یکی از مهم‌ترین مختصات و شاخصه‌های مصلحت از منظر امام خمینی(ره)، مقدم بودن مصلحت اسلام و مسلمین بر همه امور است. ایشان در موارد متعددی تصریح می‌کنند، مصلحت نظام بر تمام احکام و قوانین مقدم است. برای نمونه، حتی برادری و صمیمیت را نیز مقید به مصلحت اسلام و مسلمین می‌داند. امام(ره) با اعتقاد به اینکه مصلحت اسلام و مسلمین از رعایت شئون همه افراد مهم‌تر است، حتی از مرحوم منتظری که وی را حاصل عمر خویش می‌دانستند، عبور و از کنش‌گری سیاسی وی ممانعت کردند. همچنین درباره قبول قطعنامه، تصریح می‌کنند که این تصمیم بر اساس مصلحت بقای اسلام بود. افزون بر این، می‌توان به وقایع دهه 60 در ابتدای عمر انقلاب که همراه با جنگ تحمیلی بود، اشاره کرد که سبب شد برخی از قوانین به دلیل مصلحت نظام و انقلاب و به نفع مردم کنار گذاشته شود. امام خمینی(ره) در این زمینه فرمودند: «ان‌شاء‌اللّه تصميم دارم در تمام زمينهها وضع به صورتى درآيد كه همه طبق قانون اساسى حركت كنيم. آنچه در اين سال‌ها انجام گرفته، در ارتباط با جنگ بوده است. مصلحت نظام و اسلام اقتضا مىكرد تا گرههاى كور قانونى سريعاً به نفع مردم و اسلام بازگردد.»
امام(ره) در این پیام، به تلویح اشاره می‌کنند که در سال‌های جنگ، برخی قوانین به دلیل مصلحت نظام و اسلام اجرا نشد و این، یعنی مصلحت نظام و اسلام، بر قوانین کشور و حتی بر قانون اساسی مقدم است. به عبارت دیگر، اگر شرایط اضطراری جنگ و وقایع دهه 60 نبود، باید طبق قانون اساسی عمل می‌شد، اما شرایط به گونه‌ای رقم خورد که در برخی موارد، عمل به قانون در تضاد با مصلحت اسلام و مسلمین بود.
همچنین، در جایی دیگر حتی از کنار گذاشتن «دفع اتهام از خود به نفع مصلحت اسلام و مسلمین» سخن می‌گویند و توصیه می‌کنند که اگر مصلحت نظام و اسلام در سکوت است، دردمندانه سکوت کنید و از «دفع اتهام از خویش» بگذرید. ایشان با اینکه تصریح می‌کنند کسی حق ندارد رأی خود را بر دیگری تحمیل کند، اما در عین حال این حالت را در یک صورت مجاز می‌شمارد: «در جمهورى اسلامى جز در مواردى نادر كه اسلام و حيثيت نظام در خطر باشد، آن هم با تشخيص موضوع از طرف كارشناسان دانا، هيچ كس نمىتواند رأى خود را بر ديگرى تحميل كند.» این کلام امام خمینی(ره) از منزلت خطیر و بسیار مهم مصلحت اسلام و نظام حکایت می‌کند که این قدرت را دارد تا حتی در مواردی‌ـ ولو نادر و کم‌ـ کسی رأی خود را بر دیگران تحمیل کند. تمام این موارد از اهمیت فوق‌العاده مصلحت اسلام و نظام و مسلمین در منظومه فکری امام خمینی(ره) حکایت دارد و نشان می‌دهد این مصلحت بر تمامی قوانین، مقدم است.
