ماجرای جنایات رژیم پهلوی در فروردین سال ۱۳۴۲ و کشتار طلاب در مدرسه فیضیه قم، مسئله‌ای نبود که بتوان از کنار آن به سادگی گذشت. حضرت امام (ره) به‌عنوان رهبر مبارزه اسلامی ملت ایران معتقد بودند که فیضیه نباید خاموش می‌شد، موجی ایجاد شده بود و باید بر دامنه آن افزوده شود؛ بنابراین تلاش شد تا در چهلمین روز به همان صورت اول با گسترش زیادی، احساسات تحریک شود و مردم به میدان بیایند.
در اول اردیبهشت آن سال با صدور دستور جلب طلاب برای خدمت نظام وظیفه دولت سعی داشت حوزه قم را به خود مشغول کند و از پرداختن به سیاست باز دارد، اما مراقبت رهبری نهضت این نقشه را عقیم گذاشت و افکار انقلابی اسلام به داخل پادگان‌ها هم رسوخ یافت.
در چهلم فیضیه مجالس یادبود در قم و تهران و در بسیاری از شهر‌های کشور به‌دنبال اعلامیه مراجع برقرار شد و امام خمینی در اعلامیه‌ای بار دیگر موضوع روحانیت را در برابر رژیم حاکم تشریح کردند و نوشتند:
«جرم ما حمایت از اسلام و استقلال ایران است... ما در انتظار حبس و زجر و اعدام نشسته‌ایم... مریض‌های ما را از مریض‌خانه‌ها بیرون می‌کنند. در این چهل روز ما نتوانستیم احصائیه مقتولین و مصدومین و غارت‌شدگان را درست به‌دست آوریم... اشکال بزرگ آن است که به هر دستگاهی رجوع می‌شود، می‌گویند اینها که شده است به امر اعلی‌حضرت است و چاره‌ای نیست. از نخست‌وزیر تا رئیس شهربانی و فرماندار قم همه می‌گویند فرمان مبارک است. می‌گویند جنایات مدرسه فیضیه به دستور ایشان است. دستور اعلی‌حضرت است که به دانشگاه بریزند و دانشجویان را بکوبند... اگر صحیح نیست و اینها به دروغ جرم‌ها و قانون شکنی‌ها و اعمال غیرانسانی را به شاه نسبت می‌دهند پس چرا ایشان از خود دفاع نمی‌کنند تا تکلیف مردم با دولت روشن شود... منطق این دولت محو اسلام است تا این دولت غاصب یاغی سرکار است مسلمین روز خوش نخواهند دید...»
ادامه جلسات یادبود چهلم فیضیه، دولت را بالآخره وادار به عکس‌العمل ساخت و جلسه‌ای که به این مناسبت از جانب نماینده «آیت‌الله حکیم» در مسجد ارک تهران اعلام شده بود با محاصره مسجد از ورود افراد جلوگیری شد، مردم خشمگین به پلیس حمله‌ور شدند و زد و خورد در گرفت و جمعی مجروح شدند و بعد از آن از برگزاری مجلس یادبود دیگری در کشور به این مناسب جلوگیری کرد. اما رهبری نهضت آرام نگرفت و پس از چهلم فیضیه ما شاهد سخنان دیگری از ایشان هستیم که به‌مناسب آغاز درس ایراد می‌شود. در آن سخنرانی حضرت امام، انقلاب سفید شاه را معرفی می‌کنند و انگشت روی مفاسد و زیان‌های جبران‌ناپذیر اقدامات شاه می‌گذارند و طرح‌های او را طرح‌های استعماری آمریکا و صهیونیسم جلوه می‌دهد در همین زمان است که فریاد «وای بر نجف ساکت وای بر قم ساکت» سر می‌دهد، امام انتظار دارند همه روحانیون مانند او در جهت مبارزه گام بردارند و شجاعانه سد‌ها را بشکنند و به جلو روند. امام با سستی‌ها، سکوت‌ها، ناتوانی‌ها، نارسایی‌ها و وقت گذرانی‌های بی‌ثمر سخت مخالف بودند و اگر جمع دیگری همدوش امام در آن دوران فعالیت داشتند رژیم پهلوی نمی‌توانست بعد از ۱۵ خرداد به حکومت ادامه دهد.
به هر حال امام از فاجعه فیضیه در جهت در هم کوبیدن عوامل رژیم بسیار بهره‌جویی کردند و هیچ موقعیتی را از دست ندادند و همین دقت‌نظر و توجه به همه جهات مسائل روز به روز رهبری امام را در بین توده‌های مردم مستحکم می‌ساخت و نام امام و امضای او به اعلامیه‌ها اهمیت و ارزش خاصی می‌داد و شعار مطروحه از جانب او فراگیر می‌شد. رژیم درصدد برآمد از شیوه قدیمی خود که پرونده‌سازی است علیه امام استفاده کند و مسائل قانونی احضار و جلب و اتهام و جرم و مجازات را به‌صورت یک برنامه پیاده کند و به اصطلاح گرفتاری قانونی و محاکماتی پیش آورند و او را در تار و پود مقررات گیر آورند. در این راستا در کتاب «بررسی و تحلیلی بر نهضت امام خمینی» به داستانی با عنوان دیپلمات مصری یا جاسوس ایرانی بر‌می‌خوریم که قابل تأمل است. در همین زمان شخصی به عنوان نماینده «جمال عبدالناصر» با امام ملاقات می‌کند و پیام ناصر را دائر بر هر نوع کمک می‌رساند و امام اعلام عدم نیاز به هرگونه کمک خارجی می‌کنند. به هنگامی که امام خمینی در زندان بودند، متوجه شدند که شخص مزبور احتمالاً فرستاده رژیم شاه بوده که از این طریق درصدد پرونده‌سازی بوده‌اند که از آن مأیوس شده‌اند!