در شرایط ابتدای انقلاب و ضرورت حضور همهجانبه نیروهای انقلابی در عرصه های مختلف سیاسی، نظامی، فرهنگی، اجتماعی و حتی اقتصادی، برای كنترل و آرامشبخشی به تلاطم ناشی از فروپاشی رژیم ستمشاهی، جایگزینی نظام نوپای اسلامی و مبارزه با توطئه پسماندههای دوران گذشته و منافقین و مخالفان تازه روییده پرمدعای وابسته به شرق و غرب محسوس بود. از طرف دیگر تلاش برای جبران عقبماندگیها و محرومیتها و خدمت به مردم مستضعف به عنوان حامیان اصلی انقلاب، موجب شد گروههای مختلف انقلابی و حامیان امام خمینی(ره) فراتر از یک تشکل معمولی عمل کنند و به مثابه مجموعه ای باشند كه با همكاری دیگر نهادهای انقلابی، همچون حزب جمهوری اسلامی، كمیته انقلاب، سپاه پاسداران، دادستانی، جهاد سازندگی و... در عرصه های مختلف فعالیت کنند. در این میان، در عملکرد سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی نیز اقدامات فراوانی ثبت شده که برخی از آنان قابل ملاحظه است.
یکی از ماجراهای پرمناقشه آن روزها که میرفت فرصتی برای بهرهبرداری آشوبگران ایجاد کند، مهاجرت قهرگونه آیتاللّه طالقانی بود. ماجرا چنین آغاز شد كه سپاه پاسداران انقلاب اسلامی «مجتبی طالقانی» پسر آیتاللَّه طالقانی را كه در سازمانی ماركسیستی فعالیت میكرد، به علت وابستگی به گروهک چپ و همراه داشتن اسلحه غیر قانونی دستگیر کرده بود. مهندس غرضی كه آن دوران در سپاه فعالیت میكرد، دستور دستگیری را صادر كرد. آیتاللَّه طالقانی نیز كه در این ماجرا به دلیل عدم هماهنگی با ایشان ناراحت شده بود، دفاتر خود را در تهران تعطیل کرد و بدون اطلاع تهران را به مقصد زادگاهش ترک نمود.
فرصت طلبان، منافقین و ارتجاعیون كه در رأس آنها سازمان «مجاهدین خلق» (منافقین) بودند، این حادثه را اهانت به آیت اللَّه طالقانی و نشانهای از حاكمیت خفقان و استبداد از جانب نیروهای خط امام دانستند و این ماجرا مستمسكی برای حمله به نهادهای انقلابی، چون كمیته و سپاه پاسداران شد. همچنین تلاش داشتند آیت اللَّه طالقانی را در برابر حضرت امام قرار دهند و از محبوبیت امام بكاهند و برای تشدید بحران ایجادشده، «دكتر مبشری» وزیر دادگستری و «مقدم مراغه ای» استاندارد آذربایجان در آن زمان با گرایشهای ملی استعفا میدهند.
همچنین به نشانه اعتراض، در سه شنبه 28 فروردین راهپیمایی به دعوت جبهه دموكراتیک ملی ایران، در میدان بهارستان ترتیب داده شد كه در آن اكثر گروهکهای مخالف، چون منافقین، ماركسیستها، سوسیالیستها، لیبرالها و سلطنت طلبها حضور داشتند و سخنرانی کردند. سازمان مجاهدین انقلاب كه اوضاع را چنین میبیند، تصمیم میگیرد در دفاع از حضرت امام(ره) و عملكرد سپاه راهپیمایی مردمی را ترتیب دهد. روز چهارشنبه 29 فروردین ماه مقابل دانشگاه تهران برای این برنامه انتخاب میشود. قبل از اعلام برنامه با دفتر حضرت امام(ره) در قم تماس گرفته و نظر مثبت ایشان در این باره جلب میشود. در اطلاعیه شماره 4 سازمان كه به این مناسبت در تاریخ 29/1/1358 صادر شد، آمده است:
«هشدار میدهیم كه این بار حوادث و توطئه های كردستان، گنبد و غیره در تهران و در قلب انقلاب اسلامی در شرف تكوین است. توطئه برای ضربه زدن به اسلام كه اینک به عنوان تنها قدرت راستین در برابر شرق و غرب قد علم كرده است... اتحادی ننگین و رسوا بین ارتجاعیون، نیروهای محفاظه كار، فرصت طلبان در پی جاه و مقام و منافقین و منحرفین و كفار فرصتطلب، شكل یافته كه به بهانه حمایت از آیت اللَّه طالقانی در پی اجرای مقاصد سوء خویش برآمده اند... ما ضمن تجلیل و قدردانی از مبارزات بیامان و خستگی ناپذیر مجاهد آگاه، حضرت آیت اللَّه طالقانی تقاضای بازگشت ایشان را نموده و برخورد قاطعانه با توطئه های منافقانه ای را خواستاریم كه تحت نام حمایت از ایشان به وقوع پیوست.»
