ورود این مرجع بزرگ در مسائل سیاسی ایران به سالهای قبل از مشروطیت بازمیگردد. پس از ترور و قتل ناصرالدین شاه اوضاع بد ایران بدتر شد. جانشین پیر ناصرالدین شاه، نه توان اداره کشور را داشت و نه چندان با مملکتداری آشنا بود. افزایش قرضه خارجی و کاهش توان اقتصادی – سیاسی کشور در مقابل بیگانگان و نیز تشدید فعالیت گروههای غربگرا و نیز انجمنهای مخفی و فرق ضاله بر وخامت اوضاع افزوده بود. از حدود 1317 قمری با توجه به رسیدن اخبار ناخوشایند ایران به نجف، مراجع دینی نگران شده و در پی چارهجویی برآمدند.
جلسات متعددی بین مراجع نجف منعقد شد و آنها نگرانیهای خود را از اوضاع ایران با صدور اعلامیه و ارسال نامه به علما و مسئولین منتقل میکردند. حمایت از شرکت اسلامیه، دفاع از میرزا حسن آشتیانی در مقابل حملات برخی از منورالفکران و شخصیتهای حکومتی، تکفیر علیاصغرخان اتابک اعظم به جهت هموار کردن راه تسلط کفار بر ایران و به افلاس و ورشکستگی کشیدن کشور و نیز آزاد گذاردن فعالیت «فرقه بابیه (خذلهم الله)»، صدور حکم خلع ید از مسیو نوزبلژیکی، حمایت از مهاجرین به حضرت عبدالعظیم (مهاجرت صغری)، بخشی از اقدامات اصلاحی مراجع نجف برای بهبود اوضاع ایران بود.
حضور علمای ایران در راس این جنبش اعتراضی، اطمینان مراجع نجف را به این حرکت که نهایتا معروف به نهضت مشروطیت شد، جلب کرد. علما به این نتیجه رسیده بودند که نظام سلطنتی و نحوی اداره کشور باید تحت ضابطهای قرار گیرد، با مطرح عنوان مشروطیت و بحث تشکیل مجلس و گردآمدن نمایندگان مردم برای نظارت بر امور؛ این موضوع علیرغم چند و چون برخی از روحانیون مورد استقبال علما قرار گرفت. ظاهرا هم جای نگرانی نبود. روشنفکران در تعریف مشروطیت تاکید بر عدم ضدیت آن با شریعت مطهره کردند و اظهار میداشتند مجلس شورا بر گرفته از همان اصل شورایی است که قرآن بر آن تاکید کرده و پیامبر اکرم(ص) به آن عمل میکردند. در چنین شرایطی وفاق ملی میتوانست کشور را از شرایط استبدادی به شرایط مشروطگی با هزینه کمتری منتقل کند.
با آغاز به کار مجلس شورای ملی و در جریان تدوین نظام نامه، اندک اندک اختلافات سر باز کرد و معلوم شد عدهای از نمایندگان درصدد مشروط کردن اسلام نیز هستند. مشی آخوندخراسانی در ابتدای آشکار شدن اختلافات دعوت طرفین به آرامش و حفظ وحدت بود. آخوند و دیگر مراجع مشروطهخواه نجف استقرار مشروطه و محدود کردن استبداد قاجار را اولویت اصلی مبارزه در آن مرحله میدانستند. این در حالی بود که مرحوم حاج شیخفضلالله نوری و تعداد بسیاری از علمای تهران و شهرستانها رفته رفته نسبت به رفتار مشروطهخواهان و نیز مطالب روزنامههای منتشره در آن دوره حساس شده و احساس خطر میکردند.
اختلافات با توجه به مبنایی بودن آن شدت گرفت. مرحوم حاج شیخ فضلالله نوری در راستای حمایت از مشروطه و همراهی با دیگر علمای مشروطهخواه اصل دوم متمم قانون اساسی دائر بر نظارت پنج تن از علمای طراز اول بر مصوبات مجلس را پیشنهاد و مشروطهخواهان با انجام تغییراتی در پیشنهاد اولیه شیخ هوشمندانه آن را تصویب کردند. به اعتراف اغلب منابع این کار فقط در راستای خلع سلاح شیخ و گرفتن بهانه از دست او پذیرفته شد و مشروطهخواهان هیچگاه بنا نداشتند به آن اصل عمل کنند. کما اینکه در طول عمر مجلس شورای ملی به این اصل عمل نشد. تصویب این اصل عملا به ضرر شیخ تمام شد و اعتراضات بعدی او بهانهجویی قلمداد گردید. آخوندخراسانی نیز با اطمینان خاطر تاکید میکرد با وجود چنین اصلی در قانون اساسی جای هیچ نگرانی وجود ندارد.
