واگرایی و مرزبندی بنیصدر با نیروهای خط امام(ره) پیش از ریاستجمهوری وی آغاز شده بود و همین امر موجب شد تا حزب جمهوری از وی حمایت نکند؛ اما پس از تکیه زدن وی به صندلی قدرت، نیروهای انقلاب تلاش فراوانی کردند تا از اختلافات کاسته و در مسیر حمایت از وی قدم بگذارند. آقای هاشمی میگوید: «ما اندیشهها و راه و روش بنیصدر را نمیپسندیدیم، اما به واسطه انتخاب مردم، همکاری با او را قبول کردیم؛ به همین خاطر بود که با انجام کارهایی، از جمله سپردن ریاست شورای انقلاب و جانشینی فرماندهی کل قوا به او، تلاش داشتیم که اختلافات و مشکلات هر چه سریعتر حل شود، اما او حاضر به همراهی نبود.» در همین ایام بزرگان حزب جمهوری تصمیم میگیرند نامهای به حضرت امام(ره) نوشته و نظراتشان را به ایشان منتقل کنند. در بخشی از این نامه که در تاریخ 28 بهمن 1358 نوشته شده، آمده است:
«چه خوب بود ضرورتی برای نوشتن این مطالب در این شرایط نبود، اما معالاسف پس از بحث و بررسی، تذکر ندادن را گناه تشخیص دادیم و تذکر دادن را وظیفه. لذا برخلاف میل و احساس و به حکم عقل و مسئولیت، موارد زیر را به اختصار به نظر شریف میرسانیم:... پیش از پیروزی و بعد از آن و امروز معتقد بودیم و هستیم که نظام اسلامی در ایران بدون پشتوانهای از تشکیلات مذهبیـ سیاسی تضمین دوام ندارد و به همین جهت با مشورت با جنابعالی و جلب و موافقت و گرفتن وعده حمایت غیرمستقیم از شما، با همه گرفتاریها از همان روزهای اول پیروزی، مسئولیت تأسیس «حزب جمهوری اسلامی» را به عهده گرفتیم و در ماههای اول موفّقیتهای چشمگیری به دست آوردیم... دشمنان و مخالفان به عمق و عظمت اقدام پی بردند و برای تضعیف حزب و رهبران حزب دست به کار شدند. غرب و شرق در خارج و راستی و چپیها و بعضی از خودمانیها در داخل، عملاً در این خصوص هماهنگ گردیدند؛ کار را با ترور اشخاص و شخصیتها شروع کردند و هنوز هم کشتنها و پخش شایعات و رواج دادن اتهامات ادامه دارد... تبلیغات گمراهکننده آنها موقعی کارگر شد که بعضی از نزدیکان و منتسبان به بیت جنابعالی با آنان همصدا شدند. اگر چه تأییدات گاه و بیگاه شما و روابط رسمی ما با حضرتعالی از اثر این اقدامات میکاست و در مقابل سکوت ما به خاطر مراعات مصلحت انقلاب و داشتن فرصت بررسی و دفاع هم از عوامل جرئت و پیشرفت آنان بوده و هست... حذف «حزب جمهوری اسلامی» از جریانات انتخابات ریاستجمهوری که با مقدمات حساب شدهای پیش آمد، مخالفان را جری و امیدوار کرد و تلاشها را مضاعف کردند... پخش شایعاتی حاکی از خشم امام نسبت به حزب جمهوری اسلامی و به ما در چنین شرایطی اوج گرفت و هیچ چیز نبود که بتواند کذب شایعات را ثابت کند و بلکه اظهارات برادر و نوه داماد و افرادی دیگر از نزدیکان شما، محیط را برای پذیرش شایعات آمادهتر کرد... دستور جنابعالی در خصوص حمایت از رئیسجمهور منتخب که کاملاً بجا و لازم بود و ما خود بدان معتقد و پایبندیم، مورد سوءاستفاده در جهت پیشبرد