یکی از تلخترین حوادث نهضت اسلامی ملت ایران، تجاوز به مدرسه فیضیه قم بود. عصر دوم فروردین سال ۱۳۴۲، عزاداری در مدرسه فیضیه بر پا بود، جمعیت بسیاری از هر طبقه و قشر جامعه حضور یافته بودند. کامیونهای سرباز مسلح در میدان آستانه مقابل مدرسه فیضیه متوقف بودند و مأموران امنیتی محل را در محاصره داشتند. اوضاع غیرعادی بود. قیافههای غیرآشنا با مسجد و مدرسه بسیار دیده میشد. رفتوآمد مأموران حاکی از پیشبینی یک واقعه بود.
گوینده بالای منبر درباره زندگی حضرت صادق (ع) و مبارزات آن حضرت صحبت میکرد تا اینکه به حوزه علمیه قم به منزله دانشگاه امام صادق (ع) رسید و از اینکه حفظ و حراست احکام اسلام و استقلال کشور به آنها ارتباط مستقیم دارد، یاد کرد و در همین حال بدون اینکه ضرورت باشد، صلوات فرستادن جمعی آغاز شد و سخن گفتن ناطق را مشکل کرد. ناطق از مردم خواست بیجا صلوات نفرستند و تصور کرد تشخیص ندادهاند. در همین زمان یکی از روحانیون وقتی دید اطراف او صلوات نابجا میفرستند، به آنان اعتراض کرد و یکباره مورد هجوم همان مأموران آماده و پراکنده قرار گرفت که نزدیک منبر بودند. واعظ سعی داشت مجلس را آرام کند و به سخن ادامه دهد، ولی متوجه شد موضوع بیش از اینهاست و پارازیت ترک نمیشود، ناگهان فریاد کشید: «آی مردم آی مسلمانانی که از صدها فرسنگ راه به این شهر مقدس آمدهاید به شهر و دیار خود که بازگشتید به همه برسانید که دیگر به روحانیت اجازه ذکر مصیبت برای رئیس مذهب جعفری هم نمیدهند...»
ناگاه صلوات بلند شد و امکان ادامه سخن نیافت و پایین آمد و یکی از مأموران رژیم بلند شد میکروفون را در اختیار گرفت و فریاد زد: «به روح پرفتوح اعلی حضرت فقید رضا شاه کبیر! ...» بلندگو قطع شد و جمعی فریاد زدند که خفه شو! اجتماع به هم ریخت عدهای فرار کردند، جمعی فریاد میزدند، بیشتر حیرت زده بودند که حمله و گریز برای چیست! هجوم جمعی به سوی در خروجی، بیرون رفتن را مشکل کرد. طولی نکشید که فقط طلاب و مأموران لباس عوض کرده باقی ماندند و تعداد آنها را حدود هزار نفر یا بیشتر ذکر کردهاند که همه آنها سرها را به فرم آلمانی زده بودند. لباسهای یک شکل پوشیده بودند و فریاد هماهنگی را سر میدادند که «جاوید شاه» و به طلاب حمله میکردند. محصلان علوم اسلامی که تا آن لحظه تماشاگر بودند، در مقابل حمله به دفاع برخاستند، نرده طبقه دوم مدرسه را خراب کردند و با آجر به سوی شاهپرستان حمله کردند و در طبقه دوم سنگر گرفتند.
در این هنگام صحنه عوض شد و نیروی امدادی شهربانی وارد معرکه شد و پاسبانهای مسلح و قوایی که در مقابل مدرسه مهیا بودند، به همکاران در لباس دهقان خود پیوستند و مدرسه فیضیه میدان نبرد شد، رگبار گلوله شروع شد، تعدادی از طلاب از ارتفاع پرتاب شدند.
هزاران نفر از مردم در «میدان آستانه» ناظر هجوم مسلحانه مأموران به مدرسه فیضیه بودند و احتمال حمله آنها به مأموران میرفت که با گاز اشکآور و کمک سر نیزه متفرق شدند. گروههای ۵ یا ۶ نفری تنظیم شده به حجره طلاب حمله کردند و جنایت کمسابقهای را در این مدرسه بهعمل آوردند و در انتها لباس و کتاب و وسایل طلاب را وسط مدرسه جمع کردند و به آتش کشیدند و در تاریکی شب پس از اتمام وحشیگریهای تاریخی و به جا گذاشتن تعداد زیادی کشته و مجروح و مصدوم، با خوشحالی و غرور از اعمالی که انجام دادهاند، محل را ترک گفتند و در روز بعد در حمله دیگری که به همین مدرسه کردند، جمعی را مجروح کردند.
در همین زمان مدرسه طالبیه تبریز نیز مورد یورش قرار گرفت، علت آن نصب اعلامیه امام خمینی (ره) به دیوار مدرسه بود. صدمات وارده بر طلاب با چاقو و دشته و گلوله زیاد بود. این اعمال رژیم حاکم بیش از پیش تنفر عمومی را بهسوی خود جلب کرد و روحانیون را مصمم به مبارزه طولانی کرد و پایگاه مردمی امام خمینی (ره) را هر چه بیشتر مستحکم کرد.
«اسدالله علم» جنایتکار دربار پهلوی بهدنبال فاجعه فیضیه در مصاحبهای اعلام کرد: «روحانیون که با اصلاحات ارضی مخالفند با دهقانانی که به قصد زیارت به قم رفته بودند نزاع نمودند که منجر به قتل یک دهقان شد» و روزنامههای خبری مطیع ساواک هم ضرب و جرح طلاب و روحانیون قم به وسیله دهقانان را با تفصیل نوشتند و از قتل یک دهقان خبر دادند بدون اینکه بگویند این دهقان از کجا آمده و مربوط به کدام روستا بود.
فاجعه فیضیه قابل مخفی داشتن نبود. در یک سلول زندان واقع نشده بود که امکان انکار باشد. هزاران نفر زائر و ساکن قم آن را دیده بودند و دهان به دهان نقل میکردند. هجوم به یک مدرسه روحانی قابل دفاع نبود و لذا خبر این حادثه تا اعماق روستاهای کشور پیش رفت و در آستانه انقلاب سفید رسوایی زیادی برای دستگاه بهبار آورد. بسیاری مرعوب شدند و تصور میکردند که دوران رضاشاه بازگردانده شده و دیگر مبارزه فایده ندارد و حادثه فیضیه را با واقعه مسجد گوهرشاد دوران دیکتاتوری رضاخان مقایسه میکردند. روحانیون خانهنشین شدند و اضطراب و نگرانی در چهره جمعی دیگر دیده میشد. در شهرها و روستاها شایع کرده بودند که در تهران و قم روحانیون حق بیرون آمدن از منزل را ندارند. اگرچه خشونت فیضیه بسیار شدید بود، رژیم سعی داشت از آن بهرهبرداری کرده برای مدت طولانی از قهر روحانیت و سکوت این گروه و به انزوا رساندن آن استفاده کند.