یکی از اقدامات تاریخی حضرت امام خمینی(ره) مبتنی بر مدارا و رأفت اسلامی، صدور فرمان عفو عمومی بود که در تابستان 1358 صادر شد. مطابق با لایحه شورای انقلاب و موافقت امام خمینی(ره): «کلیه متهمین که در رژیم سابق مرتکب تقصیراتی شده‌اند بخشوده میشوند، به استثنای اشخاصی که مبادرت به قتل مردم نموده یا دستور آن را صادر کردهاند، یا زندانیان انقلابی ما را شکنجه دادهاند. تشخیص جرایم فوق را باید هیئتی مؤمن به انقلاب اسلامی به عهده بگیرند.» یک هفته بعد در 25 تیرماه طی دستوری به دادستان دادگاه‌های انقلاب اسلامی کشور، کلیه متهمانی را که در رژیم سابق مرتکب تقصیراتی شده‌اند، به جز چهار گروه مورد عفو قرار دادند. فرمان صادره به شدت در ایجاد آرامش در جامعه و عاری کردن فضای اجتماعی از خشونت و درگیری مؤثر بود. هر چند گروه‌های سیاسی که حیات سیاسی خود را در آشوب و خشونت می‌دیدند، به بهانه‌های گوناگونی در مسیر اغراض خود پیش رفته و هر روز بلوایی خلق می‌کردند!
این عفو و بخشش فرآیندی تداوم‌دار در عملکرد حضرت امام(ره) بود و در فرصت‌های گوناگون نیز محکومان دادگاه‌ها با فرمان امام(ره) مستوجب بخشش و تخفیف مجازات قرار گرفتند. از جمله موارد قابل ملاحظه مواجهه حضرت امام(ره) با اعضای حزب منحله دموکرات کردستان بود. مهندس هاشم صباغیان، وزیر کشور اعلام کرد بر اساس فرمان صادره از طرف رهبر معظم انقلاب، کلیه افراد حزب منحله دموکرات در صورت تحویل سلاح‌های خود عفو خواهند شد.
مورد دیگر می‌توان به طور خاص به عفو محکومان کودتای نوژه اشاره کرد که «حجت‌الاسلام محمدی‌ری‌شهری» حاکم شرع و رئیس دادگاه انقلاب ارتش در این باره نقل می‌کند: «تا پایان سال جاری [1358] دو بار عفو برای محکومان دادگاه‌های انقلاب ارتش داریم. یک بار به مناسبت سالگرد پیروزی انقلاب، یعنی روز 22 بهمن و عفو دوم عید نوروز خواهد بود که رهبر کبیر انقلاب در مورد محکومان نیروهای مسلح فرمان عفو عمومی صادر فرموده‌اند که این فرمان در عید نوروز اجرا خواهد شد.»
ری‌شهری درباره عفو عمومی امام(ره) گفت: «شهید سرلشکر فلاحی قبل از شهادت خود در درخواستی از امام امت مبنی بر عفو کلیه نظامیان و مأموران انتظامی شهربانی که از دوران انقلاب تا شش ماه اول سال 1360 به اتهامات مختلف دستگیر و محاکمه شده‌اند، نموده بود. امام امت نیز فرمانی بر مبنای درخواست سرلشکر شهید فلاحی به شورای عالی قضایی دادند و شورای عالی قضایی نیز از ما درخواست کرد تا آماری از محکومان و زندانیان مشمول فرمان عفو عمومی امام در سطح ارتش تهیه کرده و برای شورای عالی قضایی ارسال کنیم و براساس بخشنامه شورای عالی قضایی در تدارک لیست افراد شامل عفو هستیم.»