مهم‌ترین کودتای طراحی شده علیه جمهوری اسلامی، کودتایی بود که به نام «کودتای نوژه» شهرت یافت. کودتایی پیچیده که کودتای 28 مرداد 1332 در برابر آن بازی کودکانه‌ای بیش نبود. در 19 تیرماه 1359،خبری مبنی بر کشف کودتایی گسترده انتشار یافت که افکار عمومی را به خود جلب کرد. «نقاب» نام رمز و برگرفته از «نجات قیام ایران بزرگ»، نام دیگر این کودتا بود که براندازی نظام و حذف فیزیکی حضرت امام(ره) را در دستور کار قرار داده بود. سازمان اصلی مدیریت کودتا در ظاهر تشكیلات هوادار دكتر بختیار، آخرین نخست‌وزیر رژیم شاهنشاهی و در واقع، سازمان كودتای نظامی آمریكا علیه انقلاب اسلامی ایران بود؛ اما ردّ پای بسیاری از گروه‌های سیاسی مدعی دموکراسی و مخالفان و منتقدان خشونت در آن مشاهده شد. گردانندگان اصلی این سازمان در داخل كشور، هم‌فكران بختیار در جبهه ملی بودند و در حقیقت می‌توان گفت، این كودتا را جبهه ملی یا حداقل بخشی از این جبهه هدایت می‌كرد. از گردانندگان اصلی این توطئه كه بگذریم، اعضای سازمان نقاب، از وابستگان رژیم سابق بودند كه عمده آنها را ساواكی‌ها و نظامیان اخراجی و بازنشسته و تعداد محدودی از نظامیان شاغل تشكیل می‌دادند.
این کودتا از لحاظ تجهیزات نظامی که قرار بود از داخل و خارج در جریان آن به کار گرفته شود، در تاریخ کودتاهای جهان بی‌سابقه بود و چنان دقیق طرح‌ریزی شده که سیا موفقیت آن را قطعی می‌دانست. امید به موفقیت کودتا تا آن حد بود که حتی اعلامیه پیروزی آن نیز آماده شده بود. از نظر کودتاگران، فتح تهران پیروزی در سراسر ایران تلقی می‌شد و با توجه به ارتباط کودتاگران با پایگاه نوژه و نزدیکی به تهران، کودتا از همدان کلید می‌خورد. برای شروع عملیات، 53 فروند هواپیمای جنگی در نظر گرفته شده بود. جالب است که طبق هماهنگی‌های انجام شده با عراق با اینکه هنوز جنگ تحمیلی به طور رسمی آغاز نشده بود، مقرر شده بود عراق حملات هوایی و زمینی خود را افزایش دهد و کودتاگران به بهانه مقابله با دشمن هواپیماهای زیادی را مجهز کرده بودند که امری طبیعی جلوه می‌کرد؛ به ویژه آنکه پایگاه نوژه نزدیک‌ترین نقطه به دشمن نیز بود. اهداف تعیین شده برای بمباران، بیت حضرت امام(ره)، فرودگاه مهرآباد، نخست‌وزیری، ستاد مرکزی سپاه، پادگان امام حسین(ع) و... بود. اشغال رادیو و تلویزیون و ایجاد رعب و وحشت و خواندن پیام‌های آقای شریعتمداری مبنی بر تأیید کودتا و دعوت مردم به آرامش مرحله بعدی بود. پس از آن شورای نظامی تشکیل و شرایط برای بازگشت بختیار به عنوان نخست‌وزیر کودتا فراهم می‌شد.
حدود یک ماه پس از لو رفتن کودتا، حجت‌الاسلام ری‌شهری در پانزده مرداد 1359، طی مصاحبه‌ای درباره ارتباط چند گروه سیاسی با عاملان کودتا به ارتباط آنان با سازمان اشاره کرد و بر اساس اعترافات گردانندگان کودتا چنین اظهار داشت: «سازمان‌ها و گروه‌هایی، مانند پان‌ایرانیست‌ها، جبهه ملی، سازمان چریک‌های فدایی خلق و سازمان مجاهدین خلق ایران در جریان این طرح قرار داشته‌اند و مطالعات و بررسی‌هایی نیز در زمینه همکاری یا موافقت [با] هر یک از این گروه‌ها صورت گرفته بوده است... ضمن بررسی‌های انجام شده توسط چند تن از افراد شرکت‌کننده در این طرح [کودتا]، قدرت رزمی سازمان مجاهدین در تهران 800 نفر و سازمان چریک‌های فدایی خلق، 300 نفر اعلام گردید. پس از این بررسی‌ها تصمیم گرفته شده است که با این دو سازمان صحبت شود و از آنها قول گرفته شود که علیه یا له عاملان این طرح وارد عمل نشوند و در عوض، پس از پیروزی [کودتا] و اجرای کامل طرح، امتیازات خوبی به آنها داده شود.» در همین مصاحبه آقای ری‌شهری برای تسهیل تحقیقات بعدی و جلوگیری از فشارهای سیاسی تأکید کرد: «هیچ‌گونه تضمینی بر اینکه مطالب عنوان شده توسط این افراد صحت داشته باشد، وجود ندارد. ما صرفاً به این دلیل که ملت مسلمان را در جریان وقایع آنچه که در دادگاه‌های ویژه ارتش می‌گذرد قرار داده باشیم، این مطالب را بازگو می‌کنیم.»
