با تشکیل مجلس خبرگان قانون اساسی در اواخر مردادماه 1358، بررسی متن پیش‌نویس در دستور کار مجلس قرار گرفت. دولت و شورای انقلاب، آیین‌نامه‌ای برای بررسی نهایی پیش‌نویس قانون اساسی و تصویب قوانین، تهیه دیده بودند که در آن آمده بود: «تخلف از چارچوب اصول پیش نویس، بسته به اجازه شورای انقلاب است.» مجلس خبرگان این آیین‌نامه را نپذیرفت؛ زیرا خود را نهادی مستقل و صاحب صلاحیت می‌دانست. از این رو، آیین‌نامه کارآمدتری برای بررسی اصول، تدوین و تصویب کرد. در آن آیین‌نامه مجلس موظف شده بود، کاستی‌های موجود در پیش‌نویس را جبران و اصول غیرلازم را بردارد. لذا مجلس گستره وظیفه خود را به رسیدگی اصول پیش‌نویس محدود ندانست و تصمیم گرفت اصولی که از دید تهیه‌کنندگان پیش‌نویس پنهان مانده بود، در حوزه کار آنان قرار گرفت.
برخی از مخالفان که از ترکیب اعضا و روند کار مجلس خبرگان نگران بودند، به بهانه اینکه مجلس خبرگان نمیتواند تغییرات اساسی در پیش‌نویس ایجاد کند و پیش‌نویس مورد تأیید علما و حضرت امام(ره) است، در تلاش برآمدند تا چشم‌های تیزبین اسلام‌شناس را که نقاط ضعف اساسی پیش‌نویس را دیده بودند، ناکارآمد کنند. این بار نیز حضرت امام(ره) در مقام دفاع از حقوق ملت برآمدند و با سخنان خود این ترفند را ناکام گذاشتند: «این قانون پیش‌نویس است، پیش‌نویس هیچ چیز نیست. باید رأی بدهید، باید نظر بدهید.»
با در دستور قرار گرفتن اصل ولایت فقیه در مجلس خبرگان، مبارزه و شبههافکنی مخالفان به اوج خود رسید و منافقان که با تصویب اصل ولایت فقیه همه چیز را تمام شده میدانستند، تهاجم همهجانبهای را علیه مجلس خبرگان و اصل ولایت فقیه آغاز کردند و تلاش کردند تا آن را مخالف مردم‌سالاری و تحقق اراده ملت در اداره کشور معرفی کنند. برای نمونه، روزنامه «پیکار» نوشت: «قانون اساسی با وجود نهادهایی چون ولایت فقیه و شورای نگهبان و... حاکمیت خلق را زیر پا گذاشته است» نشریه کار با عوام‌فریبی اعلام داشت: «مجلس خبرگان حق حاکمیت را نه از آن مردم که از آن روحانیون و پیشوایان مذهبی میداند و این امر را در اصل پنج قانون اساسی که ولایت فقیه را تصویب کرده گنجانیده است»؛ اما با ادله و استدلالات متقن اسلام‌شناسان منتخب مردم، در تاریخ 21/6/۱۳۵۸ این اصل مترقی که به فرموده حضرت امام(ره) «مترقیترین اصل قانون اساسی» است، به تصویب
رسید.
