با آغاز به کار اولین دولت جمهوری اسلامی و مجلس شورای اسلامی، حضرت امام (ره) از همه مسئولان کشور خواستند تا در مسیر تحقق قانون اساسی تلاش کنند. ایشان در مراسم افتتاحیه اولین دوره مجلس شورای اسلامی به طور خاص از نمایندگان مجلس خواستند: «همه روی قانون عمل بکنند. این قانونی که ملت برایش رأی داده است. همین رأی نداده است که توی طاقچه بگذارید و کاری به آن نداشته باشید، بروید مشغول کار خودتان بشوید. این قانون باید دست همه باشد و همه حدود را قانون معین بکند. قانون برای مجلس حدود معین کرده است، تخلف از این حدود نشود. برای رئیس‌جمهور تحدید کرده، حدود قرار داده، او هم تخلف نکند. برای نخست‌وزیر و امثال اینها و دولت‌ها حدود معین کرده. آنها هم نباید خارج بشوند. هر که خارج بشود از حدود، باید این را تنبه بدهند، هدایت کنند آن را. »
حضرت امام (ره) به خوبی می‌دانستند که نظامی نوپا هنوز در مرحله اجرا با مشکلات متعددی مواجه خواهد بود و تعریف حدود وظایف و اختیارات دستگاه‌های گوناگون در عمل با همپوشانی‌هایی همراه است که می‌تواند به اختلاف و درگیری و تنش بینجامد. بنابراین، تلاش می‌کردند همه مجموعه‌های نظام را که حیات‌شان برای بقا و تداوم نظام جمهوری اسلامی ضروری بود، به مدارا با یکدیگر و عمل به قانون دعوت کنند. قانونی که هنوز بخش عمده‌ای از آن نوشته نشده بود و این وظیفه مجلس شورای اسلامی نوپا بود که مبتنی بر قانون اساسی، قوانین جزئی هر یک از دستگاه‌ها را تدوین و تصویب کند.
در همین وضعیت، سال ۱۳۵۹ مملو از تنش‌های ایجاد شده بین مجموعه‌هایی است که هر یک برای خود اختیاراتی قائلند و مرز‌های اختیاراتشان هنوز متداخل، محل اختلاف، مبهم و ناپیداست. در این وضعیت، حضرت امام (ره) تلاش دارند قانون را به مثابه فصل‌الخطاب در جامعه جا بیندازند و همه را به رعایت آن دعوت کنند. در همین ایام، فرماندهان نیرو‌های سهگانه ارتش روز سوم مرداد ۱۳۵۹ با امام‌خمینی (ره) در جماران دیدار کردند. در این دیدار امام (ره) خواهان عمل کردن همه نهاد‌ها و اشخاص به وظایف قانونی خود و مداخله نکردن در امور یکدیگر شدند و فرمودند: «قانون برای همه وظیفه معین کرده، اگر یکی دست از قانون بردارد و بخواهد دخالت دیگری بکند، بر خلاف شرع عمل کرده. باید هر کس همان کاری، آقای رئیس‌جمهور همان کاری که برایش معین کرده است قانون، همان کار مهمی که برای او قرار داده، آن کار را خوب انجام بدهد. مجلس آن وظایفی را که قانون برایش معین‌کرده همان را درست بکند، دیگر مجلس دخالت نکند در اجرا، و قوه مجریه در قوه مقننه و هر دو در قوه قضاییه. قوای قضایی سر جای خودشان کار قضاییشان را انجام بدهند و این کار مهمی است. قوای مقننه باید کار تقنینشان را انجام بدهند و این‌کار مهمی است. دولت مجری است باید کار خودش را انجام بدهد و آن هم کار مهمی است. ارتش باید کار خودش را انجام بدهد به آن حدودی‌که موظف است و این کار مهم است. اگر بنا باشد هر کدام در کار دیگر دخالت بکنند که این مملکت نمی‌شود. یک بازاری بیاید در ارتش دخالت بکند، این مثل این است که یک بازاری بیاید در فتوا دخالت بکند، خوب نمی‌شود اینکه ارتش بیاید در فتوا دخالت بکند، اهل فتوا بیایند در ارتش دخالت بکنند؛ این‌معنایش این است که هیچ کدام کار خودشان را نمی‌توانند انجام بدهند. »
طبیعی بود که پس از آغاز به کار مجلس، زمان برای تشکیل کابینه اصلی رئیس‌جمهور فرا رسیده باشد. در این میان، چگونگی انتخاب نخست‌وزیر از جانب رئیس‌جمهور، خود موجباتی از سوءتفاهمات را فراهم کرد. در ۳۱ تیرماه ۱۳۵۹ مراسم تحلیف «ابوالحسن بنی‌صدر» در مجلس شورای اسلامی برگزار شد و از آن پس مسئله انتخاب نخست‌وزیر کلید خورد که تفاهم بین اکثریت مجلس و رئیس‌جمهور به درازا کشید و بر سر گزینه‌های مطرح، از جمله جلال‌الدین فارسی و مصطفی میرسلیم توافق حاصل نشد و کار به تشکیل هیئت حل اختلاف انجامید. این هیئت مأمور بررسی وضع چهارده نفر از داوطلبان پست نخست‌وزیری بود که در نهایت به «محمدعلی رجایی» رسید و با وجود اکراه بنی‌صدر، رجایی با رأی مجلس نخست‌وزیر شد.
در همین حین بنی‌صدر در روزنامه «انقلاب اسلامی» علیه مخالفان خود موضع‌گیری می‌کرد و بر اختلافات می‌افزود. او در اجتماع مردم مشهد این گونه علیه مخالفان خود جبهه گرفت: «امروز نیز کسانی که بویی از مکتب نبرده‌اند به منتخب مردم و فردی که عمر خویش را در مطالعه مکتب گذرانیده و کوشیده است نظام پراکنده شده اسلامی را جمع‌آوری کند، ایستاده‌اند و به نام مکتب با او می‌ستیزند.... این سخن تازه‌ای نیست. در صدر اسلامی نیز در برابر علی (ع) پیراهن عثمان را پرچم کردند و هر روز به بهانه‌ای عرصه را بر امام تنگ کردند. ما نیز در برابر این انحصارگران و در برابر دسته دوم خوارجی که می‌خواهند به نام خدا و دین خدا استقرار حکومت اسلامی را غیرممکن کنند، ایستاده‌ایم.»
حضرت امام (ره) در این میان با دعوت به رعایت قانون، بر حل اختلافات از طریق مدارا و برادری تأکید داشتند و خود از دخالت مستقیم در امور پرهیز می‌کردند. برای نمونه، وقتی قرار بود در کمیته حل اختلاف مجلس و رئیس‌جمهور، امام (ره) نیز نماینده‌ای داشته باشند، ایشان نپذیرفتند و کار را به خودشان واگذار کردند. در این میان، ایشان همچنان نقش هدایتگری خود را تداوم بخشیدند و بر رعایت قانون تأکید داشتند. از جمله در دیدار با اقشار مردم فرمودند: «همه نهاد‌ها هم باید خودشان مقررات را به طوری که در هر نهادی مقررات هست عمل بکنند و خلاف مقررات، خلاف شرع است، نباید عمل بکنند و هیچ طایفهای و هیچ نهادی در نهاد دیگری نباید دخالت بکند.»