«مجلس خبرگان» از دو بخش هیئت رئیسه و کمیسیونها تشکیل میشود. هیئت رئیسه دائم، مرکب از رئیس، دو نایبرئیس، دو منشی و دو کارپرداز است که از میان اعضا، برای مدت دو سال و با رأی مخفی انتخاب میشوند. انتخاب رئیس، با رأی اکثریت مطلق حاضران و انتخاب نواب رئیس و منشیان و کارپردازان، هر یک جداگانه و با اکثریت نسبی و به صورت مخفی خواهد بود. ریاست مجلس خبرگان، افزون بر اداره جلسات مجلس خبرگان، بر کلیه امور اداری، مالی، استخدامی و سازمانی مجلس خبرگان نظارت دارد و باید با ارتباط منظم با رهبری، شرایط را برای انجام دادن وظایف مجلس خبرگان آسان کند. وی مصوبات قانونی مجلس خبرگان را امضا و به مراجع ذیربط ابلاغ میکند. رئیس مجلس خبرگان موظف است گزارشی سالانه از عملکرد و اقدامات هیئت رئیسه را به مجلس خبرگان ارائه کند. به منظور بررسیهای کارشناسی و تهیه گزارش برای طرح در جلسات رسمی، کمیسیونهای زیر نیز در مجلس خبرگان وجود دارد:
1ـ کمیسیون اصل 108 قانون اساسی: به منظور بررسی و تدوین قوانین مربوط به خبرگان، از جمله انتخابات و آییننامه داخلی مجلس خبرگان تشکیل میشود. اعضای اصلی آن، یازده نفر و اعضای علیالبدل چهار نفرند. 2ـ کمیسیون امور مالی و اداری: امور مالی و اداری مجلس خبرگان را بررسی میکند و نه عضو اصلی و سه عضو علیالبدل دارد. 3ـ کمیسیون اصل 107 و 109 قانون اساسی: به منظور آمادگی خبرگان برای اجرای اصل 107 و شناخت حدود و شرایط مذکور در اصل 5 و 109 قانون اساسی، کمیسیونی مرکب از یازده نفر عضو اصلی و چهار نفر عضو علیالبدل تشکیل میشود تا در باره همه موارد مربوط به شرایط و صفات رهبر و درباره همه کسانی که در مظان رهبری قرار دارند، تحقیق و بررسی به عمل آورد و نتایج آن را به هیئت رئیسه ارائه کند. گزارش این کمیسیون، سری تلقی میشود و به صورت اسناد طبقهبندی شده حفاظت میشود و بدون تصویب مجلس خبرگان، در اختیار دیگری قرار نمیگیرد، مگر رهبری که عندالزوم به اطلاع وی میرسد. 4ـ کمیسیون سیاسیـ اجتماعی: به منظور آگاهی مستمر اعضای مجلسخبرگان از تحولات مهم داخلی و جهانی، به ویژه در زمینه مسائل سیاسی، فرهنگی، مدیریتی، امنیتی و اقتصادی تشکیل میشود. 5ـ کمیسیون تحقیق موضوع اصل 111 قانون اساسی: به منظور اجرای اصل 111 قانون اساسی و برای نظارت بر استمرار شرایطی که در اصلهای 5 و 109 قانون اساسی برای رهبری ذکر شده است و تصمیمگیری در موارد فقدان آن، تشکیل میشود. تحقیقات و مذاکرات این کمیسیون محرمانه است. مجلس خبرگان به وسیله این کمیسیون، موضوع نظارت بر رهبری را به اجرا میگذارد. 6ـ کمیسیون بررسی راههای پاسداری و حراست از ولایت فقیه: به منظور بررسی راههای مناسب پاسداری و حراست از ولایت فقیه تشکیل میشود و اموری چون تحقیق و پژوهش در موضوع حکومت اسلامی، معرفی ولایت فقیه در مجامع علمی داخل و خارج کشور و در سطح عموم مردم، بررسی شیوههای مناسب تدریس و ترویج اندیشه حکومت اسلامی و ولایتفقیه را بر عهده دارد.