتباط نفس و بدن، علم، سنخیت بین علم و ظرف آن» و ... بررسی شده است. در مقدمه علامه حسنزاده بر کتاب «معرفت نفس» آمده است: «معرفت نفس ناطقه انسانی، قطب قاطبه معارف ذوقیه و محور جمیع مسائل علوم عقلیه و نقلیه و اساس همه خیرات و سعادات است و به بیان مولی امیرالمؤمنین علی(ع)، معرفه النفس انفع المعارف... معرفت نفس، همان روانشناسی و خودشناسی است که أقرب طرق به ماورای طبیعت و صراط مستقیم خداشناسی است.»
ادای دین به ملاصدرا (ره)
«شرح الاسفار الاربعه» صدرالمتألهین شیرازی، به زبان فارسی است که از سوی علامه حسن زاده آملی برای شاگردان تدریس شده و مؤسسه بوستان کتاب، پس از ویرایش دقیق و تبدیل زبان گفتار به نوشتار، آن را به شکل کنونی در ۷ جلد عرضه کرده است. اثری ارزشمند در حوزه فلسفه اسلامی که میتواند سرمایهای ناب برای محققان حوزوی و دانشگاهی باشد.
میراث ادبی
«کلیله و دمنه» از کتابهاى ماندگار در حکمت و حکمرانى و ادب است. این کتاب از جمله آثارى است که از سانسکریت به پهلوى، سپس به وسیله «ابن مقفع» از پهلوى به عربى و در اوایل قرن ششم به قلم ابوالمعالى نصرالله منشى، به فارسى زیباى درى برگردانده شده است. این کتاب، کتابی پندآمیز است که در آن حکایتهای گوناگون نقل شده است.