گمرک ایران در مورد پرونده قاچاق خودرو که از سال 1396 با شکایت این سازمان شروع شده و دارایی 99 متهم است، شفاف سازی کرد.گمرک ایران پس از انتشار دروغ بزرگ برخی افراد با عنوان مدعیان مبارزه با فساد، برای نخستین بار جزئیات بیشتری از پرونده معروف به قاچاق خودرو در سال ۱۳۹۶ منتشر و در پاسخ به سخنان کذب مدعیان مبارزه با فساد اعلام کرد: در مورد کشف فساد و اعلام جرم در این پرونده، نخستین بار گمرک تخلفات ثبت سفارش خودرو را اعلام جرم و به عنوان شاکی پرونده در جلسات دادگاه از حقوق دولت دفاع کرد.در توضیحات گمرک ایران آمده است: در مورد پرونده مربوط به تخلفات ثبت سفارش خودرو در سال ۱۳۹۶ خود گمرک اولین بار در مورد تخلفات صورت گرفته اعلام جرم و پیگیری کرده است، لذا هیچ یک از مسئولان گمرک جمهوری اسلامی ایران در این پرونده متهم نبوده و حتی هیچ گونه قراری نیز در این زمینه صادر نشده است. بر اساس این گزارش، گمرک به عنوان یک سازمان تخصصی و شاکی پرونده در ارائه مستندات لازم با مراجع قضایی همکاری و همراهی مطلوب دارد و در جلسات دادگاه به عنوان شاکی پرونده از حقوق دولت دفاع می‌کند که کشف و اقدام به موقع گمرک در اعلام جرم با همکاری بسیار خوب مراجع قضایی، نقطه درخشانی در قاطعیت یک سازمان دولتی در مبارزه با فساد به شمار می‌رود.توضیحات کامل گمرک در زمینه این پرونده به شرح زیر است:
پرونده مربوط به ثبت سفارش‌های خودرو مرتبط با سال ۱۳۹۶ به موجب گزارش‌های وقوع جرم قاچاق تنظیمی توسط گمرکات اجرایی ذیربط (۱۴ گمرک) و تجمیع گزارش‌های وقوع جرم، در شعبه پنجم بازپرسی دادسرای کارکنان دولت مطرح و مورد رسیدگی قرار گرفته و در این راستا گمرک به عنوان شاکی و تهیه‌کننده اعلام جرم، در شعبه پنجم بازپرسی حاضر و به‌عنوان سازمان مطلع و مامور وصول دولت، توضیحات لازم درخصوص موضوع حادث شده را ارائه و در این زمینه همکاری لازم با مرجع قضایی کرده است و به صورت مستمر پیگیری‌های لازم معمول داشته است. در نهایت پرونده منجر به صدور کیفرخواست بر علیه ۹۹ نفر از متهمان مربوطه صادر گردیده است و حتی در متن کیفر خواست آمده: گمرک در راستای وظایف ذاتی و قانونی خود تمامی تشریفات مقرر در قانون را پس از اخذ مجوزهای قانونی و مقرراتی و دریافت تاییدیه سیستمی مجوزها انجام و نسبت به ترخیص خودروها اقدام نموده و هیچگونه فعل یا ترک فعلی که موجبات نقض تشریفات قانونی مربوط به واردات خودرو شود را مرتکب نشده و هیچ گونه تخلفی متوجه گمرک جمهوری اسلامی ایران نمی‌باشد و به توضیحات مسئولین گمرک و همکاری گمرک و عدم مسئولیت مسئولین مربوطه اشاره شده است. لذا پرونده جهت بررسی و تصمیم‌گیری نهایی طی کلاسه شماره ۹۷۰۹۹۸۲۱۳۲۵۰۰۰۰۲ در شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب اسلامی تهران مطرح رسیدگی می‌باشد و گمرک به عنوان شاکی در جلسات دادگاه از حقوق دولت دفاع می‌کند.برخلاف جوسازی‌ها و نشر برخی اخبار کذب و غیرواقعی درپرونده فوق، گمرک به عنوان اعلام‌کننده جرم و تعقیب‌کننده متهمان بوده و هیچ یک از مسئولان گمرک جمهوری اسلامی ایران در این پرونده متهم نبوده و حتی هیچ گونه قراری نیز در این خصوص صادر نشده است.
گمرک ایران جزئیات جدیدی از پرونده قاچاق خودرو منتشر کرد که شاکی آن خود گمرک در سال ۹۶ بود. 