منافقین با نفوذ در شبکه کودتا سعی داشتند در صورت موفقیت کودتا با کودتاگران همکاری کنند و در صورت مشاهده علایم شکست آنان، با مطلع کردن بنی‌صدر در مقام رئیس‌جمهور هم وی را نسبت به توان اطلاعاتی خود واقف کرده و هم اعتراف‌های گوناگون درباره همکاری این گروهک با کودتاچیان را خنثی کنند. منافقین همچنین مسعود کشمیری و جواد قدیری را وارد ستاد خنثی‌سازی کودتا کردند تا سر نخ‌های ارتباط گروهک نفاق با عوامل کودتا را از بین ببرند. در متن بازجویی یکی از سران کودتا به نقل از مسئولان سیاسی کودتا آمده است، مذاکره با سازمان مجاهدین خلق به نتیجه رسیده بود: «می‌گفت که ما این قول را از مجاهدین خلق گرفته‌ایم که آن روز [روز کودتا] بی‌طرف بمانند. در عوض اینکه آن روز بی‌طرف می‌مانند، به‌شان قول داده‌ایم که آزادی فعالیت سیاسی داشته باشند.»
در پی پخش مصاحبه تلویزیونی یکی از افسران دستگیرشده در کودتای نوژه، در تاریخ 22 شهریور 1359، مبنی بر تماس کودتاچیان با سازمان و توافق در مورد عدم اقدام ضد کودتا از سوی سازمان، مسعود رجوی و موسی خیابانی در یک مصاحبه مشترک با خبرنگاران، ضمن تکذیب شدید این موضوع، اسناد و مدارکی دال بر همکاری با مقامات کشور در کشف کودتا ارائه دادند. همچنین ویژه‌نامه شش صفحه‌ای نشریه مجاهد به این موضوع اختصاص یافت و اطلاعیه رسمی سازمان نیز در این مورد منتشر شد. در ویژه‌نامه مزبور، تأیید بنی‌صدر، رئیس‌جمهور مبنی بر نقش سازمان در کشف کودتا و تصویر چند نامه درج شده بود. مطابق اسناد ادعایی سازمان، در دو روز 17 و 18 تیر، نامه‌هایی خطاب به رئیس‌جمهور و رونوشت به دفتر امام درباره اطلاع طرح کودتا ارسال شده بود. حال آنکه این اطلاعات در زمان ارائه مطالب سوخته‌ای بود و کودتا پیش از اطلاع سازمان کشف و خنثی شده بود. در واقع، سازمان کوشیده بود با بر جای گذاردن این اسناد، هم امکان پاک کردن ردهای احتمالی خود را فراهم کند و هم دلیلی برای سهم‌خواهی و ادعای نقش اساسی در کشف کودتا داشتن ساخته شود.
«مارک گازیوروسکی» استاد علوم سیاسی دانشگاه لوئیزیانای آمریکا در مقاله خود درباره کودتای نوژه که بر اساس صدها ساعت مصاحبه با افراد گوناگون ایرانی و خارجی مرتبط با کودتا در نقاط گوناگون جهان تهیه کرده، تصریح می‌کند که کودتاچیان با مسعود رجوی تماس گرفته و همکاری وی را برای کودتا جلب کرده بودند. وی معتقد است: «علی‌رغم قلع و قمع شدید عوامل کودتا، تنها حدود یک چهارم رهبران و یک سوم عوامل آن دستگیر شدند.» همکاری برخی اعضای دفتر ریاست‌جمهوری بنی‌صدر با کودتاچیان نیز بعدها افشا شد. نقش بنی‌صدر هم در این کودتا پیچیده و چندوجهی بود. حجت‌الاسلام ری‌شهری در مصاحبه‌ای تأکید کرد: «متأسفانه باید عرض کنم 51 نفر که در این رابطه دستگیر شده بودند، بدون مجوز قانونی به دستور آقای بنی‌صدر آزاد شدند.»
تقریباً اﻧﺪﮐﯽ پس از کودتای نوژه، ﯾﻌﻨﯽ در اواﺧﺮ تیر 1359ش، ﺣﺰب ﭘﺎن ایرانیست که در کودتای نوژه دست داشت، ﺧﻮد درﺻﺪد ﮐﻮدﺗﺎﯾﯽ دﯾﮕﺮ ﺑﺎ ﻫﻤﮑﺎری ﺑﺮﺧﯽ ﺳﺮان ارﺗﺸﯽ ﺑﺎزﻧﺸﺴﺘﻪ ﺑﺮآﻣﺪ ﮐﻪ اﯾﻦ اﻗﺪام آﻧﻬﺎ ﺑﻪ ﻣﺮﺣﻠﻪ ﻋﻤﻞ نرسید و ﺧﻨﺜﯽ شد. همین واﻗﻌﻪ ﻣﻨﺠﺮ ﺑﻪ ﻓﺮار ﭘﺰشک‌پور و ﺑﺮﺧﯽ دﯾﮕﺮ از ﺳﺮان ﭘﺎن ایرانیست، ﺑﻪ ﺧﺎرج از ﮐﺸﻮر (ﺣﺪود دو ﻣﺎه ﻗﺒﻞ از ﺷﺮوع ﺟﻨﮓ ایران و ﻋﺮاق) ﺷﺪ و ﺗﻌﺪادی دﯾﮕﺮ از اﻋﻀﺎی اﯾﻦ ﺣﺰب نیز دستگیر ﺷﺪﻧﺪ. پزشک‌پور ﮐﻪ به دلیل ﺗﻮﻃﺌﻪ علیه ﺣﮑﻮﻣﺖ وﻗﺖ اﯾﺮان، مجبور ﺑﻪ ﺗﺮک وﻃﻦ و اﻗﺎﻣﺖ در ﻓﺮاﻧﺴﻪ ﺷﺪه ﺑﻮد، فعالیت‌های سیاسی ﺧﻮد را در ﺧﺎرج از ﻣﺮزﻫﺎی اﯾﺮان نیز ﺑﺎ اﻧﺘﺸﺎر اعلامیه اداﻣﻪ داد.