برگزاری این مراسم و حضور پرشور ملت در حمایت از امام و انقلاب و نهادهای نوپای انقلاب اسلامی، نقش مؤثری در بازگشت آیت اللَّه طالقانی داشت و حضرت امام(ره) نیز با حمایت خود از ایشان به غائله خاتمه داد: «خود آنها با آقای طالقانی مخالفند و هر روزی كه دستشان برسد، سر او را میبرند و سر امثال او را؛ لكن حالا بهانه دستشان افتاده است كه مثلاً آقای طالقانی رفته اند بیرون و این بهانه دستشان افتاده و آن بساط را در مدرسه های ما و در خیابانهای ما اینها درست كردند و برای كمیتهها شروع كردند تبلیغات سوء كردن.»
ماجرای بعدی مقابله با «گروهک فرقان» بود که سازمان مجاهدین انقلاب در این ماجرا نیز نقش کلیدی داشت. گروهک منحرف فرقان، به رهبری گودرزی از جمله گروههای منحرفی بود كه در برابر انقلاب اسلامی و خط امام قد علم كرد و با هدف براندازی انقلاب اسلامی، حذف نیروهای انقلاب را در دستور كار خود قرار داد كه اوج آن ترور استاد شهید مرتضی مطهری در اردیبهشت 1358، ترور سپهبد قرنی و ترور ناموفق حجت الاسلام والمسلمین هاشمیرفسنجانی بود.
سازمان كه مقابله با گروهکهای ضدانقلاب را از اهداف تشكیلات خود میدانست، با کمک و همیاری كمیته انقلاب اسلامی مقابله و شناسایی گروهک فرقان را در دستور كار خود قرار داد. مرتضی الویری جزئیات كار را چنین توصیف میكند: «در آن زمان، آقای هاشمیرفسنجانی وزیر كشور بود. من به نزد ایشان رفتم و درباره تشكیلاتمان با ایشان صحبت كردم و خواستم به ما فقط پنج دستگاه اتومبیل پیكان و پنج دستگاه هم بیسیم بدهند تا بدین ترتیب با گروه فرقان و تروریستهای دیگر مقابله كنیم و با اتومبیل به تعقیبشان بپردازیم. آقای هاشمیرفسنجانی موافقت كرد و دستور داد كه آنچه خواسته ایم به ما بدهند... دوستی داشتم كه در دوران سربازی با یكی از این فرقانیها در یک پادگان بود. او به نزد ما آمد و گفت كه یكی از فرقانیها را میشناسد، و اینكه دوران سربازی را با هم گذرانده اند و میتواند در حال حاضر به آن شخص نزدیک شود و رابطه برقرار كند. ما پذیرفتیم و به دوستم گفتم كه با آن شخص تماس بگیرد و خود را هواخواه او معرفی كند و بگوید كه میتواند خانه و امكانات برایشان مهیا كند. دوستم این كار را كرد، و آنها كه فعالیت زیرزمینی داشتند و نیازمند جا و مكان بودند، از گفته دوستم استقبال كردند. ما خانه ای را در اطراف مدرسه رفاه در نظر گرفتیم و یک طبقه آن ساختمان دو طبقه برای گروه فرقان تعیین و طبقه دیگر را گذاشتیم تا مأموران ما در آنجا شنود كنند. برای اینكه شنود كنیم، یک خط تلفن هم برایش كشیدیم و یک میكروفون هم در سقف گذاشتیم كه به ضبط صوت مأمور ما منتهی میشد و او میتوانست مكالمات غیرتلفنی را ضبط کند.
كارمان كه تمام شد، گروه فرقان در آنجا مستقر شدند. مدتی گذشت و ما توانستیم از طریق مكالمات آنها اطلاعات خوبی كسب كنیم. حتی رفت و آمدها را نیز با تعقیب كردن، پیگیری میكردیم و چند كادر قوی، مسئول تعقیب آنها بودند. اطلاعات ما از شبكه تروریستی فرقان هر روز كاملتر میشد. عاقبت زمانی رسید كه كل شبكه شناسایی گردید و با كمک نیروهای كمیته انقلاب اسلامی در یک زمان به تمام خانه های تیمی آنها حمله شد و همهشان یا دستگیر شدند و یا در درگیری از بین رفتند. بدین ترتیب شبكه تروریستی گروه فرقان كاملاً متلاشی شد.»
گفتنی است، دو نفر از اعضای سازمان به نامهای امیر استاد ابراهیم و داود عجبگل در درگیری با گروهک فرقان به شهادت رسیدند.