تشدید اختلاف شیخ با مشروطهخواهان، با توجه به تبلیغات منفی و غیرواقعی آنها علیه شیخ و انعکاس وارونه مواضع شیخ در نزد مراجع نجف رفته رفته به ایجاد جدایی بین شیخ و آخوندخراسانی منجر شد. تمام تلاش شیخ نیز برای آگاه ساختن مراجع مشروطهخواه نجف از وضعیت ایران ناکام ماند و فریاد او دائر بر اینکه «من همان مشروطهای را میخواهم که آخوندخراسانی میخواهد» به جایی نرسید.
از مجموع مکتوبات و اعلامیههای آخوند خراسانی و مراجع مشروطهخواه نجف میتوان پی برد که از نظر آنها:
1- مبارزه با استبداد قاجار و استقرار مشروطیت اولویت داشت؛ لذا باید از تمامی امکانات کشور در این جهت بهره برد.
2- با وجود ملت مسلمان و علما و نیز تصویب اصل دوم متمم قانون اساسی نگرانی از انحراف مشروطیت چندان موجه نیست.
3- مشروطیت در هر کشوری منطبق با دین و شریعت رسمی آن کشور است.
4- گروههای غیرمتدین در یک جامعه دینی وزن و جایگاه لازم برای به دست گرفتن امور و کنار گذاشتن احکام اسلام را ندارند.
5- خطر اصلی برای حیات نهضت، دستگاه استبدادی قاجار و شخص محمدعلی شاه است؛ محمدعلی شاه افسداست و دفع او واجب.
با توجه به نکات فوق به نظر میرسد مراجع نجف تحلیل و شناخت درستی از اهداف و امکانات انجمنهای مخفی و گروههای افراطی نداشتند و در جریان امور نبودند و اخبار دقیقی از ایران دریافت نمیکردند. آنان همچنین از تاثیر اقدامات گروههای افراطی در ایجاد بنبست سیاسی در کشور غفلت کرده و تمامی مشکلات را ناشی از محمدعلی شاه و برخی از علمای مخالف مشروطه میدانستند. در حالی که به اعتراف مجدالاسلام کرمانی در کتاب «تاریخ انحلال مجلس»، اگر محمدعلی شاه حماقت نکرده و مجلس را به توپ نمیبست، مردم خود در کمتر از یک ماه در مجلس را به علت ایجاد آشوب و وجود نمایندگان افراطی میبستند.
فضای عمومی در بین مشروطهخواهان نجف این بود که محمدعلی شاه از اساس با مشروطه مخالف است و از تمام امکانات خود جهت از بین بردن مشروطیت استفاده میکند. اقدامات خلاف شرع و اغتشاشات کشور نیز کار طرفداران استبداد است که در لباس مشروطهخواهی دروغین سعی دارند مردم و علما را نسبت به مشروطیت بدبین کنند. چنین تحلیل ناقصی از اوضاع ایران و اقدامات افراطی غرابگرایان، مراجع و محافل نجف را از دیدن تمامی واقعیات جامعه ایرانی بازداشت؛ تا جایی که سیر حوادث مدتی بعد گریبان خود آنها را گرفت.
افراط مطبوعات و انجمنهای مخفی و برخی نمایندگان مجلس و تروریستهای قفقازی بهانه لازم را به محمدعلی شاه داد تا در اقدامی نابخردانه مجلس را تعطیل کند. علمای نجف به جای بررسی جامع این ماجرا که میتوانست ریشه استبداد را در ایران بخشکاند، همه تقصیرات را متوجه محمدعلی شاه کرده و از تقصیرات مشروطهخواهان افراطی حرفی به میان نیاوردند و شاید هم چیزی نشنیدند. ماموریت اصلی شاخه نجف انجمن مخفی به ریاست «سیداسدالله خرقانی» ماموریت داشت، از رسیدن اخبار واقعی ایران به مراجع نجف جلوگیری کند و بین علمای ایران و نجف اختلاف بیندازد. نامه مهم خرقانی به مستشارالدوله که در اسناد و خاطرات مستشارالدوله (صص 219 – 223) چاپ شده، از عملیات حساب شده انجمنهای مخفی و عناصر افراطی در نجف پرده برمیدارد.
