از موضوعات دیگری که باید در جهاد تبیین به آن توجه داشت، مسئله «نفوذ» است. بارها رهبر معظم انقلاب به آن اشاره کرده و درباره ابعاد و اهداف پروژه نفوذ دشمنان انقلاب اسلامی تذکر دادهاند. در دوران کنونی، دشمن با ناامیدی از به ثمر رسیدن راهبرد نظامی، به دنبال راههای نفوذ و استفاده از ابزارهای دیگری بوده که به جای جسم، ذهن و روح و مبانی عقیدتی، فکری و فرهنگی مردم مسلمان ایران، به ویژه نسل جوان و فرهیخته را هدف قرار دهد تا بتواند با صرف هزینههای کمتر، بهتر و سهلتر به اهداف خود نائل شود و خاکریزهای اعتقادی را بهمرور فتح کند و بدون خونریزی، فاتح میدان مبارزه شود. اهمیت راهبرد نفوذ با نگاهی به تحولات و جنگهای واقع شده متمرکز بر آن، بیشتر روشن میشود. این جنگ، نبرد دنیای مسیحی با دنیای اسلام بود؛ اسلامی که تا قلب اروپا پیش رفته و توانسته بود تمدن مسیحی غرب را تحت تأثیر قرار دهد و در حقیقت، علاوه بر پیروزی در جنگ سخت، از راهبرد نفوذ بهره ببرد و باورهای مسیحی را به باورهای اسلامی تغییر دهد. مسیحیت غرب که این هجمه و خطر آن را احساس کرده بود، با طراحی نقشهای پیچیده، توانست اسلام و حتی آثار علمی، فرهنگی و هنری را از این سرزمین پس از پایداری حکومتی طولانیمدت که در تقریباً تا هفت قرن نیز ادامه داشت، بهکلی بزداید و محو کند. رهبر معظم انقلاب با تقسیم نفوذ به فردی و جریانی، نفوذ جریانی را خطرناکتر میدانند و در این باره در دیدار با فرماندهان گردانهای بسیج در تاریخ 1394/9/4 فرمودند: «نفوذ جریانی، یعنی شبکهسازی در داخل ملّت؛ به وسیله پول که نقش پول و نقش امور اقتصادی اینجا روشن میشود. عمدهترین وسیله دو چیز [است]؛ یکی پول، یکی هم جاذبههای جنسی. افراد را جذب کنند، دور هم جمع کنند؛ یک هدف جعلی و دروغین مطرح کنند و افراد مؤثر را، افرادی که میتوانند در جامعه اثرگذار باشند، بکشانند به آن سمت مورد نظر خودشان. آن سمت مورد نظر چیست؟ آن عبارت است از تغییر باورها، تغییر آرمانها، تغییر نگاهها، تغییر سبک زندگی؛ کاری کنند که این شخصی که مورد نفوذ قرار گرفته است، تحت تأثیر نفوذ قرار گرفته، همان چیزی را فکر کند که آن آمریکایی فکر میکند؛ یعنی کاری کنند که شما همانجوری نگاه کنی به مسئله که یک آمریکایی نگاه میکند.»