از فردای 14 اسفند شکایتها و گزارشها از طرف شهربانی، شورای عالی دفاع، نخستوزیری و سایر نهادها و ارگانها به دستگاه قضایی ارسال شد که در نهایت به ورود و دخالت قوه قضائیه منجر و پرونده تشکیل شد. مرحوم «آیتاللّه موسویاردبیلی» دادستان وقت مسئولیت این پرونده را عهدهدار شد. روز 17 اسفند، آیتاللّه موسویاردبیلی از تلویزیون گزارش داد: «از یک طرف مسئله قطع حاکمیت چماقداری و خاتمه دادن به این وضع، از طرف دیگر رسیدگی به کارهای رئیسجمهور از جهات مختلف، از نظر قضائی قابل طرح است ما میخواهیم حکومت قانون را در مملکت ثابت کنیم، قانون، رئیسجمهور و مجلس و بزرگ و کوچک و ضعیف و قوی نمیشناسد.» این گزارش باعث غضب و ناراحتی رئیسجمهور وقت و اطرافیان او شد. رئیسجمهور اولین اطلاعیه خود را خطاب به مردم منتشر کرد و نوشت: «امیدوارم این رسیدگی با بیطرفی کامل و بر اساس عدالت انجام پذیرد.» دادستان هم در روز 20 اسفند در این باره اظهار داشت: «در چهار روز گذشته جمعاً 590 نفر به دادگستری مراجعه نمودند، تعیین وقت هم شده که رسیدگی شود.» بنیصدر هم در نامه دوم خطاب به دادستان نوشت: «مطالبی که به اینجانب رسیده دلالت بر بیطرفی در رسیدگی ندارد.» در بند دو این نامه آمده است: «فرماندهی کل قوای نیروهای مسلح با اینجانب است، موافق متون قانونی موجود، نیروهای مسلح باید از فرماندهی کل قوا تبعیت داشته باشند.» در پاسخ، دادستان روز 21 اسفند 1359 خطاب به رئیسجمهور گفت: «مردم از شما منتظرند به عنوان شخصیت دوم مملکت به جای این حرفها بفرمایید حکومت قانون را اجرا کند. اول از من شروع کنید تصفیه را، شما میفرمایید و درست است که در این نهادها نفوذ کردهاند، میخواهم بپرسم آیا در دفتر هماهنگی نفوذ نشده یا شده؟ در دفتر ریاستجمهوری احتمال نمیدهید نفوذ باشد؟» در روز 22 اسفند، بنیصدر طی نامهای نوشت: «اما درباره تصفیه و تسویه اشخاص ناباب، انشاءالله همانطور که وعده کردهاید ریشه این فساد بزرگ را که چماقداری است، بخشکانید و بعد همین کار تصفیه را از دفتر اینجانب شروع کنید.» اختلافات گسترده و نگرانکننده شده بود و مردم منتظر راه چاره از طرف امام خمینی(ره) بودند. صبح روز 25 اسفند 1359، آقایان شهید بهشتی، هاشمیرفسنجانی، موسویاردبیلی، سیدعلی خامنهای بنیصدر، شهید رجایی و مهدی بازرگان به جماران فراخوانده شدند و جلسه ساعتها به طول انجامید؛ اما در نهایت، امام خمینی(ره) بیانیه مهمی در 10 ماده صادر کردند که بسیار راهگشا بود. امام(ره) در بند 6 این بیانیه مرقوم فرمودند: «برای رسیدگی به شکایات نسبت به مسائل جنگ و سایر مسائل مورد اختلاف بین مقامات جمهوری اسلامی، هیئتی مرکب از یک نماینده از طرف رئیسجهور، یکی از طرف دیگر و یکی از سوی این جانب تعیین میگردد که کوشش در حل شکایات نماید و رأی اکثریت هیئت مذکور معتبر است و در صورت تخلف یکی از مقامات، متخلف را به مردم معرفی کنند و مورد مؤاخذه قرار گیرد.» بر اساس این بند، هیئت سه نفرهای تشکیل شد که به عنوان شواری حل اختلافات مسئولان کار خود را شروع کرد.