در گفتمان و سیره سیاسی حضرت امام خمینی(ره) اعتبار و جایگاهی برای ترور نمیتوان یافت. امام(ره) هیچ گاه ترور را تأیید نکرده و از آن برای حذف مخالفان خود استفاده نکردند. از نگاه ایشان، «منطق اسلام ترور را باطل میداند» و «مسلم تروریست نیست». در سیره ایشان موردی که به ترور دستور داده باشد، به چشم نمیخورد. معروف است که در ماجرای ترور حسنعلی منصور، جواب حضرت امام(ره) به نماینده جمعیت مؤتلفه که خواهان مجوزی برای ترور بود، منفی بود؛ به گونهای که این افراد برای تحقق برنامه خود به دیگر مراجع مراجعه کردند. در همین راستا، ماجرای کم نظیری از خاطرات حجتالاسلام والمسلمین سیدهادی خسروشاهی بازگو شده است. وی درباره روش و منش امام خمینی(ره) هنگام برخورد با مخالفان چنین نقل میکند:
«پس از ماجرای عزل بنی صدر و فرار وی به خارج، جناب اندیشه بزرگ قرن! «ترور در ایران» را نبردی آزادیبخش نامید و هر روز در گفتوگوهای خود با رسانههای غربی، نظام اسلامی ایران را تحت عنوان «حکومت ملّا تاریا!» مورد اتهام و هجمه قرار میداد... در آن ایام، اعلام همبستگی با فرقه نفاق و به اصطلاح شورای ملی مقاومت! امر رایجی شده بود و هر کسی که میخواست در غرب بماند، به بهانهای به آن ملحق میشد! در این میان، یکی از برادران دانشجو که در شهر «جنوا» تحصیل میکرد و عضو انجمن اسلامی دانشجویان در ایتالیا بود، نزد من آمد و اطلاع داد که میخواهد به پاریس برود و به «مقاومت»! ملحق شود و پس از جلب اعتماد سران آن بنیصدر را «ترور» کند!... البته او در ضمن از من به عنوان یک روحانی، «مجوز شرعی» میخواست و به دنبال موافقت مرکز یا نهاد دیگری نبود... اما من به او گفتم که بنده نه قاضی شرع هستم و نه حاکم دادگاه انقلاب و نه اهل حکم و فتوی در این قبیل امور، و اگر قرار بود در این زمینهها مسئولیتی را بپذیرم، در ایران دعوت شهید آیتالله قدوسی برای سرپرستی یکی از دادگاههای انقلاب را قبول میکردم؛ اما من نپذیرفتم، چون هر کسی را خداوند برای کاری ساخته است و کار من، کار فرهنگی است و در امور دیگر، دخالتی نداشتهام و قصد هم ندارم که دخالت کنم.
اصرار نامبرده بر عملی ساختن تصمیم خود باعث شد که من به او بگویم برای شرکت در سمینار سفرای ایران در خارج، که هفته آینده در تهران منعقد خواهد شد، عازم ایران هستم و «حکم شرعی» این امر را فقط از «امام خمینی» که شما مقلد ایشان هستید، خواهم پرسید و پاسخ را برای شما خواهم آورد! برادر دانشجو که در خلوص او شکی نبود و بعدها هم جزء کادر رسمی وزارت امورخارجه شد، خیلی خوشحال گشت و قرار شد که منتظر پاسخ و نظریه امام خمینی باشد... هفته بعد که به ایران آمدم و در دیدار با امام، موضوع را به عنوان یک سؤال شرعی مطرح کردم، امام فرمودند: برای چی این کار را میخواهد انجام دهد؟ گفتم آقای بنیصدر در خارج، مصاحبههای زیادی علیه حضرتعالی و نظام اسلامی انجام میدهد و مقالاتی نیز در روزنامه «انقلاب اسلامی» خود، علیه ولایت فقیه مینویسد...
امام فرمودند، مگر کسی را که علیه من حرف میزند، میتوان کشت؟ ولایت فقیه هم که ما به آن معتقدیم یک مسئله فقهی است و آقایان فقهاء هم درباره آن نظرات مختلفی دارند و البته آن آدم، در مقالات خود که جنابعالی برای من فرستاده بودید و من بعضی از آنها را خواندم، به من فحش میدهد، و آیا کسی را که به من فحش میدهد میتوان به قتل رساند؟ البته این بیانات امام به اصطلاح طلبهها «استفهام استنکاری» بود. یعنی نمیشود کسی را با این اتهامات، به قتل رساند... من پس از این بیانات سکوت کردم، ولی امام افزودند، البته من وقت نداشتم همه کتابها و نوشتههای این آدم را بخوانم. اگر جنابعالی مطالعه کردهاید، آیا مطلبی در آنها دارد که منکر ضروریات دین، مثلاً حجاب شده باشد؟ مانند آن خبیث که منکر حکم قطع ید سارق که یک حکم الهی است، شد و گفت که او اسلامی را میخواهد که در آن قطع ید سارق نباشد، این یعنی انکار یکی از احکام قرآنی... آیا آن آدم هم در نوشتجات خود، چنین نظریاتی ابراز کرده است؟
به امام عرض کردم که بنده اغلب آثار آقای بنیصدر را در گذشتهها خواندهام. نامبرده در آن آثاری که من خواندهام، منکر هیچ یک از ضروریات دین نشده و بلکه در مورد مثلاً ضرورت حفظ حجاب، کتاب هم نوشته است!
امام فرمودند اگر اینطور است، پس شما آن فرد را از طرف من نهی کنید و اجازه ندهید که این کار را انجام دهد... و افزودند، من در روزهای آخر که او مغرور شده بود و در سراشیبی سقوط قرار داشت، برای نجات او خواستم که نزد من بیاید و قصدم آن بود که در همینجا بنشیند کتاب و مقاله بنویسد و اگر نظری منطقی دارد، به طور معقول عرضه کند تا نظام آن را بررسی کند، ولی او نیامد و به منافقین پناه برد و برای ابد خود را ضایع کرد و من یقین دارم دیر یا زود منافقین هم او را تنها خواهند گذاشت... .
این نمونهای از روش و منش علوی امام خمینی درباره کسی بود که زشتترین و ناجوانمردانهترین اهانتها را علیه نظام و رهبری در رسانههای خارجی مطرح ساخت. ولی روش و منش علوی امام، به او اجازه نمیداد که حکمی بر مهدومالدم بودن وی صادر کند و حتی در مرحله پایانی هم در فکر نجات او از سقوط بود و میخواست که نزد ایشان برود و در ایران بماند و در حوزه فرهنگی کار کند و اگر نظراتی دارد، آنها را به طور منطقی مطرح سازد... و میدانیم که امام همین نظریه را در مورد یکی از آقایان قم هم به طور مکتوب ابراز نمود و خواستار آن شد که ایشان بدون دخالت در امور، به کار تدریس و نظریهپردازی علمی بپردازد و حوزه را گرمی ببخشد که همگان از چگونگی آن آگاه هستند.»