بیعت‌های متعدد و متوالی هیئت‌های گوناگون مردمی با شهید صدر زمینه‌های دستگیری شهید را فراهم کرد. در شب هفدهم رجب سال ۱۳۹۹ یعنی ۲۲ خرداد سال ۱۳۵۸، از تحرکات اطراف و کوچه منتهی به منزل سید که پر از سربازان و چکمه‌پوشان بعثی بود، یقین حاصل شد که آنها خودشان را آماده کرده‌اند تا آقای صدر را بازداشت کنند. یکی از شاگردان و اعضای بیت شهید صدر می‌گوید: «دفتر نزد ایشان رفتم و از آنچه که در اطراف می‌گذشت، مطلع‌شان کردم، اما ایشان فرمودند مسلئه‌ای نیست و من می‌روم بخوابم، چون خیلی خسته هستم. فقط انگشتری را که در واقع مهر و امضای فتوا‌ها و نامه‌ها بود، تحویل من دادند که مبادا پس از شهید شدن‌شان به‌دست رژیم بیفتد و از آن، در جهت اغراض خود استفاده کند.»
وی ادامه می‌دهد: «صبح روز بعد، در حالی‌که هنوز مردم خواب بودند، بدون اینکه ما متوجه شویم، در خانه باز شد و ابوسعد، رئیس جنایتکار اداره امنیت نجف که آدم جنایتکاری بود، تقاضای ملاقات با سید را کرد. البته این مسئله غیر‌مترقبه نبود، چون شواهد نشان می‌دادند که شهید صدر در آن روز بازداشت خواهد شد. به هر حال وقتی این جنایتکار با شهید صدر ملاقات کرد، گفت: «جناب سید! سران حکومت تمایل دارند با شما ملاقات کنند.» سید جواب داد: «من تمایلی به دیدار آنها ندارم.» ابوسعد گفت: «چاره‌ای نیست.» سید گفت: «من همراه شما نمی‌آیم، مگر اینکه برای بازداشت من دستوری داشته باشی.» ابوسعد گفت که دستور بازداشت سید را دارد. در اینجا بود که شهید صدر با جدیت و قاطعیت به ابوسعد تشر زد که، «این چه رژیمی است؟ این چه آزادی است؟ ببینید چطور حرمت و کرامت انسان‌ها را خدشه دار کردید؟» و بعد از پایان سخنانش، به ابوسعد گفت: «هر جا که می‌خواهید، برویم.»
شجاعت در خاندان صدر وراثتی است. به‌هنگام دستگیری و انتقال شهید به بازداشتگاه اداره امنیت عراق، مادر سالخورده سید و خواهر مبارزش بنت‌الهدی صدر با فریاد از سید دفاع می‌کنند و خواستار آزادی وی هستند. «بنت‌الهدی صدر» با کمال شجاعت و در حضور تعدادی از مزدوران بعثی که حدود سیصد نفر بودند، گفت: «شما صد‌ها سلاح در اختیار دارید. هیچ از خود پرسیده‌اید چرا برای بردن برادر من که اسلحه‌ای ندارد، این همه مأمور مسلح آمده‌اند؟ من جوابتان را می‌دهم. شما می‌ترسید. نگاهتان پر از وحشت است. شما باید بدانید که برادر من تنها نیست و همه عراقی‌ها با او هستند. این را هم این چند روز، به چشم خودتان دیدید، وگرنه چرا کسی را که نه ارتشی دارد و نه سلاحی، بازداشت می‌کنید؟»
پس از اینکه شهید صدر را بردند، شهیده بنت‌الهدی صبح همان روز به حرم حضرت علی (ع) رفت تا مردم را از دستگیری سید باخبر کند. این شهیده شجاع در پاسخ به درخواست اطرافیان که صبوری کنید تا ابعاد موضوع بررسی شود و ممکن است حرف‌های شما تبعات سنگینی برای سید داشته باشد و پرونده شما را هم سنگین کند، گفت: «مسئولیت و وظیفه دینی من حکم می‌کند که چنین موضعی را اتخاذ کنم و الان زمان سکوت نیست.»