در آستانه برگزاری انتخابات مجلس خبرگان قانون اساسی که قرار بود در مردادماه 1358 برگزار شود، جریان‌های مخالف خط امام(ره) که فضای حاکم بر جامعه را مساعد اجرای طرح‌ها و برنامههای خود نمی‌دیدند و به دلیل فقدان پایگاه اجتماعی رأی‌آور، امید به دست گرفتن مجلس خبرگان را نداشتند، در تلاش برای تضعیف جایگاه این مجلس و شبههافکنی و جوسازی پیرامون آن برآمدند و تلاش کردند مجلس خبرگان شکل نگیرد. اولین هجمه تقابل ایجاد کردن بین مجلس خبرگان و مجلس مؤسسان بود و هواداری از تشکیل مجلس مؤسسان. آنها بر بوق‌ها دمیدند و طبل‌ها کوفتند که مجلس مؤسسان بسیار اهمیت دارد و اگر چنین مجلسی تشکیل نشود، هیچ قانونی اعتبار ندارد. در جایی دیگر گفتند: «تصمیمی که برای ایجاد مجلس خبرگان به جای مجلس مؤسسان گرفته شده است، هدفی جز دور ساختن انقلابیون از صحنه ندارد و نمایندگان واقعی تودههای ستمدیده از تشخیص این یا آن ماده عاجز نیستند و بهانههایی که آورده می‌شود، تنها گویای تنگ نظری و انحصارطلبی تحمیلکنندگان مجلس خبرگان به مردم ستمدیده است.»
«عبدالرحمن قاسملو» دبیر حزب دموکرات کردستان در حالی که بر روی جوانان حافظ امنیت کشور اسلحه کشیده و ده‌ها نفر را به شهادت رسانده بود، مدعی بود: «تشکیل مجلس مؤسسان مرکب از نمایندگان کلیه خلقهای ایران ضرورت تاریخی دارد، مردم کردستان به‌طور اعم و حزب دموکرات به‌طور اخص طرفدار آن چنان قانونی است که حاوی اصول و موازین فوقالذکر بوده و در مجلس مؤسسان مورد بحث و گفت‌وگوی نمایندگان راستین همه خلقهای ایران قرار گرفته و به تصویب نهایی برسد.» «احمد شاملو» در گردهمایی حزب سوسیالیست کارگران درباره تشکیل مجلس خبرگان هشدار داد و گفت: «چنین مجلسی پیش‌نویش حاضر را 75 درصد به سوی خودکامگی خواهد برد و گرنه چه هراسی از تشکیل مجلس مؤسسان است؟!»
این ادعاها در حالی بود که بخش دیگری از جریان‌های مخالف خط امام(ره) نیز به بی‌اعتبار بودن این اعتراضات اذعان داشته و تفاوت چندانی میان مجلس خبرگان و مؤسسان نمی‌دیدند. برای نمونه، «کریم سنجابی» دبیرکل جبهه ملی، زیاد بودن تعداد اعضای مجلس بررسی قانون اساسی را مهم ندانست و تأکید کرد که نباید این مسئله موجب اختلاف و دودستگی شود.
در پاسخ به این سخنان، حضرت امام(ره) چنین فرمودند: «ما حالا باید قانون اساسی را آنطوری که برای اسلام باشد، تحکیم کنیم، تصویب کنیم و این هم باید زود تصویب شود. این طرحی است که دولت داده است، همین طرح صحیح است و اگر بخواهد آنطوری که این غربزدهها میگویند مبنی بر اینکه شما مطابق چیزهای دنیاپسند یک مجلسی درست کنید با پانصد ششصد نفر آدم و پانصد هشتصد نفر آمدند، یکی یکی بنشینند آنجا، این معانیاش آن است که ما تا دو سه سال دیگر بنشینیم و عزا بگیریم و آنان قوت پیدا کنند، طرحی است که یا از غرب ریخته شده است و یا از آنجایی که شاه در آنجاست. این طرح وارداتی است، آیا این طرح قبول است؟ ما میگوییم زود کلک قضیه کنده شود و اسلامی بشود و الان همه ما باید در دنبال همان معنا باشیم و همین طرح که دولت گفته است، صحیح است.»
