پس از شکست گروهک منافقین از مردم و ناکام ماندن در همهپرسی جمهوری اسلامی، انتخابات نخستین دوره ریاستجمهوری، انتخابات نخستین دوره مجلس شورای اسلامی، انتخابات خبرگان قانون اساسی و همهپرسی قانون اساسی جمهوری اسلامی به تدریج زمینههای ورود منافقین به مرحله مسلحانه پدیدار شد. به بیان دیگر، از همان مقطعی که گروهک منافقین احساس کرد فاقد پشتوانه مردمی و به تبع آن پشتوانه قانونی برای کسب قدرت از مجاری منطقی و قانونی آن (همچون انتخابات) است، زمینه را برای تصاحب مسلحانه قدرت فراهم کرد. به واقع، آنچه مجاهدان را در مسیر خشونت حداکثری و جنگ مسلحانه علیه جمهوری اسلامی کشاند، استقبال نکردن مردم از این گروه و حرص و طمع کسب قدرت به هر طریق بود. نکته قابل ملاحظه دیگر آنکه در توهمات این گروه این خیال شکل گرفته بود که میلیشیا و قدرت نظامی سازمان از آنچنان اقتداری برخوردار است که خیلی راحت خواهد توانست بر مقاومت هواداران جمهوری اسلامی غلبه کرده و مردم نیز از آنان استقبال خواهند کرد.
بر اساس چنین تحلیلی بود که گروهک منافقین به طمع تصاحب قدرت، در مسیری گام گذاشت که نهایت آن درگیری و تقابل مسلحانه با نظام جمهوری اسلامی بود. در این میان، آنچه بیش از هر امر دیگر به چشم میآید، نحوه ورود منافقین به این مرحله و زمینهسازی برای همراهی افکار عمومی درون گروهک و توجیه افکار عمومی مردم در زمینه چرایی ورود منافقین به مرحله مسلحانه بود. آنها طی یک سال جنگ روانی طراحی شده، حقیقت را وارونه جلو داده و وانمود کردند، این نظام است که سازمان (منافقین) را به نبرد مسلحانه وادار کرده و در حقیقت سازمان (منافقین) به منظور دفاع از خود مجبور به نبرد مسلحانه با نظام جمهوری اسلامی شده است! در حالی که برای آشنایان به سازمان و فرماندهان آن مبرهن بود که قدرتطلبی سازمان آنان را به سمت خشونت سوق داده است.
دکتر «ابراهیم یزدی» وزیر خارجه دولت بازرگان که در آن مقطع نمایندگی مردم تهران در مجلس شورای اسلامی را بر عهده داشت، در اینباره میگوید: «قبل از حوادث خرداد ماه ۱۳۶۰ بچههای سازمان (منافقین) پیش من آمدند و گفتند که تجربه انقلاب را تکرار خواهند کرد. من با صراحت به آنها گفتم که تحلیلهای آنها اشتباه است. آنها جواب دادند که در دوران انقلاب خیابانها در کنترل ما بود، حالا هم همان کار را میکنیم. من در جواب آنها گفتم: در زمان انقلاب بدنه جامعه هر حرکتی را علیه نظام شاهنشاهی تأیید میکرد، اما امروز بدنه جامعه با شما نیست. شما یک گروه کوچک و اقلیتی هستید و اگر بخواهید دست به کار مسلحانه بزنید، با شما برخورد میکنند و شما تاب مقاومت را ندارید و بنابراین به شدت آسیب خواهید دید و متلاشی خواهید شد. در آن ملاقات کموبیش مطرح کردند که قاطعانه خواهند ایستاد؛ آنها به میلیشیایی که درست کرده بودند، خیلی بها میدادند و فکر میکردند میتوانند مقاومت کنند.»
«عزتالله سحابی» از جمله فعالان نزدیک به نهضت آزادی و از جمله چهرههای سیاسی مرتبط با گروهک منافقین که وی نیز در آن مقطع نماینده مردم تهران در مجلس بود، درباره زمینهسازی گامبهگام منافقین برای رسیدن به مرحله قیام مسلحانه علیه نظام جمهوری اسلامی میگوید: «بچههای سازمان (منافقین) متأسفانه گوششان بدهکار نبود. من بعدها متوجه شدم که اینها روی هوادارانشان هم تدریجی کار میکردند، همانگونه که به تدریج میخواستند من را قانع کنند که حرفهایشان را بپذیرم. رهبری سازمان (منافقین) هیچوقت ناگهانی مطرح نمیکرد که باید با حاکمیت درگیر بشویم، مثلاً مدتی بیان میکردند که در شهرستانها اعضا و هواداران سازمان(منافقین) را میگیرند و شکنجه میدهند. یکبار یکی از همین بچههای سازمان(منافقین) از شهرستان به ملاقات من آمد و دیدم که سینهاش را با آتش سیگار سوزاندهاند. هر چند بعدها فهمیدیم که این ساختگی بوده و خود سازمان(منافقین) این کار را کرده بود تا شکنجه را به پای نظام بگذارند، آنها میخواستند با این کار به تدریج افکار عمومی را قانع کنند که چون از طرف نظام و نیروهای حزباللهی به سازمان(منافقین) و اعضای آن حمله میشود، اعضا و کادرها و هواداران سازمان(منافقین) همه به رهبری آن فشار میآورند که باید یک کار جدی کرد: یک حرکت مسلحانه! مسعود رجوی خودش میگفت که ما چه کار کنیم؟ داریم در مقابل بچههای سازمان (منافقین) در میمانیم و تا حالا در مقابل آنها مقاومت کردیم و در واقع حرکت منافقین به سوی درگیریهای تند و قهرآمیز را به گردن بدنه سازمان(منافقین) میانداخت.»
سحابی در ادامه درباره چگونگی زمینهسازی تدریجی سازمان برای ورود به مرحله مسلحانه به نمونهای اشاره کرده و میافزاید: «مسعود به من گفت: ما دیگر درماندهایم؛ بچههای سازمان (گروهک منافقین) از پایین خیلی به ما فشار میآوردند. این در حالی بود که مهدی بخارایی و حبیب مکرم دوست (از بچههای سطح بالای گروهک منافقین) و دو نفر دیگر در یک مصاحبه تلویزیونی گفتند: خود سازمان (منافقین) طی یک برنامه حساب شده پله پله ما را به طرف این درگیریها میکشاند؛ به گونهای که ما خودمان به این نتیجه برسیم که باید کار مسلحانه بکنیم. البته نیروهای قویتر و سطح بالاتر از بخارایی و مکرم دوست هم به این نکته تأکید میکردند که سازمان (منافقین) با یک برنامه حساب شده، بدون اینکه به صراحت به ما بگوید که خودتان را آماده کنید، ما را به طرف کارهای قهرآمیز میراند؛ اما مسعود پیش ما میگفت بدنه سازمان(منافقین) به ما فشار میآورد، در حالی که به واقع خود رهبری سازمان (منافقین) بدنه را به سمت مبارزه مسلحانه هدایت میکردند.»