ماه‌های آخر سال 1359 فضای دوقطبی ایجاد شده به سمت خشونت می‌رفت. یاران امام(ره) و مسئولان رده‌بالای نظام از حوادث و اقدامات جریان‌ها آگاه بودند؛ اما رویدادها و رفتارها به گونه‌ای ادامه یافت که کاسه صبر بعضی از مسئولان لبریز شد. این در حالی است که تصمیم حضرت امام(ره) مدارا و حمایت از رئیس‌جمهور منتخب مردم بود. این سبک و روش امام(ره) با گله‌مندی نیروهای خط امام(ره) همراه شد. در این زمینه نامه‌نگاری‌های بسیاری بین مسئولان و امام(ره) جریان داشت. مشهورترین نامه‌ها متعلق به مرحوم هاشمی‌رفسنجانی، رئیس مجلس شورای اسلامی وقت است که با قلم تندی در تاریخ 25 بهمن ماه 1359 به‌طور محرمانه خطاب به امام(ره) نگاشته شده است. در بخشی از متن نامه چنین آمده است: «امام و رهبر و مرجع‌تقلید عزیز و معظم، به نظر می‌رسد در ملاقات‌های معمولی به خاطر کارهای زیاد و خستگی جناب‌عالی، فرصت کافی برای طرح و بحث مطالب اساسی که داریم به دست نمی‌آید. ناچار چیزهایی که تذکرش را وظیفه تشخیص می‌دهم، تحت عنوان «النصیحه لائمه المؤمنین» در این نامه می‌نویسم، خواهش می‌کنم توجه فرمایید و در ملاقات بعدی جواب لطف کنید.»
نگارنده نامه در ادامه وارد موضوع مورد نظرش می‌شود و در قسمتی دیگر می‌آورد: «تبلیغات متمرکز مخالفان که از مقام رسمی و تریبون‌های رسمی در رُل مخالف و اقلیت سخن می‌گویند و نصایح کلی و عام جناب‌عالی و سکوت و ملاحظات ما که علل موضع‌گیری‌ها را روشن نکردیم، وضعی به وجود آورده که خیلی‌ها خیال می‌کنند ما و طرف ما بر سر قدرت اختلاف داریم و دو طرف را متساویاً مقصر یا قاصر... می‌دانند. ما برای حفظ آرامش نمی‌توانیم مطالب واقعی خودمان را بگوییم و جناب‌عالی هم صلاح ندانسته‌اید که مردم را از ابهام و تحیر درآورید. خود شما می‌دانید که موضع نسبتاً سخت مکتبی امروز ما، دنباله نظرات قاطع شما از اول انقلاب تا به امروز است. بعد از پیروزی معمولاً ما مسامحه‌هایی در این‌گونه موارد داشتیم و جناب‌عالی مخالف بودید؛ اما نظرات شما را با تعدیل‌هایی اجرا می‌کردیم، شما اجازه ورود افراد تارک‌الصلاه یا متظاهر به فسق را در کارهای مهم نمی‌دادید. شما روزنامه آینده و... را تحریم می‌کردید. شما از حضور زنان بی‌حجاب در ادارات مانع بودید، آیا رواست که به خاطر اجرای نظرات جناب‌عالی ما درگیر باشیم و متهم و جناب‌عالی درمقابل اینها موضع بی‌طرف بگیرید؟ البته اگر مصلحت می‌دانید که مقام رهبری در این موضع باشد و سربازان خیر و شر جریانات را تحمل کنند، ما از جان و دل حاضر به پذیرش این مصلحت هستیم؛ ولی لااقل به خودمان بگویید، آیا رواست که همه این گروه دوستان ما به اضافه اکثریت مدرسین و فضلای قم و ائمه جمعه و جماعات و... در یک طرف اختلاف و شخص آقای بنی‌صدر در یک طرف و جناب‌عالی موضع ناصح بی‌طرف داشته باشید؟ مردم چه فکر خواهند کرد؟ و بعداً تاریخ چگونه قضاوت می‌کند؟ ... به خاطر حفاظت از خط اسلامی انقلاب در صحنه می‌مانیم و از مشکلات، مخالفت‌ها و تهمت‌ها نمی‌هراسیم و به صلاحیت رهبری جناب‌عالی ایمان داریم؛ ولی تحمل ابهام در نظر رهبر برای‌مان مشکل است، مگر اینکه بفرمایید همین ابهام صلاح است و... .» ایشان بعدها در پاسخ به این پرسش پیرامون جدایی برخی مواضع خاص و پیش‌بینی‌ناپذیر خود در برخی مقاطع تاریخی انقلاب گفت: «همیشه در چنین مراوداتی با امام(ره) من پیش‌قدم بودم. علت این بود که رفقای دیگر ملاحظاتی داشتند و من با امام(ره) خیلی بی‌رودربایستی بودم.»