اما این تمامی ماجرا نبود. تهران در 1327 قمری توسط قوای مشروطهخواه فتح شد. محمدعلی شاه به سفارت روس پناهنده و حاج شیخ فضلالله نوری در 13 رجب همان سال در تهران به دار آویخته شد و به شهادت رسید. کمیتهای دوازده نفره از فاتحین که اغلب آنها عضو لژ فراماسونری بیداری بودند، زمام امور کشور را در دست گرفتند. اندکی بعد دعوای سابق مستبد و مشروطهخواه به دعوای اعتدالی و انقلابی بدل شد. سیدعبدالله بهبهانی که روزی تنها در مقابل آتش سربازان استبداد سینه سپر کرده بود، برای بازگشت از تبعید محمدعلی شاهی، در زمان حکومت مشروطهخواهان مشکل پیدا کرد و در میان ناراحتی آنها وارد تهران شد. او از سوی آخوند ماموریت داشت، هرچه زودتر مجلس شورای ملی را بازگشایی و اصل دوم متمم قانون اساسی را اجرا کند. اما قبل از انجام ماموریت، با نوزده گلوله در خانه خود و در مقابل چشم فرزندان و اطرافیانش در خون خود غلتید و به شهادت رسید.
حاج آقا نورالله نجفی اصفهانی، رهبر مشروطیت اصفهان نیز با شنیدن طرح ترور خود توسط اعضای حزب دموکرات «خائفا یترقب» راهی نجف شد تا آخوند را از آنچه در ایران میگذرد، آگاه کند. اوضاع به هم ریخته ایران و جسارت مطبوعات و احزاب به شعائر دینی اینبار به گوش مراجع نجف رسید و آنان در نامهای به ناصرالملک دردمندانه سرودند: «فکانت رجاء ثم صارت رزیته/ لقد عظمت تلک الرزیا و جلت» (اول امید بود، ولی بعد آن امید تبدیل به مصیبت شد و این مصیبت بزرگ و بزرگتر شد).
منظور علمای نجف، تقیزاده و اعوان و انصار او بود: «ضدیت مسلکش با دین اسلام و سلامت مملکت و شوقش به اینکه همچنان که مملکت پاریس فیمابین ممالک نصاری بالغاء قیود و مذهب تنصر مسلم و معروف آفاق است، همین قسم ایران هم... از این به بعد همین مسلک ملعون لامذهبی و الغاء قیود و حدود اسلامیه را اختیار نماید.»
مراجع نجف تقیزاده را به مرض مهلک قانقاریا تشبیه کردند که تنها علاج آن در قدیم قطع عضو بود و خواستار اخراج او از کلیه امور و از ایران شدند. امید بستن به تقیزاده از اول اشتباه بود و درگیری مرحوم شیخ فضلالله هم با همین طیف بود.
در اعلامیه دیگری علمای نجف اعلام کردند به واسطه اقدامات افراطیون «استبدادی اشنع از استبداد سابق» بر ایران حاکم شده است و میافزایند: «آن اداره استبدادیه که هر چه بود، باز لفظ دین مذهبی بر زبان داشت» به نقد اقدامات دینستیزانه غربگرایان افراطی پرداخته و اعلام میکنند: «مشروطیت و آزادی این مملکت جز براساس قویم مذهی که ابدالدهر خللناپذیر است، غیرممکن و حفظ بیضه اسلام و صیانت وطن اسلامی همان تکلیفی را که در هدم اساس استبداد ملعون سابق مقتضی بود، در هدم مقتضی و عشاق آزادی پاریس قبل از آن که تکلیف الله عزاسمه طور دیگر اقتضاء کند، به سمت معشوق خود رهسپار و...»
علمای نجف در همین دوره طی حکمی، خواهان برخورد با روزنامههای شرق، ایران نو و... که بر علیه حجاب و قصاص مطالبی چاپ کرده بودند، شدند و اعلام کردند: «هیات نظاری از عارفین به شرعیات و سیاسیات برای نظر در مطبوعات قبل از طبع هم چنانچه فعلا در ممالکت عثمانی مرسوم است، مقرر و...»