اهداف خاصی قرار گرفت و میگیرد و ما در شرایطی نبوده و نیستیم که بتوانیم جلوی سوء استفاده را بگیریم؛ زیرا هر گونه اظهار و عمل مستقلی برای جلوگیری از انحراف به عنوان کارشکنی و تخلّف از دستور امام و قدرتطلبی معرفی میشود و متأسفانه این خطر به طور جدّی وجود دارد که انتخابات مجلس شورای ملی، تحت تأثیر همین جوّ ناسالم منجر به انتخاب شدن افرادی که تسلیم رئیسجمهور بشود و از داشتن مجلسی مستقل و حافظ اسلام در مقابل انحراف احتمالی مجرمان، محروم گردیم... در شرایطی این چنین که هر گونه تلاش ما برای جلوگیری از انحراف در محتوای اسلامی انقلاب، اتهام قدرتطلبی به همراه دارد (چیزی که با همه وجود از آن تنفر داریم) چگونه میتوان انتظار داشت که ما در جهت حفظ راه انقلاب نقش خودمان را ایفا نماییم... از اینکه تحت تأثیر عوامل خارج از اراده و خواست خود که مسئولیت کمتری به عهده داشته باشیم، ممکن است ناخرسند نباشیم، ولی از اینکه انقلاب اسلامی به این آسانی و سادگی برخی از وسایل(هر چند ناچیز) تضمین محتوای اسلامی خود را از دست بدهد، نمیتوانیم نگران و ناراحت نشویم... علایم تکرار تاریخ مشروطه به چشم میخورد. متجدّدهای شرقزده و غربزده علیرغم تضادّهای خودشان با هم در بیرون راندن اسلام از انقلاب همدست شدهاند (نمونه جلسهای که از مذهبیهای چپگرا و محافظهکاران غربگرا یا ملیگرا برای همکاری در مقابله با حزب جمهوری اسلامی در انتخابات اخیر تشکیل شده بود)... احتمال اینکه روال موجود مانع تشکیل مجلس شورای اسلامی احتمالی گردد که جنابعالی بدان دل بستهاید و امیدوارید بتواند نارساییها و کمبودهای رئیسجمهور را جبران کند، قابل توجه و تکلیف آور است... ما به امید اینکه رهبریهای پیامبرگونه آن امام عزیز و عظیم، بتواند نگرانیهای ما را از آینده مرتفع کند، در این موقعـ که اگر خیلی سرنوشت ساز نبود، مزاحمتان نمیشدیمـ بخشی از ناگفتنیها را به عرضتان رساندیم و بقیه را به زمانی موکول میکنیم که جنابعالی آماده شنیدن باشید. والسلام علیکم و رحمهاللّه و برکاته/ محمد حسینیبهشتیـ عبدالکریم موسوی(اردبیلی)ـ سیدعلی خامنهایـ محمدجواد باهنرـ اکبر هاشمی (28/11/1358).»
آقای هاشمی نقل میکند: «قرار بود در ملاقات دستهجمعیمان با امام (در تاریخ 29 بهمن 1358) در بیمارستان قلب، من نامه را به امام بدهم، اما من با دیدن حال امام و شنیدن حرفهای ایشان منصرف شدم و مجال مشورت با همراهان هم نبود. وقتی که از اتاق بیرون آمدیم، دوستان از من بازخواست کردند و من توضیحاتی دادم اما نمیدانم با توضیحات من قانع شدند یا نه؟ پس از آن تاریخ، یاد آن تصمیم تکروانه همواره رنجم میداد و خیلی دلم میخواست که در فرصتی دیگر آن را جبران کنم. این فرصت حدود یک سال بعد و در زمانی که بار دیگر اختلافات ما با بنیصدر بیشتر شده بود، فراهم شد و من این نامه را به همراه نامه دیگری که فقط امضای خودم را داشت و در تاریخ بیستوپنجم بهمن 1359 نوشته شده بود، تقدیم امام کردم.»