مهم‌ترین معیار در تشخیص مصلحت درست از مصلحت غلط، مطابقت دادن آن با قرآن و کتاب است. هر مصلحتی که در ذیل کتاب و سنت قرار بگیرد، مشروع است و هر مصلحتی که برخلاف کتاب و سنت باشد، باطل خواهد بود. بنابراین، هر مصلحت‌سنجی باید در چارچوب شرع مقدس بر اساس اجتهاد شیعی قرار داشته باشد. این نکته به معنای این است که حتی اگر قرار است بر اساس مصلحت، حکم واجبی را کنار بگذاریم یا حرامی را مرتکب شویم، آنجا نیز باید در چارچوب کتاب و سنت باشد. مخالفت با شرع در شرایطی خاص ـ همچون اضطرار و ضرر و حرج و ... ـ به تصریح قرآن (بقره: ۱۷۳ و مائده: ۳ و توبه: ۹۱) جایز است. خداوند در قرآن تصریح می‌کند در شرایطی همچون اضطرار، به شرط اینکه شخص مایل بر انجام گناه نباشد، می‌تواند گوشتِ حرام را به اندازه‌ای که از اضطرار خارج شود، بخورد.
قواعد متعددی همچون قاعده نفی ضرر و نفی حرج و نفی سبیل و قاعده علوّ و ... در شریعت وجود دارد که خروجیِ آنها چارچوب‌بندی و جهت‌دهی به احکام شرعی است. برای نمونه، اگر یک حکم شرعی، به ضرر شخص یا جامعه بود، طبق قاعده نفی ضرر، آن حکم مشروع نیست. همچنین اگر یک حکم شرعی، باعث تسلط کفار بر جامعه اسلامی شود، آن حکم شرعی باید کنار گذاشته شود؛ مانند اتفاقی که در قضیه تحریم تنباکو افتاد.
در نتیجه اگر در شرایطی خاص و طبق موازین شرعی و با رعایت حدود الهی، مجبور به انجام حرام یا ترک واجب شدیم، از چارچوب کتاب و سنت خارج نشدیم؛ زیرا خودِ شرع مقدس اسلام، چنین حالاتی را به صورت ضابطه‌مند پیش‌بینی کرده است. تشخیص این وضعیت‌های خاص و مصادیق آنها در حوزه زندگی فردی، بر عهده خودِ فرد مسلمان است، اما در حوزه‌های جمعی و مسائل مرتبط با جامعه، تشخیص مواردی که به ضرر جامعه اسلامی است یا موجب تسلط کفار بر جامعه اسلامی می‌شود یا تشخیص حالت اضطرار برای جامعه اسلامی و ... بر عهده ولی‌فقیه و هیئت حاکمه – بعد از مشورت با کارشناسان و خبرگان – است؛ اما مهم است که بدانیم آنچه در تشخیص ولی‌فقیه پس از مشورت با متخصصان و نخبگان، به عنوان مصلحت نظام و اسلام و مسلمین مطرح می‌شود، در ذیل همین تشخیص‌ها و تطبیق‌ها و تقدیم اهم بر مهم بر اساس ضوابط شرع است. بنابراین، اگر متوجه شدیم در جمهوری اسلامی یک حکم شرعی رعایت نمی‌شود، مثلاً از اقلیت‌های مذهبی، جزیه که یک حکم قرآنی است بنابر مصلحتی، گرفته نمی‌شود، نمی‌توان گفت که حاکمیت جمهوری اسلامی مرتکب خلاف شرع شده است؛ زیرا خود شرع مقدس اسلام به ولی‌فقیه و دولت اسلامی این اجازه را داده است که در شرایطی خاص و بر اساس ضوابط و مصلحتی مشخص و غیر قابل اخذ جزیه را کنار بگذارد.