در این مرحله ظاهرا آخوند خراسانی و علمای نجف، جریان غربگرا را افسد دانستند و برای کوتاه کردن دست آنها از امور ایران تلاش میکنند، تا شاید بتوانند ایران را از اسارت استبدادی جدید خلاص کنند. اما اشتباه محاسباتی آنها از قدرت و امکانات غربگرایان در دوره اول باعث شد، در مشروطه دوم نتوانند آنها را مهار کنند. احکام و اطلاعیههای مراجع نجف در ایران سانسور میشد. اعضای انجمن مخفی، گروه ترور، برای از سر راه برداشتن علما، به نجف اعزام میکنند. تحلیل افراطیون درباره علمای نجف در این دوره از زبان آیتالله ملاعبدالله مازندرانی اینگونه بیان میشود: «از انجمن سری مذکور به شعبهای که در نجف اشرف دارند، رأی درآمده که نفوذ ما دو نفر تا حالا که استبداد در مقابل بود، نافع و از این به بعد مضر است... حالا که مطلب بالا گرفته مکاتیبی به غیراسباب عادیه به دست آمده که بر جانمان هم خائف و چه ابتلاها داریم.»
آیتالله مازندرانی طی نامهای، در پاسخ به حاجی محمدعلی بادامچی از مشروطهخواهان تبریز درباره حکم مربوط به تقیزاده به مسائل تکاندهندهای اشاره میکند که برای دریافتن حقیقت وقایع آن دوره بسیار مفید است. ایشان مینویسند: «اول اینکه در قلع شجره خبیثه استبداد و استوار داشتن اساس قویم مشروطیت یک دسته مواد فاسده مملکت هم به اغراض دیگر داخل و با ما مساعده بودند. ماها به غرض حفظ بیضه اسلام و صیانت مذهب، سد ابواب تعدی و فعال ما یشاء و حاکم ما یرید بودن ظالمین در نفوس و اعراض و اموال مسلمین و اجراء احکام مذهبیه و حفظ نوامیس دینیه و آنها به اغراض فاسده دیگر و... بعض مقدسین خالیالغرض از مشروطیت هم به واسطه دخول همین مواد فساد در مشروطهخواهان و از روی عدم تمییز این دو امر از همدیگر به وادی مخالفت افتادند.
علی کل حال، مادامی که اداره استبدادیه سابقه طرف بود، این اختلاف مقصد بروزی نداشت. پس از انهدام آن اداره ملعونه تباین مقصد علنی شد. ماها ایستادیم که اساس را صحیح و شالوده را بر قوایم مذهبی که البدالدهر خللناپذیر است استوار داریم. آنها هم در مقام تحصیل مراودات خودشان به تمام قوا برآمدند. هر چه التماس کردیم که «ان لم یکن لکم دین و کنتم لاتخافون المعاد»، برای حفظ دنیای خودتان هم اگر واقعاً مشروطهخواه و وطن خواهید مشروطیت ایران جز بر اساس قویم مذهبی ممکن نیست، استوار و پایدار بماند، به خرج نرفت.
وجود قشون همسایه را هم در مملکت اسباب کار خود دانسته اسباب بقا را فراهم و به کمال سرعت و فعالیت در مقام اجراء مقاصد خود برآمدند. دوم اینکه چون مانع از پیشرفت مقاصدشان را فیالحقیقه ما دو نفر یعنی حضرت حجهالاسلام آقای آیتالله خراسانی دامظله و حقیر منحصر دانستند، از انجمن سری طهران بعض مطالب طبع و نشر شد و جلوگیری کردیم.
لهذا انجمن سری مذکور که مرکز و به همه بلاد شعبه ندارد و بهائیه لعنهم الله هم محققا در آن انجمن عضویت دارند و هکذا ارامنه و یک دسته دیگر مسلمان صورتان غیرمقید به احکام اسلام که از مسلک فاسده فرنگیان تقلید کردهاند هم داخل هستند.»
دقت در مفاد نامه میرساند که آیات مشروطهخواه نجف نسبت به نفوذ مواد فاسده مملکت در مشروطه اول اطلاع داشتند، اما رویارویی با استبداد آنها را از تفکیک صفوف باز میداشت. در حالی که مومنین خالیالغرض که به احتمال زیاد منظور علمای مشروطهخواه هستند، مخالف این همراهی بودند. تا اینکه در مشروطه دوم درگیری جدی بین علمای مشروطهخواه و غربگرایان درگرفت که نتیجه آن همان سرنوشتی بود که مرحوم حاج شیخ فضلالله نوری دچار آن شد؛ مرگ خونین سیدعبدالله بهبهانی، انزوای دردناک سیدمحمد طباطبایی، مرگ مشکوک آخوندخراسانی و شکلگیری استبدادی بدتر از استبداد محمدعلی شاهی.