حضرت امام(ره) تسلیم این صحنه‌آرایی‌ها نشدند و تمام قد در دفاع از حقوق ملت ایستادند و با حمایت ایشان از دولت موقت، انتخابات در زمان خود برگزار شد. وزارت کشور نیز در اطلاعیه‌ای از مردم خواست برای نظارت بر انتخابات افراد مورد نظر خود را اعلام کنند. انتخابات در روز دوازدهم مرداد ۱۳۵۸ برگزار شد. روزنامه «جمهوری اسلامی» فردای روز انتخابات در گزارشی با عنوان «اولین انتخابات آزاد برگزار شد»، نوشت: «دیروز ایران یکپارچه شور انقلابی بود، صف‌های تشکیل شده در مقابل حوزه‌های اخذ رأی یادآور خاطره رفراندوم عظیمی بود که طی آن ملت مسلمان ایران یکصدا به جمهوری اسلامی رأی دادند. خبرنگاران ما از سراسر کشور گزارش می‌دهند از ساعت ۶ صبح دیروز مردم مسلمان گروه گروه به پای صندوق‌های رأی رفتند و آرای مخفی خود را به کاندیداهای خبرگان درون صندوق ریختند. خبرنگاران ما از ستاد مرکزی انتخابات که در وزارت کشور مستقر شده بود، گزارش می‌دهند که در این مرکز جنب و جوش عظیمی به چشم می‌خورد و تراکم عظیم مکالمات تلفنی که برای رفع اشکالات و دریافت پاسخ با ستاد مرکزی تماس میگرفتند، فوق‌العاده بود. به این ترتیب ستاد مرکزی در ارتباط مستقیم با استانداری‌ها و فرمانداری‌های کشور بود. در ستاد مرکزی آقای نوربخش، مدیرکل انتخابات وزارت کشور و آقای احمدی مسئول ستاد مرکزی انتخابات و اعضای هیئت مرکزی نظارت بر انتخابات مستقر بودند. مهندس صباغیان وزیر کشور هم اوایل صبح از ستاد مرکزی بازدید و مدتی با مسئولین امر مذاکره کرد.»
این انتخابات را می‌توان یکی از دموکراتیک‌ترین انتخابات در تاریخ این کشور دانست که در کمال صحت و سلامت برگزار شد و مردم نمایندگان واقعی خود را وارد مجلس کردند. «هاشم صباغیان» وزیرکشور دولت موقت، عضو نهضت آزادی و مجری انتخابات می‌گوید: «من از مجریان نخستین انتخابات پس از انقلاب اسلامی بودم و به آن افتخار می‌کنم و من معتقدم انتخابات مجلس خبرگان قانون اساسی آزادترین، سالم‌ترین و بهترین انتخابات نظام جمهوری اسلامی ایران بود.» وی در جایی دیگر تکرار می‌کند: «انتخابات خبرگان، نخستین انتخاباتی بود که در نظام جمهوری اسلامی برگزار شد. من نمی‌خواهم بگویم چون من مجری آن بودم، این ادعا را می‌کنم، اما به شکل مستدل و تطبیق آن با سایر انتخابات، بهترین انتخابات نظام جمهوری اسلامی بود؛ از نظر آزادی، حق انتخاب شدن و حق انتخاب کردن... آن روز از همه طبقات در این مجلس بودند. اینکه می‌گویم آزادترین انتخابات تاریخ جمهوری اسلامی بود، به همین دلیل است که هر طبقه فکری مؤثر آن روز، کاندیدا داده بودند و انتخاب شده بودند. مردم هم انتخاب کرده بودند. حتی حزب توده کاندیدا داده بود، سازمان مجاهدین هم و این خودش سنگ محک بود، بهترین آزمون بود برای آن روز. حزب توده گمان می‌کرد همه آرا را دارد یا سازمان مجاهدین می‌گفت که اصلا حکومت باید مال من باشد! پاسخ اینها و اینکه تحلیل‌شان اشتباه بوده، در کجا داده شد؟ پای صندوق‌های رأی!»
