مرکز پژوهش‌های مجلس ضمن اعلام مخالفت با مستثنی شدن سازمان امور مالیاتی از شمول قوانین و مقررات عمومی دولت اعلام کرد: تنفیذ چنین اختیاراتی به سازمان امور مالیاتی می‌تواند به بروز پدیده‌هایی مانند پاداش‌های نجومی دامن بزند.
مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی با انتشار گزارشی با تصویب ماده ۲۶ گزارش شور دوم کمیسیون اقتصادی مجلس درباره لایحه مالیات بر ارزش افزوده مبنی بر مستثنی شدن سازمان امور مالیاتی از شمول قوانین و مقررات عمومی دولت در زمینه‌های متعددی از جمله اداری، مالی، استخدامی و تشکیلاتی، مخالفت کرد.
در ماده ۲۶ گزارش کمیسیون اقتصادی مجلس که همان ماده ۳۰ لایحه مالیات بر ارزش افزوده می‌باشد، آمده است: سازمان {امور مالیاتی} مکلف است ظرف مدت سه ماه از تاریخ تصویب این قانون به منظور فراهم نمودن زمینه تحقق اهداف و مأموریت‌های سازمان و ارتقای سطح انگیزش کارکنان و اجرای صحیح و به موقع قوانین و مقررات مالیاتی، نسبت به تهیه آیین‌نامه اداری، مالی، استخدامی و تشکیلاتی خود اقدام و با پیشنهاد مشترک وزارت امور اقتصادی و دارایی وسازمان امور اداری و استخدامی کشور، پس از تصویب هیئت وزیران اجرا نماید. سازمان در موارد یاد شده از شمول قوانین و مقررات عمومی دولت مستثنی است. بودجه سازمان و واحد‌های استانی ذیربط هرسال به‌صورت متمرکز در ردیف جداگانه‌ای در قوانین بودجه منظور و به‌طور صددرصد (۱۰۰%) تخصیص یافته تلقی می‌شود و جهت انجام هزینه‌های جاری و تملک دارایی‌های سرمایه‌ای ستاد و واحد‌های استانی در اختیار سازمان قرار داده می‌شود.
بازوی کارشناسی مجلس درباره دلایل مخالفت با تصویب این ماده، اعلام کرد: «همانطور که مشخص است حکم این ماده اختیارات فراوانی را در اختیار سازمان امور مالیاتی قرار می‌دهد و سازمان را در زمینه‌های متعددی از جمله اداری، مالی، استخدامی و تشکیلاتی از بسیاری از قوانین و مقررات مستثنی می‌کند، همچنانکه این موضوع به‌صراحت در متن ماده لحاظ شده است و مقرر می‌دارد که «سازمان در موارد یاد شده از شمول قوانین و مقررات عمومی دولت مستثنی است.» عمده دلایل برای حذف این ماده عبارتند از:
۱- عدم شفافیت: بدون شک در صورت تصویب این ماده، نظارت بر سازمان امور مالیاتی کاهش می‌یابد و امور بسیاری که تا قبل از تصویب این ماده غیرقانونی بوده‌اند می‌توانند پوشش قانونی به خود بگیرند. بالتبع این موضوع عدم‌شفافیت سازمان امور مالیاتی، خصوصاًدر زمینه‌های مالی و استخدامی را به‌دنبال خواهد داشت.
۲- مشمول ذکر نام شدن: هرچند در این ماده «مشمول ذکر نام شدن» سازمان امور مالیاتی تصریح نشده است، اما با تصویب این ماده این موضوع در هاله‌ای از ابهام قرار می‌گیرد که آیا از این پس سازمان امور مالیاتی نیز در زمره دستگاه‌های مشمول ذکر نام خواهد بود یا خیر و این موضوع قانونگذاران را در آینده با مشکل مواجه می‌کند.
۳- پاداش‌های نجومی: براساس گزارش دیوان محاسبات کشور که در تاریخ ۱۱ مهرماه ۱۳۹۵ توسط رئیس دیوان محاسبات در صحن علنی مجلس شورای اسلامی ارائه شده بود، بخشی از پاداش‌های نجومی به تعدادی از مدیران و معاونان سازمان امور مالیاتی پرداخت شده است؛ لذا تنفیذ چنین اختیاراتی به سازمان امور مالیاتی می‌تواند به بروز پدیده‌های این چنینی دامن بزند.
۴- وجود برخی امتیازات در قوانین مالیاتی: در حال حاضر در قوانین مالیاتی و لایحه مالیات بر ارزش‌افزوده، امتیازات قابل توجهی در زمینه‌های مالی و استخدامی برای سازمان امور مالیاتی در نظر گرفته شده است که این موارد خود نشاندهنده عدم‌ضرورت مستثنی شدن سازمان از کلیه قوانین و مقررات عمومی می‌باشد.