جریان لیبرال که خروجی مجلس منتخب مردم ایشان را ناراضی کرده بود، نقشه جدیدی را طراحی کردند تا براساس آن، هیئت وزیران، به بهانه اینکه وکالت و نمایندگی اعضای مجلس خبرگان مقید و محدود به زمان یک ماهه و شرایط مشخصی بوده و برای ادامه کار، نیازمند رأی دوباره ملت است و به دلیل گذشتن فرصت مقتضی، طرح انحلال مجلس خبرگان را بدون اطلاع امام به آگاهی مردم برسانند و حضرت امام(ره) را در معرض عمل انجام شده قرار بدهند. در جلسهای که به پیشنهاد «عباس امیرانتظام» معاون سابق مطبوعاتی نخست‌وزیر و سفیر ایران در سوئد، در خانه «تقی انوری» در تاریخ ۱۳۵۸/۷/۱۸ تشکیل شد، عناصر ملیگرا به این نتیجه رسیدند که نخست باید زمان بررسی قانون اساسی طولانیتر شود و ثانیاً به جای بررسی و رسیدگی به پیش‌نویس قانون اساسی، قانون اساسی جدیدی تهیه شود و ثالثاً مجلس خبرگان منحل شود. در این زمینه طرحی آماده شده و به امضای هفده نفر از وزرای کابینه دولت موقت نیز میرسد و قرار میشود که در اولین فرصت از طریق رسانههای عمومی به اطلاع ملت رسانده شود؛ اما قبل از اعلام عمومی، مهندس بازرگان که از عواقب انتشار آن بدون اطلاع حضرت امام نگران بود، بر آن میشود که قبل از اعلام، موضوع را به اطلاع ایشان برساند. روز بعد بازرگان به همراه برخی از اعضای دولت خدمت امام(ره) رسیدند و حضرت امام(ره) با تیزبینی و درایت خویش قاطعانه در برابر این مصوبه میایستند و با آن مخالفت میکنند.
آقای هاشمی‌رفسنجانی به این ماجرا چنین اشاره دارد: «ما از جریان طرح انحلال، در جلسه دولت مطلع شدیم. گویا آقای [عباس] امیرانتظام و چند نفر از وزیران و جمعی از دوستان ملی‌گرای ایشان، پیگیر جدی این مسئله بودند. که البته در اثر مخالفت جدی ما و هشدارهایی که در همان جلسه دادیم و نیز برخورد قاطع امام با طراحان انحلال، آنها به سرعت عقب‌نشینی کردند به طوری که طرح مسئله، در آن مقطع زمانی منتفی شد، هرچند که مخالفت‌ها با مجلس خبرگان و مصوبات آن پایان نیافت.»
حضرت امام(ره) در بیانات‌شان در تاریخ ۱۳۶۰/۳/۲۴ به این ماجرا اشاره میکنند: «قضیه طرح آنکه مجلس خبرگان منحل بشود، که در زمان دولت موقت این طرح مطرح شد و بعد معلوم شد که اساسش از امیرانتظام بوده و آن مسائل، آن وقت آمدند آقایان پیش ما، همین آقایانی که، آقایان بازرگان و رفقایش و گفتند ما خیال داریم که مجلس خبرگان را منحلش کنیم، من گفتم شما چه کاره هستید اصلش که میخواهید این کار را بکنید؟ شما چه سمتی دارید که بتوانید مجلس منحل کنید؟ پا شوید بروید سراغ کارتان. وقتی دیدند محکم است مسئله، کنار رفتند. مسئله انحلال خبرگان روی این زمینه بود که آنهایی که توجه به مسائل دارند، این آقایان که توجه به مسائل و ریشههای مسائل کم دارند، آنها اینها را وادار کردند روی این زمینه که دیدند مجلس خبرگان یک مجلس اسلامی شد، یک مجلسی شد که اکثرش از علما هستند و اینها از آنها میترسند، از این علمای خوب میترسند و ضربه خوردند، دیدند یک مجلسی است که مجلس علما هست، اینها، اگر قانون بنویسند، یک قانونی مینویسند که با مزاج غرب و شرق سازش ندارد.»
سرانجام در روز 24 آبان 1358، در شصت‌وهفتمین و آخرین جلسه مجلس خبرگان، کلیه اصول مصوب قانون اساسی خوانده شد و به امضای نمایندگان رسید و کار مجلس خبرگان پایان یافت. پس از پایان کار مجلس خبرگان به منظور آشنایی همگان با قانون، متن آن در تیراژ وسیعی منتشر شد و سمینارها و جلسات متعددی با حضور اعضای مجلس خبرگان برای بررسی قانون اساسی تشکیل شد.
