در انتخابات اولین دوره ریاست‌جمهوری که مطابق با قانون اساسی جدید مصوب شده در آذرماه 1358 برگزار می‌شد، همه احزاب و گروه‌های سیاسی با گرایش‌های گوناگون حضور داشتند. آنها با همه توان آمده بودند تا بتوانند اولین منصب ریاست‌جمهوری را از آن خود کنند. همانطور که پیش از این نیز اشاره شده بود، در این انتخابات نظارت بر عهده حضرت امام(ره) بود، زیرا هنوز شورای نگهبان شکل نگرفته بود که به وظیفه خود عمل کند. در این دوره محدودیتی برای افراد حاضر وجود نداشت و تنها مأموران ساواک و سلطنت‌طلبان و آنهایی که قانون اساسی جمهوری اسلامی را قبول نداشتند، حق حضور نیافتند.
در میان شخصیت‌های سیاسی که احتمال حضورشان در انتخابات ریاست‌جمهوری می‌رفت، بدون شک نمی‌توان از نام مهدی بازرگان گذشت. پیشکسوتی و سوابق و تجربه وی به عنوان اولین نخست‌وزیر، کافی بود تا وارد این میدان شود. طبیعی بود که نهضت آزادی پیشگام ورود وی به عرصه انتخابات شود. بازرگان نیز خود نیم‌نگاهی به این موضوع داشت؛ لذا وقتی ماه‌ها پیش از انتخابات از او در این باره سؤال می‌شود، می‌گوید: «نامزدی ریاست‌جمهوری را نفی نمی‌کنیم» و معمولاً تصمیم را منوط به تصویب قانون اساسی می‌کرد. در تاریخ دوم دی ماه بود که روزنامه‌ها از احتمال نامزدی بازرگان سخن گفتند و وی نیز در گفت‌وگویی اعلام داشت: «چون از من می‌خواهند و ابراز می‌کنند و خواسته‌اند، وجداناً مشکل است که من شانه خالی کنم.» در همین ایام عده‌ای از حامیان نهضت آزادی نیز طی راهپیمایی خواهان نامزدی مهدی بازرگان برای ریاست‌جمهوری شدند؛ اما واقعیت آن است که در درون نهضت آزادی نسبت به نامزدی بازرگان وحدت نظر نبود! عملکرد وی در دوران نخست‌وزیری با انتقاد بخشی از اعضا قرار داشت و همانطور که در جای دیگری اشاره شد، حتی در نهایت به جدایی بخشی از اعضا انجامید. بنابراین، وقتی نام وی در شورای مرکزی برای نامزدی در انتخابات ریاست‌جمهوری مطرح شد و با وجود اصرار خود ایشان، رأی نیاورده و قرار بر آن می‌شود تا «حسن حبیبی» به عنوان نامزد انتخاباتی نهضت آزادی وارد میدان رقابت شود!
«محمد توسلی» از اعضای شورای مرکزی نهضت نقل می‌کند: «در انتخابات ریاست‌جمهوری اول كه خود من هم در شورای نهضت حضور داشتم، این مسئله مطرح بود كه مهندس سحابی و جمع دوستان‌شان موافق نبودند كه مهندس بازرگان نامزد شود. مهندس بازرگان گفتند بسیار خوب. شما قبول كنید و مهندس سحابی هم با توجه به هفت سال زندان و شرایط خانوادگی آمادگی نداشتند و اصرار داشتند بر نامزدی آقای حبیبی و در جلسه شورا مطرح شد و با اختلاف یك رأی آقای حبیبی رأی آوردند. وقتی مهندس بازرگان از آن جلسه آمدند بیرون، گفتند تلخ‌ترین شب زندگی من بود. مهندس بازرگان كسی بود كه در انتخابات مجلس نامزد شد و یك میلیون و هفتصد هزار رأی آورد؛ یعنی در كشور و در تهران پایگاه اجتماعی داشتند؛ یعنی اگر ایشان نامزد شده بودند یا رئیس‌جمهور می‌شدند یا نفر دوم می‌شدند. همه قراین این را نشان می‌دهد كه كاندیداتوری بازرگان در راستای منافع ملی بود كه آن اتفاقات تكرار نشود و روند تغییرات ما با عقلانیت بیشتری طی می‌شد. نهضت هم همیشه این نقد را با توجه به واقعیت موجود داشته كه یكی از اشتباهات تاریخی نهضت این است كه آقای دكتر حبیبی نامزد شد.»
درباره دلایل انصراف مهندس مهدی بازرگان از کاندیداتوری ریاست‌جمهوری در کتاب «سیری در زندگی، آثار و افکار مهندس بازرگان»، آمده است: «گروهی معتقد بودند، شایسته‌ترین فرد، مهندس بازرگان است و باید او کاندیدا شود و در مقابل کسان دیگر دکتر حسن ابراهیم حبیبی- که در آن زمان عضو نهضت آزادی بودـ را برای نامزدی پیشنهاد می‌کردند. سرانجام در رأی‌گیری نهایی، کاندیداتوری حبیبی تصویب شد. با اینکه مهندس بازرگان همواره به عنوان کاندیدای منفرد مطرح بود و می‌توانست همچنان منفرد کاندیدا شود، اما پس از رأی‌گیری در شورای نهضت، خود او صلاح ندانست کاندیدای منفرد باشد؛ چرا که این کار می‌توانست به زیان نهضت آزادی تمام شود و حتی ممکن بود، نوعی انشعاب تفسیر شود.»
«مهندس هاشم صباغیان» از یاران و نزدیکان بازرگان معتقد است: «به نظر من یکی از بزرگ‌ترین اشتباهات نهضت این بود که این موضوع را پذیرفت که آقای بازرگان کاندیدای انتخابات ریاست‌جمهوری نشود، چرا که اگر آقای بازرگان کاندیدای انتخابات ریاست‌جمهوری شده بود سرنوشت جمهوری اسلامی ایران به نحو دیگری رقم می‌خورد و اگر در این رقابت حضور پیدا می‌کردند، حتماً در رقابت با دیگر کاندیدا‌ها برنده می‌شدند.»
بدین شکل بود که خبر حضور نیافتن بازرگان در رسانه‌ها عمومی شد، بدون آنکه علت آن مشخص شود و اعلام شد نهضت آزادی از دکتر حسن حبیبی حمایت خواهد کرد. نامزدی که در نهایت مورد حمایت حزب جمهوری اسلامی نیز قرار گرفت و موفقیت چندان پیدا نکرد. گفتنی است، بازرگان با نامزدی حسن حبیبی سخت مخالف بود و نامزدی او را درست و به مصلحت نمی‌دانست. در واقع همان جناح انشعابی نهضت آزادی از حسن حبیبی حمایت کرد.
