تقویم تاریخ انقلاب اسلامی در دهه اول مهرماه سال 1360 رویداد دیگری را ثبت کرد و آن، برگزاری انتخابات سومین دوره ریاستجمهوری اسلامی بود که سازوکار آن با تلاش مضاعف مرحوم آیتالله مهدویکنی، نخستوزیر موقت وقت تنظیم شده بود. با وجود اینکه جمهوری اسلامی ایران تحت ضربات سنگین دشمن خارجی و داخلی قرار گرفته بود، منافقین و ضدانقلاب تروریستی به برکت وجود خالصانه امام خمینی(ره) و امت حزبالله چنان در دسیسههایشان شکست خوردند که تا سالها همواره گیج میزدند که چگونه رسواییهایشان را جمع کنند. با افزایش ضریب امنیتی کشور و نیروهای انقلاب، برگزاری انتخابات از سوی وزارت کشور در دستور کار قرار گرفت و نامزدها نامنویسی کردند، مانند مرحوم دکتر عباس شیبانی، مرحوم حبیبالله عسگراولادی، مرحوم حسن غفوریفرد و مرحوم آیتالله مهدویکنی. این در حالی بود که مسئولان وقت با اصرار حضرت آیتاللهالعظمی خامنهای را نیز که در حادثه ششم تیرماه در اثر انفجار بمب مجروح شده بودند و دوران نقاهتشان را میگذراندند، به صحنه انتخابات آوردند و نام ایشان را برای کاندیدای ریاستجمهوری نوشتند. سرانجام در تاریخ 13 مهرماه 1360 ملت ایران یکپارچه پای صندوقهای رأی رفتند و در انتخابات سومین دوره ریاستجمهوری مشارکت کردند و با رأی قاطع حضرت آیتالله خامنهای را به ریاستجمهوری خود برگزیدند. گفتنی است، 16/846/996 نفر در انتخابات ریاستجمهوری شرکت کردند که از این تعداد 16/007/972 نفر به ایشان رأی دادند و آقای خامنهای 01/95 درصد کل آرا را به خود اختصاص دادند. یک روز پس از اعلام نتایج انتخابات، شورای نگهبان اعتبارنامه ایشان را تأیید کرد و در روز 17 مهرماه 1360 همزمان با عید سعید فطر حکم ریاستجمهوری ایشان، از سوی حضرت امام خمینی(ره) تنفیذ شد. امام(ره) در پیام دو صفحهای خود متذکر شدند: «خداوند متعال بر ما منت نهاد که افکار عمومی را برای انتخاب رئیسجمهوری متعهد و مبارز و در خط مستقیم اسلام، عالم به دین و سیاست هدایت فرمود که امید است با حسنتدبیر و کمک قوای سهگانه و پشتیبانی ملت بزرگ، مشکلات یکی پس از دیگری رفع و احکام مقدس اسلام به طور دلخواه در سطح کشور اجرا گردد.» برگزاری انتخابات ریاستجمهوری با حضور چشمگیر مردم و تنفیذ حکم امام(ره) موجب شد ثبات سیاسی در کشور توسعه پیدا کند و اختلافات سیاسی فروکش کرده و مقطع جدیدی از تغییر و تحولات در عرصههای نظامی و امنیتی در کشور شکل بگیرد. پس از این بود که همکاری و همدلی بین ارتش و سپاه افزایش یافت، امکان حضور گستردهتر نیروهای داوطلب مردمی در جبهههای جنگ فراهم آمد و دستیابی به موفقیتهای بیشتر امکانپذیر شد. در همین راستا، محسن رضایی در 20 شهریور با حکم امام(ره) فرمانده کل سپاه شد. وی فعالیتهای گستردهای را برای تحول در جبهههای جنگ آغاز کرد و تصمیم گرفت سازمان رزم سپاه را گسترش داده و گردانهای عملیاتی را در قالب تیپهای رزمی سازمان دهد. گفتنی است، گسترش سازمان رزم سپاه نقش مؤثری در تدوین راهبرد نظامی جنگ و نیز طرحریزی زنجیره عملیاتهای بعدی داشت. آقای صیادشیرازی هم در اوایل مهرماه از طرف امام(ره) به فرماندهی نیروی زمینی ارتش جمهوری اسلامی ایران منصوب شد، به این ترتیب کشور انسجام جدید گرفت تا با قدرت در برابر دشمن قرار گیرد.